PDB-4oj0: mCardinal V218E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oj0

タイトル

mCardinal V218E

要素

Fluorescent protein FP480

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ataie, N. / Ng, H.

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2014
タイトル: Non-invasive intravital imaging of cellular differentiation with a bright red-excitable fluorescent protein.
著者: Chu, J. / Haynes, R.D. / Corbel, S.Y. / Li, P. / Gonzalez-Gonzalez, E. / Burg, J.S. / Ataie, N.J. / Lam, A.J. / Cranfill, P.J. / Baird, M.A. / Davidson, M.W. / Ng, H.L. / Garcia, K.C. / ...

履歴

登録	2014年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oj0.cif.gz	527.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oj0.ent.gz	445.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oj0_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oj0_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	4oj0_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	4oj0_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4oj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4oj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bxb-6 3bxb-2 3bxb-3 5yt1-2 3bxb-1 3nt9-2 3bxb-7 3svr-1 3nt3-3 3nt9-4 3svu-3 5yt1-3 5yt1-1 3svs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fluorescent protein FP480

B: Fluorescent protein FP480

C: Fluorescent protein FP480

D: Fluorescent protein FP480

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Fluorescent protein FP480

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fluorescent protein FP480

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fluorescent protein FP480

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fluorescent protein FP480

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Fluorescent protein FP480

D: Fluorescent protein FP480

ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Fluorescent protein FP480

C: Fluorescent protein FP480

ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.550, 102.942, 116.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fluorescent protein FP480 分子量: 27721.572 Da / 分子数: 4 / 変異: V218E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VX33
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Calcium Acetate, 0 .1 M MES pH 6.0, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115834 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115834 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.437 Å / Num. all: 183007

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.437 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	2283	1.25 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1652	182991	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7184	0	0	631	7815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.464	9920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.311	2792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.737	0.3298	135	0.2747	10736	X-RAY DIFFRACTION	94
1.737-1.7774	0.2725	137	0.2493	11234	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7774-1.8218	0.2809	141	0.2421	11281	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8218-1.8711	0.279	142	0.2301	11250	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8711-1.9261	0.2514	141	0.2087	11231	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9261-1.9883	0.2239	139	0.1922	11308	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9883-2.0594	0.1821	143	0.1804	11333	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0594-2.1418	0.2487	145	0.1775	11343	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1418-2.2393	0.1845	142	0.1709	11330	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2393-2.3574	0.1994	145	0.1664	11332	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3574-2.5051	0.233	142	0.1711	11408	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5051-2.6984	0.2128	147	0.1678	11371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6984-2.97	0.2033	141	0.1677	11397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.3996	0.1796	145	0.1574	11367	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3996-4.2826	0.1398	148	0.1299	11440	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2826-45.4533	0.1567	150	0.139	11347	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3585	0.0884	0.1007	0.9124	0.1412	3.104	0.0417	-0.2636	0.1128	0.1507	0.0211	-0.0792	0.1034	0.0161	-0.0477	0.1384	0.0091	-0.0304	0.2038	-0.0225	0.1501	-18.8138	68.7547	-20.197
2	1.2048	-0.1949	-0.2083	1.5054	-0.4471	1.2823	0.1138	0.1531	0.1882	-0.2654	-0.1087	-0.2714	-0.062	0.0919	-0.0266	0.1875	0.0333	0.0786	0.1487	0.0333	0.1972	6.5621	49.2551	4.8935
3	0.9525	-0.5904	-0.0655	1.4935	0.7522	1.6166	-0.0062	-0.0635	-0.1304	0.1225	-0.0794	0.3645	0.0662	-0.1903	0.0618	0.1171	-0.003	0.0132	0.1496	-0.0041	0.2008	23.0581	71.2279	-29.9239
4	1.1575	-0.0332	-0.0259	0.7847	0.4313	2.3593	0.0714	0.0163	-0.0152	-0.0112	0.0511	-0.1738	0.2729	0.4416	-0.0908	0.1734	0.0559	-0.0003	0.2043	0.0029	0.1564	-11.4929	59.8201	-48.0026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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