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- PDB-4od7: Complex structure of Proteus mirablis DsbA (C30S) with a non-cova... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4od7
タイトルComplex structure of Proteus mirablis DsbA (C30S) with a non-covalently bound peptide PWATCDS
要素
  • (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
  • Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE/PEPTIDE / Oxidative folding protein / virulence factor maturation protein / disulfide oxidoreductase / Thioredoxin / DsbA / Dithiol exchange / DsbB / Periplasmic / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.597 Å
データ登録者Kurth, F. / Premkumar, L. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Dithiol Oxidase DsbA Enzyme from Proteus Mirabilis Bound Non-covalently to an Active Site Peptide Ligand.
著者: Kurth, F. / Duprez, W. / Premkumar, L. / Schembri, M.A. / Fairlie, D.P. / Martin, J.L.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
B: Thiol:disulfide interchange protein
C: Thiol:disulfide interchange protein
D: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
E: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
F: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,67610
ポリマ－65,4446
非ポリマー2324
水9,764542
1
A: Thiol:disulfide interchange protein
D: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9314
ポリマ－21,8152
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein
F: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8152
ポリマ－21,8152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
3
C: Thiol:disulfide interchange protein
E: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9314
ポリマ－21,8152
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.056, 74.056, 93.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 21011.627 Da / 分子数: 3 / 変異: C30S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: HI4320 / 遺伝子: dsbA, PMI2828 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: B4EZ68
#2: タンパク質・ペプチド (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide


分子量: 802.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG3350, 0.2 M KSCN, 0.2 M NDSB-221, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→64.13 Å / Num. all: 74969 / Num. obs: 74969 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.597→1.68 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10489 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OCE

4oce


解像度: 1.597→37.718 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: the following twin law was applied in the refinement: h,-h-k,-l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1995 3774 5.03 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
all0.178 74969 --
obs0.178 74969 98.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.597→37.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4512 0 12 542 5066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5556256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4821666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5982-1.62570.29281820.30373221X-RAY DIFFRACTION85
1.6257-1.65530.28551910.27773594X-RAY DIFFRACTION93
1.6553-1.68710.29411700.26973563X-RAY DIFFRACTION94
1.6871-1.72150.28471940.27723547X-RAY DIFFRACTION94
1.7215-1.7590.30561960.25573545X-RAY DIFFRACTION94
1.759-1.79990.28541540.25923577X-RAY DIFFRACTION95
1.7999-1.84490.25731920.23763560X-RAY DIFFRACTION94
1.8449-1.89470.24891690.22783599X-RAY DIFFRACTION95
1.8947-1.95040.23371920.22213581X-RAY DIFFRACTION94
1.9504-2.01340.23881870.22043516X-RAY DIFFRACTION94
2.0134-2.08530.232050.21273608X-RAY DIFFRACTION94
2.0853-2.16870.25111760.20293590X-RAY DIFFRACTION95
2.1687-2.26740.22332060.20023535X-RAY DIFFRACTION94
2.2674-2.38680.22642060.19293611X-RAY DIFFRACTION94
2.3868-2.53620.2021820.18773554X-RAY DIFFRACTION95
2.5362-2.73170.20731880.17673621X-RAY DIFFRACTION95
2.7317-3.00610.20291890.16673586X-RAY DIFFRACTION95
3.0061-3.43990.19481940.15063583X-RAY DIFFRACTION95
3.4399-4.32950.14861990.12183580X-RAY DIFFRACTION95
4.3295-23.46360.15081930.12193592X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8290.1255-0.04351.5344-1.17973.7327-0.0194-0.03950.10290.0529-0.02980.0267-0.5942-0.18750.05140.21850.0657-0.01450.1119-0.02340.1147-34.784124.821722.4453
22.18381.0592-0.82891.3407-0.64690.9605-0.07160.1533-0.0044-0.12130.10930.08890.0639-0.0386-0.04310.1584-0.0041-0.01140.1319-0.01790.13850.30637.95633.5805
31.02430.34831.10571.13030.4373.7485-0.02250.15010.0203-0.0412-0.0163-0.1055-0.10950.58840.03690.07930.00350.01820.24470.01050.11851.93063.644513.9395
49.27416.4686-0.89677.6135-1.85524.1555-0.0249-0.37120.40050.2399-0.00250.4446-0.5237-0.14670.03460.22710.0677-0.02910.1055-0.00780.1354-37.198929.79279.0588
54.95721.78581.70653.42312.7813.51140.18050.0378-0.02410.0862-0.0778-0.31640.10110.5931-0.0580.14210.00490.01890.30610.04380.11177.31394.002127.3955
61.12462.1325-0.75032.0035-2.52821.8731-0.10490.097-0.0262-0.60520.2711-0.22420.06440.0117-0.14480.190.010.02150.2225-0.04220.1725-5.290735.663417.0281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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