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- PDB-4oh8: Crystal Structure of the human MST1-RASSF5 SARAH heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oh8
タイトルCrystal Structure of the human MST1-RASSF5 SARAH heterodimer
要素
  • Ras association domain-containing protein 5
  • Serine/threonine-protein kinase 4
キーワードtransferase/Apoptosis / Coiled-coil / SARAH domain / homodimerization / heterodomerization / transferase-Apoptosis complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of lymphocyte proliferation / lymphocyte proliferation / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development ...positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of lymphocyte proliferation / lymphocyte proliferation / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / regulation of protein localization to nucleus / Signaling by Hippo / organ growth / branching involved in blood vessel morphogenesis / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / epithelial cell proliferation / positive regulation of protein ubiquitination / central nervous system development / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of protein binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein autophosphorylation / nuclear body / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras association domain-containing protein 5 / Ras association domain-containing protein 1-6 / Novel Ras effector 1 C-terminal SARAH (Sav/Rassf/Hpo) domain / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 ...Ras association domain-containing protein 5 / Ras association domain-containing protein 1-6 / Novel Ras effector 1 C-terminal SARAH (Sav/Rassf/Hpo) domain / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / p53-like tetramerisation domain superfamily / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 4 / Ras association domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.281 Å
データ登録者Hwang, E. / Cheong, H.-K. / Ul Mushtaq, A. / Kim, H.-Y. / Yeo, K.J. / Kim, E. / Lee, W.C. / Hwang, K.Y. / Cheong, C. / Jeon, Y.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the heterodimerization of the MST and RASSF SARAH domains in the Hippo signalling pathway.
著者: Hwang, E. / Cheong, H.K. / Mushtaq, A.U. / Kim, H.Y. / Yeo, K.J. / Kim, E. / Lee, W.C. / Hwang, K.Y. / Cheong, C. / Jeon, Y.H.
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 4
B: Ras association domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6392
ポリマ－12,6392
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.940, 85.840, 92.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 4 / Mammalian STE20-like protein kinase 1 / MST-1 / STE20-like kinase MST1 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 1 / MST-1 / STE20-like kinase MST1 / Serine/threonine-protein kinase Krs-2 / Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit / MST1/N / Serine/threonine-protein kinase 4 18kDa subunit / MST1/C


分子量: 6119.969 Da / 分子数: 1 / 断片: MST1 SARAH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK4, KRS2, MST1 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q13043, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Ras association domain-containing protein 5 / New ras effector 1 / Regulator for cell adhesion and polarization enriched in lymphoid tissues / RAPL


分子量: 6519.258 Da / 分子数: 1 / 断片: RASSF5 SARAH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASSF5, NORE1, RAPL / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WWW0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 23288 / Num. obs: 22807 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 31.733
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 6.031 / Num. unique all: 23288 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.281→25.093 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 242 4.59 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2195 5278 97.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.281→25.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数762 0 0 22 784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1221037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.27316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2805-2.87260.31891160.21392439X-RAY DIFFRACTION97
2.8726-25.09460.26481260.21772597X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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