PDB-4ogj: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ogj

タイトル

Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with the inhibitor TG-101348

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / bromodomain / bromodomain containing protein 4 / JAK2 kinase inhibitor / FLT3 kinase inhibitor / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Jose, B. / Martin, S. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Dual kinase-bromodomain inhibitors for rationally designed polypharmacology.
著者: Ciceri, P. / Muller, S. / O'Mahony, A. / Fedorov, O. / Filippakopoulos, P. / Hunt, J.P. / Lasater, E.A. / Pallares, G. / Picaud, S. / Wells, C. / Martin, S. / Wodicka, L.M. / Shah, N.P. / ...

履歴

登録	2014年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年2月12日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ogj.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ogj.ent.gz	99 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ogj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ogj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ogj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ogj_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	4ogj_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4ogj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4ogj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ogiC 2ossS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mh7-1 4o76-4 4o76-2 5f60-d 5ad3-1 6xv3-3 6g0d-d 6xv3-1 4bw3-d 4o76-1 4o71-2 4o77-1 5vom-1 6xv3-2 5ovb-1 6rwj-d 4bjx-d 4o7f-1 7ajn-d 5z8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.163, 59.412, 111.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 断片: bromodomain 1 (UNP residues 44-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-2TA / N-tert-butyl-3-{[5-methyl-2-({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}amino)pyrimidin-4-yl]amino}benzenesulfonamide / Fedratinib / TG-101348 分子量: 524.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₆N₆O₃S / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.20 M sodium potassium tartrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, 20.0% PEG3350, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.52 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.5 % / Av σ(I) over netI: 10.5 / 数: 154132 / R_sym value: 0.051 / D res high: 1.65 Å / D res low: 19.561 Å / Num. obs: 34360 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.22	19.56	98.1	1	0.028	0.028	4.3
3.69	5.22	99.9	1	0.03	0.03	4.6
3.01	3.69	100	1	0.036	0.036	4.7
2.61	3.01	99.9	1	0.044	0.044	4.7
2.33	2.61	99.9	1	0.054	0.054	4.7
2.13	2.33	100	1	0.063	0.063	4.7
1.97	2.13	99.9	1	0.085	0.085	4.6
1.84	1.97	99.9	1	0.124	0.124	4.6
1.74	1.84	99.8	1	0.191	0.191	4.5
1.65	1.74	96.5	1	0.271	0.271	3.7

反射

解像度: 1.65→19.561 Å / Num. all: 34602 / Num. obs: 34360 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.74	3.7	0.271	2.9	17555	4769	0.271	96.5
1.74-1.84	4.5	0.191	4.1	21059	4700	0.191	99.8
1.84-1.97	4.6	0.124	6.2	20447	4440	0.124	99.9
1.97-2.13	4.6	0.085	8.9	19102	4126	0.085	99.9
2.13-2.33	4.7	0.063	11.6	17980	3837	0.063	100
2.33-2.61	4.7	0.054	13.2	16365	3470	0.054	99.9
2.61-3.01	4.7	0.044	14.5	14549	3098	0.044	99.9
3.01-3.69	4.7	0.036	16.9	12282	2629	0.036	100
3.69-5.22	4.6	0.03	18.6	9599	2091	0.03	99.9
5.22-19.561	4.3	0.028	16.7	5194	1200	0.028	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 53.09 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.56 Å
Translation	2.5 Å	19.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OSS

2oss

解像度: 1.65→19.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.1748 / WR_factor R_work: 0.1452 / FOM work R set: 0.9046 / SU B: 2.693 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0853 / SU R_free: 0.0855 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1817	1726	5 %	RANDOM
R_work	0.1503	-	-	-
all	0.1519	34568	-	-
obs	0.1519	34298	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.05 Å² / B_iso mean: 18.795 Å² / B_iso min: 6.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2112	0	86	291	2489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.765	2.008	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	3.014	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.117	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.303	26.106	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.714	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.519	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.584	2.419	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.342	2.412	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.837	4.477	1297

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	104	-
R_work	0.174	2215	-
all	-	2319	-
obs	-	-	92.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3411	-0.0992	-0.2762	0.1914	0.1336	0.4414	-0.0546	0.0001	-0.0175	-0.0137	0.026	-0.0125	0.0216	0.0036	0.0286	0.0304	0.0003	0.0086	0.0249	-0.006	0.0166	29.758	31.3958	12.6004
2	0.2161	0.1105	-0.1898	0.4292	-0.2112	0.7766	-0.0137	-0.0056	0.0183	0.0299	0.0348	0.0589	0.0078	-0.0147	-0.021	0.019	0.0058	0.008	0.0201	0.0043	0.0251	14.0002	32.3152	43.8329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	42 - 168

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)