[日本語] English
万見
- PDB-4ofg: Co-crystal structure of carboxy cGMP binding domain of Plasmodium... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofg
タイトルCo-crystal structure of carboxy cGMP binding domain of Plasmodium falciparum PKG with cGMP
要素CGMP-dependent protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphate binding cassette/Cyclic GMP binding domain/PKG / Serine/threonine kinase / TF2I / IRAG / cGMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / extrinsic component of membrane / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane ...cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / extrinsic component of membrane / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / PENTANE-1,5-DIAMINE / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, J.J. / Sanabria figueroa, E. / Kim, C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the Carboxyl cGMP Binding Domain of the Plasmodium falciparum cGMP-dependent Protein Kinase Reveal a Novel Capping Triad Crucial for Merozoite Egress.
著者: Kim, J.J. / Flueck, C. / Franz, E. / Sanabria-Figueroa, E. / Thompson, E. / Lorenz, R. / Bertinetti, D. / Baker, D.A. / Herberg, F.W. / Kim, C.
履歴
登録2014年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CGMP-dependent protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,80024
ポリマ－16,9541
非ポリマー1,84523
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.299, 67.299, 59.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CGMP-dependent protein kinase


分子量: 16954.432 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal cGMP binding domain, UNP residues 401-542
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): delta cya TP2000
参照: UniProt: Q8MMZ4, UniProt: Q8I719*PLUS, cGMP-dependent protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 化合物
ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 15% ethanol, 0.1 M citrate at pH 5.5 and 10 % 1,5-diaminopentane dihydrochloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月29日
放射モノクロメーター: Kohzu HDL-4 Double Crystal, Diamond(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→26.173 Å / Num. all: 10715 / Num. obs: 10655 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 17.896 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.03-2.359.60.347.5199.2
2.35-2.9110.13914.8199
2.9-4.2210.90.07927198.1
4.22-12.6410.30.05633.5194.9
12.64-26.178.20.04128.3199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Specデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→26.173 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 541 5.08 %RANDOM
Rwork0.1682 ---
all0.17 10655 --
obs0.17 10655 98.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1175 0 119 50 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1361735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.742520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.20130.21941360.1722467X-RAY DIFFRACTION98
2.2013-2.51970.21621360.16962500X-RAY DIFFRACTION98
2.5197-3.17360.23471330.18082537X-RAY DIFFRACTION99
3.1736-26.17480.18311360.16092610X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3056-2.22041.01793.74981.47742.41840.05570.3834-0.1522-0.0117-0.1899-0.16550.19540.6090.18420.23670.04550.05760.33550.00080.266932.148231.294825.4995
21.0349-1.60470.71592.5373-0.78864.43060.26820.0305-0.1005-0.0623-0.5725-0.05760.1960.68040.0950.1478-0.09080.03810.4366-0.01160.181630.475641.26713.0028
35.47531.56143.14552.08230.79386.3708-0.1533-0.0627-0.14530.01020.1377-0.01430.13710.4148-0.03890.13620.03010.02650.2210.00110.132124.519937.209424.71
41.09590.22370.62472.42690.41753.6226-0.0809-0.0263-0.2262-0.04620.0150.19890.2686-0.27850.06070.1773-0.0113-0.00330.1977-0.01380.171210.392135.06314.4393
53.0296-3.582.9845.3069-4.81224.46990.26820.5921-0.6142-0.7917-0.25570.10561.13590.2004-0.38850.39140.0068-0.00180.1832-0.05580.222912.988131.82935.1761
63.00523.20860.50665.04281.68084.42040.1321-0.26840.2394-0.32770.02720.22880.3533-0.1204-0.05030.2345-0.0550.00010.2290.02250.20178.510236.3216-0.082
72.50160.1140.9831.4202-1.62673.6393-0.03290.3385-0.0692-0.1510.00920.0753-0.11230.06730.01880.1903-0.00480.00280.1712-0.02680.165113.724939.274110.7949
82.93421.20881.12261.97690.53475.0318-0.15760.06070.0415-0.08120.2047-0.0323-0.26890.2816-0.03930.14650.0007-0.00770.17310.00410.162120.125341.291619.9082
95.1179-1.7343.30381.6386-0.71154.23070.1420.2101-0.2611-0.1888-0.0006-0.0111-0.7741-0.51330.02390.2779-0.0060.03130.30810.01270.176618.227547.52111.5043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 401 through 415 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 416 through 423 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 424 through 439 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 440 through 460 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 461 through 467 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 468 through 475 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 476 through 502 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 503 through 519 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 520 through 542 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る