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- PDB-4ojd: Crystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ojd
タイトルCrystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain of the C. elegans fusion protein EFF-1 G260A/D321E/D322E mutant
要素EFF-1A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / class II fusion protein / membrane fusion protein / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis ...nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis / egg-laying behavior / cell-cell contact zone / locomotion / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / phosphorylation / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell-cell fusogen EFF/AFF, domain 3 / Cell-cell fusogen EFF/AFF, domain 1 / Cell-cell fusogen EFF/AFF / Cell-cell fusogen EFF/AFF, domain 3 / Type I membrane glycoproteins cell-cell fusogen / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Krey, T. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural basis of eukaryotic cell-cell fusion
著者: Perez-Vargas, J. / Krey, T. / Valansi, C. / Avinoam, O. / Haouz, A. / Jamin, M. / Raveh-Barak, H. / Podbilewicz, B. / Rey, F.A.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: EFF-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1134
ポリマ－59,0841
非ポリマー1,0293
水1,60389
1
H: EFF-1A
ヘテロ分子

H: EFF-1A
ヘテロ分子

H: EFF-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,33912
ポリマ－177,2523
非ポリマー3,0879
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area22020 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area53980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.443, 132.443, 132.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 EFF-1A / Protein EFF-1 / isoform a


分子量: 59083.879 Da / 分子数: 1
断片: C-terminally truncated ectodomain, UNP residues 23-509
変異: G260A/D321E/D322E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C26D10.5, CELE_C26D10.5, eff-1 / プラスミド: pMT-based / Cell (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: G5ECA1
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Sodium chloride, 0.1M Bicine pH9.0, 30% w/v PEG monomethylether 550 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→46.83 Å / Num. all: 36548 / Num. obs: 35378 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 51.58 Å2
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OJC

4ojc


解像度: 2.26→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9382 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1776 5.02 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.199 35346 96.85 %-
all-36496 --
原子変位パラメータBiso mean: 50.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 67 89 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013687HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.254998HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1296SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes539HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3687HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion508SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4023SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 84 4.56 %
Rwork0.2312 1760 -
all0.2315 1844 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9708-0.81110.77641.80331.52170.7105-0.0993-0.0648-0.2870.1188-0.10660.23080.2408-0.2940.2059-0.0925-0.02590.0614-0.12620.0746-0.1079-52.5511-48.1083-33.7274
23.815-0.5165-0.98810.378-0.32212.8666-0.13930.0289-0.44790.0673-0.09830.14230.4027-0.14370.2376-0.0107-0.04080.0773-0.0340.0171-0.0024-49.8856-50.1219-30.9937
30.97351.48171.13162.05721.22421.05780.1192-0.154-0.09430.2397-0.0937-0.0670.143-0.1043-0.0255-0.0354-0.0042-0.00380.01570.0029-0.0707-13.817-15.41924.2748
42.1914-0.7175-2.90234.0438-2.7935.1904-0.0034-0.16230.4193-0.1324-0.1216-0.2522-0.38920.22590.1250.0483-0.0415-0.0117-0.0185-0.0648-0.0135-3.230510.65799.0182
50.01340.1196-0.55622.42121.28362.4832-0.0314-0.1883-0.00850.331-0.20090.13910.2869-0.48960.2323-0.0568-0.0235-0.00530.0658-0.0174-0.0521-17.5119-10.58578.881
60.94480.0550.459900.30220.61390.0924-0.1806-0.02130.1939-0.05340.01710.0429-0.0578-0.039-0.0672-0.00770.0412-0.03460.067-0.1003-44.1372-43.0503-17.1267
74.36-1.55340.521302.41870-0.0527-0.2526-0.50320.1497-0.016-0.10260.1885-0.16690.0687-0.0398-0.01840.0125-0.04990.0801-0.1045-42.1768-51.4447-23.945
80.2461.1687-0.14231.8605-2.64110.09790.0023-0.0669-0.08890.0825-0.01030.057-0.0294-0.0740.0080.1477-0.08790.1199-0.05310.14740.3016-47.9518-62.3439-25.8836
90.2647-1.7935-0.33430.00452.49371.0088-0.1228-0.10420.0325-0.19780.0466-0.0917-0.3562-0.1640.07620.07990.0509-0.0171-0.08730.0564-0.059-36.9814-39.7745-29.9036
103.1419-1.34781.47873.87432.49612.47070.1389-0.5443-0.26210.3785-0.11330.13650.2258-0.2019-0.02560.0322-0.1009-0.02130.08890.02830.0152-29.8137-28.542-7.1447
111.69272.22410.81972.77711.29911.57880.0552-0.1691-0.08320.1688-0.0412-0.11650.11870.0547-0.014-0.05250.008-0.0018-0.0330.0337-0.0779-18.6777-20.0908-2.9428
120-1.1755-2.66050-1.84950.16650.0286-0.22050.2780.0882-0.05940.117-0.1310.04960.03080.03010.0352-0.01820.021-0.0724-0.0613-12.10626.67539.5862
1301.2105-0.06380.95561.36520.4277-0.2347-0.20160.0923-0.2952-0.01040.1315-0.3484-0.09360.2450.09810.0378-0.08360.0422-0.02090.1273-26.4574-10.1543-1.3857
140.4798-0.2684-0.34641.23652.257200.0667-0.2101-0.0597-0.0263-0.08240.01340.1834-0.31530.0157-0.0465-0.07470.02340.03120.0686-0.0709-35.3929-34.052-14.0255
151.0139-2.7303-0.87970.3073-1.6362.80370.05420.2122-0.4826-0.0697-0.04160.26110.4176-0.3921-0.0127-0.0312-0.0151-0.01060.015-0.03030.0706-45.2872-49.9472-34.0047
160.55382.8972.84932.4508-2.85673.9361-0.00390.2644-0.0831-0.12330.0730.24910.5254-0.1084-0.0691-0.1671-0.119-0.0011-0.14290.0319-0.1415-58.1997-49.4887-34.5174
170-0.65241.43470.32161.01260.8976-0.015-0.5290.16060.2905-0.20210.2044-0.0649-0.22550.2171-0.09090.03430.07190.0237-0.013-0.0545-53.801-19.514-22.7268
180.9931-2.80030.08540-0.81140.0281-0.0311-0.2157-0.00870.3619-0.0420.17120.1592-0.11380.0731-0.061-0.03130.10980.0015-0.0623-0.0603-60.903-25.4449-20.5937
192.26951.3013-0.41514.9706-0.20430.9592-0.0125-0.17990.11280.0572-0.11750.3474-0.1342-0.17370.13-0.10180.07170.02660.0048-0.0052-0.051-57.2163-23.2939-29.9557
205.9077-0.5883-1.34891.3171-1.86180.00020.0802-0.05830.3223-0.0805-0.07960.0689-0.1662-0.1744-0.0006-0.11450.09030.0693-0.0643-0.03130.0193-56.7875-14.6563-25.2868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{H|34 - 52}H34 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2{H|53 - 109}H53 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3{H|110 - 170}H110 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4{H|171 - 182}H171 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5{H|183 - 196}H183 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6{H|197 - 226}H197 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7{H|227 - 247}H227 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8{H|248 - 252}H248 - 252
9X-RAY DIFFRACTION9{H|253 - 265}H253 - 265
10X-RAY DIFFRACTION10{H|266 - 280}H266 - 280
11X-RAY DIFFRACTION11{H|281 - 325}H281 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12{H|326 - 332}H326 - 332
13X-RAY DIFFRACTION13{H|333 - 359}H333 - 359
14X-RAY DIFFRACTION14{H|360 - 382}H360 - 382
15X-RAY DIFFRACTION15{H|383 - 398}H383 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16{H|399 - 408}H399 - 408
17X-RAY DIFFRACTION17{H|409 - 427}H409 - 427
18X-RAY DIFFRACTION18{H|428 - 433}H428 - 433
19X-RAY DIFFRACTION19{H|434 - 493}H434 - 493
20X-RAY DIFFRACTION20{H|494 - 510}H494 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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