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- PDB-4oim: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oim
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex with inhibitor PT119 in 2.4 M acetate
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibition / High-concentration acetate / slow-onset inhibition / substrate binding loop conformational heterogeneity / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-(2-CYANOPHENOXY)-5-HEXYLPHENOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.848 Å
データ登録者Li, H.J. / Pan, P. / Lai, C.T. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
引用
ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014
タイトル: Time-Dependent Diaryl Ether Inhibitors of InhA: Structure-Activity Relationship Studies of Enzyme Inhibition, Antibacterial Activity, and in vivo Efficacy.
著者: Pan, P. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Li, H.J. / Lai, C.T. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Patil, S.S. / Slayden, R.A. / Tonge, P.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: A Structural and energetic model for the slow-onset inhibition of InhA, an enzyme drug target from Mycobacterium tuberculosis
著者: Li, H.J. / Lai, C.T. / Pan, P. / Yu, W. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,33414
ポリマ－30,7261
非ポリマー1,60813
水1,35175
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,33856
ポリマ－122,9054
非ポリマー6,43352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area27110 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.622, 90.622, 182.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

21A-451-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 30726.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MT1531, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-JUS / 2-(2-CYANOPHENOXY)-5-HEXYLPHENOL


分子量: 295.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO2
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.4 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月20日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 32854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 29.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.8813.30.6816060.7461100
1.88-1.9214.10.57916160.771100
1.92-1.9514.30.4916220.7291100
1.95-1.9914.40.38716240.7531100
1.99-2.0414.40.30516000.7671100
2.04-2.0814.40.25816230.7911100
2.08-2.1414.40.22116260.8161100
2.14-2.1914.50.16316190.8681100
2.19-2.2614.40.13416390.9441100
2.26-2.3314.40.11816360.9111100
2.33-2.4114.40.09716180.9831100
2.41-2.5114.40.08916331.0051100
2.51-2.6314.30.07716461.061100
2.63-2.7614.30.06516341.0181100
2.76-2.9414.20.0616561.0621100
2.94-3.1614.20.06116471.1521100
3.16-3.4814.10.06216741.1681100
3.48-3.9913.70.05316721.1791100
3.99-5.0213.20.03716940.97199.9
5.02-5013.10.03317691.104197.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X23

2x23


解像度: 1.848→45.311 Å / FOM work R set: 0.891 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1981 1633 4.98 %Random
Rwork0.1702 ---
obs0.1716 32823 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.612 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.04 Å2 / Biso mean: 39.94 Å2 / Biso min: 17.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5162 Å20 Å2-0 Å2
2--3.5162 Å2-0 Å2
3----7.0324 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.848→45.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 110 75 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1433017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.24801
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8477-1.9020.25561320.21322441257396
1.902-1.96340.20981440.187625612705100
1.9634-2.03360.19641210.174925892710100
2.0336-2.1150.19291400.165125692709100
2.115-2.21130.18661470.150325812728100
2.2113-2.32790.17751480.158925822730100
2.3279-2.47370.19231260.164525872713100
2.4737-2.66470.22191480.179125952743100
2.6647-2.93280.19781420.183726082750100
2.9328-3.35710.22421110.173926512762100
3.3571-4.2290.20011250.161526712796100
4.229-45.32460.18271490.172755290498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.6033 Å / Origin y: -21.2614 Å / Origin z: 5.689 Å
111213212223313233
T0.5016 Å20.0017 Å2-0.0646 Å2-0.1302 Å20.0376 Å2--0.2608 Å2
L1.6589 °2-0.1914 °20.0328 °2-1.3739 °2-0.1332 °2--2.6844 °2
S0.0981 Å °-0.1699 Å °-0.3382 Å °0.1569 Å °0.0554 Å °0.0109 Å °0.9478 Å °0.0319 Å °-0.1237 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 313
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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