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万見
- PDB-4og1: Crystal Structure of a Putative Enoyl-CoA Hydratase from Novosphi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4og1
タイトルCrystal Structure of a Putative Enoyl-CoA Hydratase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / enoyl-CoA hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase Ech1-like / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Enoyl-CoA hydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chapman, H.C. / Cooper, D.R. / Tkaczuk, K.L. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Alkire, R. ...Chapman, H.C. / Cooper, D.R. / Tkaczuk, K.L. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Alkire, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Enoyl-CoA Hydratase from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
著者: Chapman, H.C. / Cooper, D.R. / Tkaczuk, K.L. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Alkire, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1322
ポリマ－31,7621
非ポリマー3701
水2,126118
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3976
ポリマ－95,2863
非ポリマー1,1113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area13660 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.587, 108.587, 108.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 31762.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_0502 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q2GB23, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Potassium Sulfate, 20% (w/v) PEG 3350, Equilibrated against reservoir of 1.5M NaCl , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 26899 / % possible obs: 99 %
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 9.1 % / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.298 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19652 1341 5 %RANDOM
Rwork0.16664 ---
obs0.16813 25312 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1948 0 25 118 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9821.9472718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92834438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4615257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18422.90393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13515326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0471520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1552.4411028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1562.441027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8253.6391282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8253.6411283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6642.902985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6152.902985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1564.1681433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.62520.9482293
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.59320.512264
LS精密化 シェル解像度: 2.054→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 105 -
Rwork0.248 1855 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0302-0.2619-0.66673.0959-0.59983.21080.11370.0390.5085-0.3489-0.01760.2405-0.7098-0.3093-0.0960.4830.23560.02440.13020.04710.26176.4945.67811.351
22.05-0.4725-0.37711.8921-0.25720.90290.04490.02520.3126-0.2503-0.0419-0.2368-0.3944-0.0812-0.0030.31690.09340.07080.06420.05010.147818.69634.98611.599
31.06920.09470.33411.9771-0.1772.01270.0254-0.27650.07760.2044-0.02530.1813-0.3538-0.3631-0.00010.18640.14210.06010.20730.01250.06726.84430.43126.989
414.64812.5701-1.382411.9006-3.88022.43350.0958-0.29230.35380.34120.08850.253-0.1514-0.2485-0.18430.23080.21250.09650.3781-0.02250.1487-6.13837.90934.355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A84 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3A176 - 260
4X-RAY DIFFRACTION4A261 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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