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- PDB-4odd: Crystal structure of a dog lipocalin allergen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4odd
タイトルCrystal structure of a dog lipocalin allergen
要素LIPOCALIN ALLERGEN
キーワードALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Niemi, M.H. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Structural aspects of dog allergies: The crystal structure of a dog dander allergen Can f 4.
著者: Niemi, M.H. / Rytkonen-Nissinen, M. / Janis, J. / Virtanen, T. / Rouvinen, J.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LIPOCALIN ALLERGEN
A: LIPOCALIN ALLERGEN
C: LIPOCALIN ALLERGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9533
ポリマ－52,9533
非ポリマー00
水00
1
B: LIPOCALIN ALLERGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6511
ポリマ－17,6511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: LIPOCALIN ALLERGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6511
ポリマ－17,6511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LIPOCALIN ALLERGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6511
ポリマ－17,6511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.600, 74.430, 167.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...
21chain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...
31chain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASPASPchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC12 - 4412 - 44
12LYSLYSVALVALchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC49 - 5649 - 56
13CYSCYSSERSERchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC62 - 7062 - 70
14GLYGLYASPASPchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC84 - 9184 - 91
15ALAALAASNASNchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC96 - 10396 - 103
16THRTHRARGARGchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC111 - 119111 - 119
17ASPASPASNASNchain C and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...CC127 - 156127 - 156
21SERSERASPASPchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB12 - 4412 - 44
22LYSLYSVALVALchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB49 - 5649 - 56
23CYSCYSSERSERchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB62 - 7062 - 70
24GLYGLYASPASPchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB84 - 9184 - 91
25ALAALAASNASNchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB96 - 10396 - 103
26THRTHRARGARGchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB111 - 119111 - 119
27ASPASPASNASNchain A and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...AB127 - 156127 - 156
31SERSERASPASPchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA12 - 4412 - 44
32LYSLYSVALVALchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA49 - 5649 - 56
33CYSCYSSERSERchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA62 - 7062 - 70
34GLYGLYPHEPHEchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA84 - 8784 - 87
35ALAALAASNASNchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA96 - 10396 - 103
36THRTHRARGARGchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA111 - 119111 - 119
37ASPASPASNASNchain B and (resseq 12:44 or resseq 49:56 or resseq...BA127 - 156127 - 156

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要素

#1: タンパク質 LIPOCALIN ALLERGEN


分子量: 17651.107 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 17-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: OBP / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: J9P950
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% PEG 8000, 0.2M potassium phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.6 Å / Num. all: 15956 / Num. obs: 15857 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 52.68 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 23.42
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1665 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→44.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2806 793 5 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2394 15850 99.35 %-
all-15857 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.496 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 177.79 Å2 / Biso mean: 59.6897 Å2 / Biso min: 20.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.4049 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.0958 Å20 Å2
3----10.309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 0 0 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2454843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6861359
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C831X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
12A831X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
13B796X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.7630.38981290.32262458258799
2.763-2.97630.35161300.291424612591100
2.9763-3.27580.31121300.25142469259999
3.2758-3.74960.30581310.24624952626100
3.7496-4.72320.27191320.2112507263999
4.7232-44.64450.22521410.21982667280899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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