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- PDB-4ohn: Crystal structure of an ABC uptake transporter substrate binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ohn
タイトルCrystal structure of an ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus pneumoniae with Bound Histidine
要素ABC transporter substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / ABC transporter substrate-binding protein - glutamine transport / Histidine
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HISTIDINE / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, W. / Yim, Y. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus pneumoniae with Bound Histidine
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, W. / Yim, Y. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9314
ポリマ－28,6571
非ポリマー2743
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.125, 87.125, 70.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 28656.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: Canada MDR_19A / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A0H2UKY8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8K 30% w/v Na Acetate 0.2M Bis-Tris 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.28756 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日 / 詳細: Double Silicone 111 crystalBi-morph Mirrors
放射モノクロメーター: Double Silicone 111 Crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→37.12 Å / Num. all: 64061 / Num. obs: 64061 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4 / Scaling rejects: 313
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.37-1.426.70.6832.741332615698
5.31-37.1211.30.05235.613090116099.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BLU-MAXデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q2C

2q2c


解像度: 1.37→33.31 Å / FOM work R set: 0.9262 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: Thoughout / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.71 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1527 3245 5.07 %Random
Rwork0.1369 ---
all0.1377 64008 --
obs0.1377 64008 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.97 Å2 / Biso mean: 18.85 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→33.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1940 0 19 304 2263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.233004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.378812
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.37-1.39050.27571540.27692550270498
1.3905-1.41220.27631370.23012592272998
1.4122-1.43530.20451480.19262581272998
1.4353-1.46010.23231310.18032614274599
1.4601-1.48660.19681270.163226502777100
1.4866-1.51520.1711640.155826212785100
1.5152-1.54620.17531320.150526572789100
1.5462-1.57980.15651330.148726462779100
1.5798-1.61650.17621380.148826502788100
1.6165-1.6570.1661490.138726232772100
1.657-1.70180.13691460.13726592805100
1.7018-1.75180.14681580.130126132771100
1.7518-1.80840.15491280.128626612789100
1.8084-1.8730.13351370.132626542791100
1.873-1.9480.17251420.133326292771100
1.948-2.03660.14951400.131926762816100
2.0366-2.1440.14571550.129826082763100
2.144-2.27830.14451380.128626812819100
2.2783-2.45410.15011480.127926462794100
2.4541-2.7010.12521340.136226582792100
2.701-3.09160.13611500.132626732823100
3.0916-3.89410.14321190.125226942813100
3.8941-33.31960.14111370.124127272864100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4219-1.83330.63975.7675-3.69072.99740.08230.3414-0.5591-0.5819-0.08690.23630.3641-0.0984-0.08690.1650.0229-0.01430.1823-0.09420.154916.006220.698115.8809
21.7809-0.4432-0.31591.26690.35440.90670.01310.15350.0083-0.0169-0.0183-0.03030.0444-0.0330.01460.07240.00710.00340.1026-0.01080.071810.975334.42725.6431
30.7421-0.9116-1.41911.88142.0032.8006-0.0958-0.0837-0.06590.13410.03070.04690.20050.13140.03710.09940.0243-0.02050.09990.00830.09210.057734.562345.0668
41.40530.2418-0.66461.9058-0.1182.1385-0.0157-0.0976-0.10470.076-0.0751-0.02310.1446-0.03590.0840.0766-0.0157-0.00520.09920.00310.0658-1.745237.296146.819
50.5154-0.6328-0.76181.4641.81262.5567-0.0125-0.0279-0.02330.04340.0701-0.05610.02090.105-0.05560.06690.0024-0.01360.088-0.00120.084210.939339.919641.7612
62.07-0.5718-0.18063.90210.89830.4850.0057-0.19430.18790.17330.0396-0.17670.04530.0481-0.03610.10350.0161-0.0160.1311-0.03310.12725.381134.449730.7103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 109 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 143 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 196 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 237 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 272 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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