PDB-4og8: Human menin with bound inhibitor MIV-6R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4og8

タイトル

Human menin with bound inhibitor MIV-6R

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING/INHIBITOR / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

He, S. / Senter, T.J. / Pollock, J.W. / Han, C. / Upadhyay, S.K. / Purohit, T. / Gogliotti, R.D. / Lindsley, C.W. / Cierpicki, T. / Stauffer, S.R. / Grembecka, J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: High-Affinity Small-Molecule Inhibitors of the Menin-Mixed Lineage Leukemia (MLL) Interaction Closely Mimic a Natural Protein-Protein Interaction.
著者: He, S. / Senter, T.J. / Pollock, J. / Han, C. / Upadhyay, S.K. / Purohit, T. / Gogliotti, R.D. / Lindsley, C.W. / Cierpicki, T. / Stauffer, S.R. / Grembecka, J.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4og8.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4og8.ent.gz	164.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4og8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4og8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4og8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4og3C 4og4C 4og5C 4og6C 4og7C 4gpqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ddd-d 4og7-d 5db2-d 5db1-d 6o5i-d 5dde-d 5dd9-d 5db0-d 6bxy-d 4gq3-d 4x5y-d 4og6-d 4og3-d 4og4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.782, 80.224, 124.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54600.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 7種, 440分子

#2: 化合物	ChemComp-TBF / TERT-BUTYL FORMATE / TERTIARY BUTOXY CARBONYL / ぎ酸tert-ブチル分子量: 102.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-2SF / 4-(3-{4-[(R)-amino(cyclopentyl)phenylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile / MIV-6R 分子量: 417.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₃O
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₅O₆P
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE HUMAN MENIN ISOFORM 2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data ...詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→41.68 Å / Num. all: 483441 / Num. obs: 73430 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 28.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4GPQ

4gpq

解像度: 1.53→41.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.13 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17596	3693	5 %	RANDOM
R_work	0.15115	-	-	-
obs	0.15237	69656	98.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→41.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3669	0	81	429	4179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.735	1.979	5299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.061	3.007	8490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.68	23.943	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.363	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.015	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.491	1.58	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.491	1.581	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.237	2.447	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.237	2.452	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.544	2.607	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.544	2.608	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.52	3.644	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.132	7.564	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.132	7.575	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.531→1.571 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	230	-
R_work	0.221	4816	-
obs	-	-	92.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9293	-0.74	-0.283	1.8021	1.0178	2.2227	-0.0418	0.0931	-0.2569	0.0862	-0.0123	0.113	0.3845	-0.106	0.0541	0.1732	-0.0237	-0.0182	0.1397	-0.0277	0.1399	4.558	-10.294	-1.185
2	1.4245	-0.5119	0.1881	1.1603	-0.1652	1.4659	0.0465	0.2178	0.0071	-0.0362	-0.0386	0.0126	0.1013	0.0168	-0.0079	0.1264	0.0042	-0.015	0.1626	-0.0133	0.0829	12.889	-3.336	-5.989
3	1.9257	-0.7033	0.3414	1.2099	-0.1202	2.391	0.0368	0.0985	-0.2423	-0.0388	-0.0124	-0.0672	0.2753	0.1703	-0.0244	0.1659	0.0261	-0.0199	0.1491	-0.0293	0.128	30.468	-10.728	11.189
4	7.0894	-10.1433	1.2137	20.3469	3.7253	5.322	-0.0529	0.3452	0.7178	-0.4646	-0.2022	-0.8918	-0.5023	0.3346	0.2551	0.1656	-0.0587	0.0183	0.2089	0.0891	0.277	27.739	9.129	-1.074
5	0.8246	0.0247	0.2872	0.3892	0.2463	1.4033	0.0517	0.0804	-0.0051	-0.0207	0.0384	-0.0511	0.135	0.1333	-0.0901	0.1162	0.0354	-0.0096	0.1351	-0.0106	0.0906	22.412	-0.029	10.293
6	1.4191	-2.0108	0.4253	4.9153	0.7707	1.6816	0.0479	0.0027	0.2333	-0.0146	0.028	-0.4544	0.0869	0.258	-0.0759	0.0902	0.0148	-0.0011	0.1441	0.0019	0.1293	26.866	7.385	22.494
7	0.8984	0.0019	0.4775	0.465	0.4435	1.0735	0.0065	0.0361	0.0556	-0.0349	-0.0654	0.0705	0.0279	-0.0801	0.0589	0.1043	0.0045	-0.0027	0.1217	-0.005	0.0999	6.237	5.419	8.856
8	0.118	-0.0329	-0.0649	1.2356	0.2487	0.4073	0.0046	0.0281	0.0019	-0.046	-0.0457	0.0768	-0.0118	-0.0564	0.0411	0.0844	0.0086	-0.0045	0.1248	-0.0078	0.0936	6.866	22.742	20.426
9	4.7583	-2.2788	-2.4422	2.252	0.9081	2.251	-0.1155	-0.2016	0.0299	0.1424	0.1035	-0.021	-0.0989	0.1549	0.012	0.1284	-0.0169	-0.0233	0.1365	-0.0124	0.095	10.039	36.465	27.726
10	2.7686	1.4876	1.1778	3.6436	0.3256	0.8349	-0.2582	0.0166	0.3185	-0.1576	0.1031	0.2343	-0.226	0.0039	0.1552	0.1753	-0.0166	-0.061	0.1124	-0.0024	0.1213	15.975	38.596	32.55

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	128 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	138 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	205 - 222
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	223 - 289
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	290 - 428
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	429 - 461
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	548 - 588

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)