PDB-4ocg: Structure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ocg

タイトル

Structure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfide reductase F161A Mutant

要素

FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADP-Dependant Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella loihica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Lee, K.-H. / Sazinsky, M.H. / Crane, E.J.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Characterization of the mechanism of the NADH-dependent polysulfide reductase (Npsr) from Shewanella loihica PV-4: Formation of a productive NADH-enzyme complex and its role in the ...
著者: Lee, K.H. / Humbarger, S. / Bahnvadia, R. / Sazinsky, M.H. / Crane, E.J.

履歴

登録	2014年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4ocg.ent.gz	356.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ocg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ocg_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ocg_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4ocg_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	4ocg_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/4ocg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/4ocg	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
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クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
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生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

ヘテロ分子

128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

ヘテロ分子

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

ヘテロ分子

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
383 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.710, 133.710, 84.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 600
2	1	1	4	B	1 - 600

#1: タンパク質	FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase 分子量: 62349.781 Da / 分子数: 2 / 変異: F161A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: PV-4 / 遺伝子: Shew_0729 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3QAV3
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 200 mM ammonium acetate, 50 mM sodium citrate, 5% PEG 4000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: Pilatus / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月1日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.629
1	1	-H, H+K, -L	2	0.371

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 43765 / Num. obs: 42058 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度: 2.75→2.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / R_sym value: 0.161 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 23.116 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17307	2068	4.9 %	RANDOM
R_work	0.12233	-	-	-
obs	0.12483	40258	96.09 %	-
all	-	43765	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-44.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-44.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	88.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8583	0	202	165	8950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.993	12140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.713	24.444	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.91	15	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.209	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	1.5	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.317	2	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.298	3	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.613	4.5	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4270 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.34	0.5
medium thermal	0.84	2

LS精密化シェル

解像度: 2.746→2.818 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	144	-
R_work	0.195	2650	-
obs	-	-	85.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.115	-0.2079	-0.2042	0.9041	0.7943	0.9166	-0.0385	-0.0077	0.0274	0.0248	0.0524	-0.1327	0.142	-0.0014	-0.0138	0.0873	-0.0026	0.0053	0.0791	-0.0077	0.1742	54.8215	-12.5975	36.6165
2	0.5248	-0.2813	0.3944	0.2621	-0.2814	0.6026	0.0316	-0.042	0.0945	-0.0339	-0.0419	-0.0913	0.0535	-0.0492	0.0104	0.0776	-0.0025	0.0036	0.0692	-0.0042	0.1463	48.5104	-7.6601	34.8709
3	4.9063	-0.3226	0.5064	1.5695	-1.0876	0.5963	-0.0502	-0.25	-0.1352	0.1309	0.2211	0.1744	-0.0892	-0.1701	-0.1709	0.0629	0.011	0.0165	0.0708	-0.0136	0.1609	32.7405	-2.306	29.8908
4	0.1801	-0.1208	-0.1089	0.2698	0.0913	0.0704	0.0063	-0.0168	0.0556	-0.0222	0.0183	-0.1425	-0.0119	-0.0163	-0.0246	0.0623	-0.0184	0.0114	0.077	-0.0026	0.1591	52.803	-1.265	27.16
5	1.5186	-1.7802	0.0289	2.8004	-0.1225	-0.0161	0.0656	0.0275	-0.047	0.0591	-0.1041	0.1229	-0.0018	0.0222	0.0385	0.0867	-0.005	0.0315	0.0919	0.0153	0.1177	29.9785	-0.1311	12.6835
6	0.1418	0.243	-0.3785	3.0814	-0.1492	0.677	0.0144	0.0225	-0.0165	-0.2765	-0.0167	0.0181	-0.0502	-0.0133	0.0023	0.1121	-0.0137	-0.0086	0.0875	-0.0153	0.0705	30.2452	-14.2498	5.3187
7	0.2962	-0.6543	0.1381	2.23	-0.5676	0.0816	-0.0523	0.0599	-0.0141	-0.1894	0.0651	0.0938	0.0419	-0.0172	-0.0128	0.1269	-0.0468	0.0056	0.0755	0.0302	0.1172	32.6093	12.9052	4.2396
8	0.7419	0.4695	0.4064	1.4347	-0.7732	0.9078	-0.0369	0.053	0.0609	-0.1921	0.0285	0.0446	0.0951	0.0625	0.0083	0.0847	-0.0117	0.0474	0.0877	0.0223	0.1076	36.426	4.2544	4.6819
9	1.2389	0.0317	0.3162	0.8062	0.2038	1.3753	-0.06	0.0269	-0.1155	-0.1146	0.0383	-0.155	0.0372	0.1011	0.0216	0.031	-0.0141	0.0611	0.0717	-0.0097	0.1744	60.4235	-15.9909	21.818
10	6.9558	4.3758	12.324	-0.0994	7.3438	21.3344	0.2652	-0.142	-0.2154	0.0763	-0.0131	-0.1055	0.1936	-0.313	-0.2521	0.1728	0.036	0.0901	0.0226	-0.0535	0.3407	52.7834	-22.1265	18.7901
11	0.1785	0.3202	0.4823	0.6723	0.5143	1.2038	0.0159	0.0366	-0.0577	0.0012	0.0599	-0.1583	0.0245	0.0615	-0.0758	0.0624	0.0037	0.0283	0.0782	-0.0037	0.1558	49.3919	-23.654	26.2004
12	1.7649	-1.4747	-0.9927	3.4839	0.6198	0.9121	-0.037	0.0051	0.0469	-0.2028	0.0377	-0.1562	-0.0517	0.0451	-0.0007	0.0582	-0.0133	0.0049	0.0834	-0.0227	0.0747	36.6636	-25.7306	9.0611
13	0.6077	-0.1089	-0.1806	0.633	-0.0698	0.2178	-0.018	0.0543	-0.0271	-0.0423	0.0112	-0.0307	-0.0009	-0.0352	0.0069	0.0782	-0.0099	0.0009	0.0749	-0.0149	0.1173	27.5063	-33.5361	18.0603
14	0.611	0.221	0.2737	1.3567	0.0481	1.0277	0.0451	0.0946	0.0094	-0.1626	0.052	-0.1363	0.0192	0.0993	-0.0971	0.0781	0.0086	0.0523	0.0811	-0.0319	0.0728	25.3036	-39.0485	-2.1035
15	0.8403	1.3109	-1.1086	7.6979	-0.7324	2.3071	0.0057	0.079	0.0493	-0.331	-0.0591	0.2848	-0.0978	-0.1122	0.0534	0.0648	0.0162	-0.0278	0.0741	0.0005	0.054	11.6843	-38.1574	-5.1139
16	1.0876	1.138	0.3402	1.2643	0.1314	0.1427	-0.0384	0.046	0.0213	-0.0107	0.0506	0.0677	-0.0453	0.0079	-0.0122	0.1475	-0.0229	0.0298	0.1151	-0.0399	0.0795	20.8393	-40.643	-2.6829
17	1.1299	0.6929	-0.3769	0.2996	-0.2121	2.2244	0.0152	0.0584	-0.0885	-0.0043	0.0103	-0.061	-0.1109	-0.1217	-0.0255	0.0523	0.0173	0.0135	0.079	-0.0269	0.1719	14.1362	-54.51	12.9998
18	0.3396	-0.3272	-0.1925	1.7305	0.7096	0.3071	0.0868	-0.0189	-0.1056	-0.0008	-0.1168	0.0567	-0.0428	-0.0853	0.03	0.0741	0.007	-0.0025	0.1089	0.0178	0.1214	4.7781	-44.9494	21.3715
19	0.8372	-0.1021	0.0405	0.3171	0.319	0.9155	0.0085	0.1014	-0.017	-0.0389	0.0056	-0.0858	-0.09	-0.1124	-0.0141	0.0904	-0.0005	0.0032	0.074	-0.0148	0.0906	3.9736	-43.9263	14.078
20	0.1826	0.041	-0.0674	0.2455	0.1994	0.358	-0.0176	-0.0189	-0.0712	0.0231	0.0147	0.0623	0.0496	-0.0432	0.0029	0.0692	-0.0116	0.0084	0.0713	0.0096	0.1625	1.9184	-55.8041	27.9607
21	3.1399	-1.1117	-1.8265	1.3172	-0.0254	1.1823	0.0465	0.0848	-0.1174	-0.1702	-0.1116	0.0011	0.0238	-0.0643	0.0652	0.0837	0.0239	0.0007	0.0986	0.0565	0.1182	-8.4117	-32.4014	36.7393
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25	1.2739	0.0225	-0.5742	0.285	0.2326	0.3904	0.0273	-0.0629	0.0013	0.005	-0.0261	0.0376	-0.0091	0.0088	-0.0012	0.0711	-0.0034	0.0185	0.0985	0.0192	0.1105	-7.9029	-33.813	46.3511
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28	0.322	0.0144	0.1465	-0.0046	0.009	0.2244	0.0107	-0.001	-0.0478	0.0181	-0.0128	-0.0208	0.0376	-0.0347	0.0021	0.0811	-0.0108	0.0046	0.0736	0.0179	0.1499	22.7073	-44.39	29.1818
29	0.9345	-1.1846	-0.9711	10.3695	0.2557	0.8934	-0.1698	-0.0817	-0.0528	0.2234	0.1734	0.067	0.1164	0.0511	-0.0036	0.0871	-0.0015	-0.0224	0.0543	0.0699	0.1482	33.6621	-38.2323	47.1381
30	0.1243	0.0828	-0.1342	0.1575	-0.1013	0.2571	0.0005	-0.0316	0.0173	0.0072	0.0337	-0.0753	0.0075	-0.0214	-0.0342	0.0808	-0.0012	-0.0119	0.0824	0.0011	0.1357	35.2372	-27.6349	35.2989
31	2.9743	0.3028	0.2204	2.1474	0.1879	0.9027	0.0572	-0.4166	0.0043	0.309	0.0725	0.1428	-0.0641	-0.2478	-0.1296	0.0889	0.027	0.0322	0.1406	0.031	0.0381	33.9739	-20.3239	59.3639
32	0.957	0.7246	-0.0628	0.5531	0.0786	0.1899	0.0419	-0.0037	0.0493	0.0562	-0.041	0.0263	-0.0286	-0.0525	-0.0009	0.1255	0.0008	-0.0359	0.1082	0.0114	0.1113	41.3589	-18.4675	54.9947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	63 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	147 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	177 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	210 - 236
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	237 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	267 - 303
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	304 - 309
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	310 - 351
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	352 - 377
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	378 - 460
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	461 - 496
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	497 - 518
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	519 - 565
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	1 - 25
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	26 - 51
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	52 - 78
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	79 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	141 - 153
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	154 - 172
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	173 - 200
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	201 - 227
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	228 - 266
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	267 - 304
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	305 - 315
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	316 - 368
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	369 - 380
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	381 - 475
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	476 - 506
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	507 - 565

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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