PDB-4oet: Crystal structure of NikZ from Campylobacter jejuni, unliganded form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oet

タイトル

Crystal structure of NikZ from Campylobacter jejuni, unliganded form

要素

Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Extracytoplasmic / Nickel import / Metal transport / ABC-type importer / extracytoplasmic nickel-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Lebrette, H. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
著者: Lebrette, H. / Brochier-Armanet, C. / Zambelli, B. / de Reuse, H. / Borezee-Durant, E. / Ciurli, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2014年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Advisory / Data collection カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oet.cif.gz	410.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oet.ent.gz	340.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oet_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oet_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	4oet_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	4oet_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oerC 4oesC 4oeuC 4oevC 4oflC 4ofoC 1dpeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5on9-1 4i8c-1 3ry3-1 3mvw-1 4dcy-1 4oes-d 3mzb-1 4ofl-1 6uo6-2 4dcx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

B: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.060, 85.210, 148.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein / NikZ 分子量: 56815.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: subsp. jejuni NCTC 11168 = ATCC 700819 / 遺伝子: Cj1584c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P844
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15 % PEG 5000, 100 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.00446 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00446 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.06 Å / Num. all: 40944 / Num. obs: 40880 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 14.29
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / R_sym value: 0.505 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: PDB ENTRY 1DPE

1dpe

解像度: 2.4→46.058 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	2044	5 %
R_work	0.1793	-	-
obs	0.1814	40880	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8050	0	48	432	8530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	11208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.401	3056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4558	0.2869	133	0.2374	2530	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4558-2.5172	0.272	133	0.2252	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5853	0.2476	135	0.2158	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6614	0.2882	134	0.2122	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.7472	0.2436	135	0.211	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.8454	0.2528	133	0.2104	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-2.9593	0.2621	137	0.2023	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.094	0.2608	136	0.2061	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.2571	0.2489	135	0.193	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.4611	0.1893	136	0.172	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.7282	0.206	136	0.16	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7282-4.1032	0.1876	137	0.1489	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1032-4.6964	0.1804	138	0.1394	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6964-5.915	0.1956	140	0.1668	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.915-46.0664	0.1953	146	0.1681	2766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6329	-3.0875	0.6707	4.8797	0.9549	1.1546	0.1022	-0.2055	0.3897	-0.3989	-0.2403	-0.6935	-0.0119	0.1045	0.1229	0.2535	0.0091	0.0343	0.2756	-0.0099	0.1977	35.8142	64.8606	20.9181
2	1.7986	-0.1063	0.4483	1.3829	-0.7991	1.9144	-0.0454	-0.2811	0.2799	0.0595	0.0202	0.1004	-0.178	-0.2492	0.0434	0.1753	0.0155	-0.0074	0.249	-0.0753	0.3072	25.6339	74.8267	10.1003
3	1.2896	0.3949	0.2307	0.9721	-0.2044	0.889	-0.0084	-0.0284	-0.0108	-0.0156	-0.0266	-0.1085	-0.0822	0.0126	0.0432	0.1821	0.0214	0.0033	0.1283	-0.032	0.1364	54.1517	74.6865	10.347
4	1.6584	1.0446	2.0599	3.2253	2.0321	2.7684	0.0061	0.1469	-0.2246	0.0699	-0.0145	-0.1502	-0.1157	0.2101	0.0744	0.2923	-0.0502	0.0783	0.3106	0.0105	0.2322	79.8584	69.8325	33.1453
5	1.218	0.474	-0.2044	0.9256	0.536	2.6414	0.0359	0.2336	0.0484	-0.0969	0.2582	-0.2433	-0.3651	0.5215	-0.2609	0.2024	-0.0602	0.0427	0.3173	-0.0638	0.3424	87.1711	71.3045	49.2588
6	1.041	0.2683	1.0137	1.1985	0.1967	2.5855	0.0668	-0.1509	-0.0609	-0.0197	0.0339	0.1049	0.1032	-0.4163	-0.0739	0.1824	-0.0308	0.0047	0.175	0.0313	0.2033	60.2306	64.2416	44.1971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 494 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 178 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 179 through 494 )

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