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- PDB-4of4: X-ray structure of unliganded uridine phosphorylase from Yersinia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4of4
タイトルX-ray structure of unliganded uridine phosphorylase from Yersinia pseudotuberculosis at 1.4 A resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / pyrimidine base / phosphate ion
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of unliganded uridine phosphorylase from Yersinia pseudotuberculosis at 1.4 A resolution
著者: Balaev, V.V. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2014年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Experimental preparation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5657
ポリマ－54,2502
非ポリマー3155
水7,819434
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,69621
ポリマ－162,7506
非ポリマー94615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area23740 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area48620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.949, 150.949, 46.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Uridine phosphorylase


分子量: 27124.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: udp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AM201 / 参照: UniProt: Q7AZX0, uridine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.17 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 1M TRIS, 5% W/V PGA-LM, 20% W/V PEG 2000 MME, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→75.475 Å / Num. all: 76922 / Num. obs: 76922 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.484.80.6261.253029110960.3190.6262.699
1.48-1.574.80.4031.950752106650.2060.4034.1100
1.57-1.684.90.24934930699870.1250.2496.4100
1.68-1.814.80.1624.54534193550.0820.1629.4100
1.81-1.9850.0967.34248785470.0480.09614.7100
1.98-2.2250.06110.83889277830.0310.06121.3100
2.22-2.5650.04812.93436468320.0240.04826.1100
2.56-3.135.10.04113.52947757580.020.04130.999.9
3.13-4.435.10.0413.32288444710.020.0436.9100
4.43-43.5865.10.04710.91233424280.0230.04737.8100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.59 Å
Translation2.5 Å43.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I2V

4i2v


解像度: 1.4→75.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1865 / WRfactor Rwork: 0.1555 / FOM work R set: 0.9024 / SU B: 2.263 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0794 / SU Rfree: 0.0645 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1838 3859 5 %RANDOM
Rwork0.1524 ---
all0.1541 76922 --
obs0.1541 76922 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.98 Å2 / Biso mean: 18.103 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→75.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 20 434 4224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.9465576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8285562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65523.86171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91515690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9221527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6331.52605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10124237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73831476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7194.51315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.7434081
LS精密化 シェル解像度: 1.402→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 277 -
Rwork0.254 5318 -
all-5595 -
obs--98.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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