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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oi6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of nickel-bound form SCO4226 from Streptomyces coelicolor A3(2) | ||||||
要素 | Nickel responsive protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / nickel responsive protein / Structural Genomics / ferredoxin-like fold / a nickel responsive protein / nickel binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ORF SCO4226, nickel-binding ferredoxin-like monomer / SCO4226-like / SCO4226, nickel-binding ferredoxin-like monomer / Nickel responsive protein SCO4226-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, M. / Jiang, Y.L. / Wang, S. / Cheng, W. / Zhang, R.G. / Virolle, M.J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Streptomyces coelicolor SCO4226 Is a Nickel Binding Protein. 著者: Lu, M. / Jiang, Y.L. / Wang, S. / Jin, H. / Zhang, R.G. / Virolle, M.J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oi6.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oi6.ent.gz | 33.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10211.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET22b 由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: A3(2) / 遺伝子: SCO4226 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (de3) / 参照: UniProt: Q9FCE4 #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.44 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8 M sodium citrate dihydrate, pH 6.5 and 0.8 M NiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→17.536 Å / Num. all: 8509 / Num. obs: 8364 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1.38 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.14 Å / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→17.536 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→17.536 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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