PDB-4oc9: 2.35 Angstrom resolution crystal structure of putative O-acetylho...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4oc9
• タイトル: 2.35 Angstrom resolution crystal structure of putative O-acetylhomoserine (thiol)-lyase (metY) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 with N'-Pyridoxyl-Lysine-5'-Monophosphate at position 205
• 要素: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase
• キーワード: LYASE / O-acetylhomoserine (thiol)-lyase / PLP-dependent enzymes / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

分子機能:

O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase / O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase activity / L-homocysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm

ドメイン・相同性:

O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

構成要素:

IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

• 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
• データ登録者: Halavaty, A.S. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
• 引用: ジャーナル: To be Published; タイトル: 2.35 Angstrom resolution crystal structure of putative O-acetylhomoserine (thiol)-lyase (metY) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 with N'-Pyridoxyl-Lysine-5'-Monophosphate at position 205; 著者: Halavaty, A.S. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

B: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

C: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

D: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

E: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

F: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

G: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

H: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

I: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

J: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

K: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

L: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

M: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

N: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

O: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

P: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

ヘテロ分子

概要:

• 755 kDa, 16 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	754,695	22
ポリマ－	754,186	16
非ポリマー	509	6
水	53,739	2983

1

A: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

D: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

M: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

N: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 189 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	188,777	7
ポリマ－	188,546	4
非ポリマー	230	3
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	21440 Å2
ΔGint	-113 kcal/mol
Surface area	48540 Å2
手法	PISA

2

B: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

C: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

O: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

P: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 189 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	188,826	7
ポリマ－	188,546	4
非ポリマー	279	3
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	21350 Å2
ΔGint	-121 kcal/mol
Surface area	49140 Å2
手法	PISA

3

E: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

F: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

K: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

L: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 189 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	188,546	4
ポリマ－	188,546	4
非ポリマー	0	0
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20780 Å2
ΔGint	-116 kcal/mol
Surface area	48800 Å2
手法	PISA

4

G: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

H: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

I: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

J: Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 189 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	188,546	4
ポリマ－	188,546	4
非ポリマー	0	0
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20740 Å2
ΔGint	-117 kcal/mol
Surface area	48780 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.434, 149.787, 186.591
Angle α, β, γ (deg.)	100.58, 92.47, 90.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	A
2	14	O
1	15	A
2	15	P
1	16	B
2	16	C
1	17	B
2	17	D
1	18	B
2	18	E
1	19	B
2	19	F
1	20	B
2	20	G
1	21	B
2	21	H
1	22	B
2	22	I
1	23	B
2	23	J
1	24	B
2	24	K
1	25	B
2	25	L
1	26	B
2	26	M
1	27	B
2	27	N
1	28	B
2	28	O
1	29	B
2	29	P
1	30	C
2	30	D
1	31	C
2	31	E
1	32	C
2	32	F
1	33	C
2	33	G
1	34	C
2	34	H
1	35	C
2	35	I
1	36	C
2	36	J
1	37	C
2	37	K
1	38	C
2	38	L
1	39	C
2	39	M
1	40	C
2	40	N
1	41	C
2	41	O
1	42	C
2	42	P
1	43	D
2	43	E
1	44	D
2	44	F
1	45	D
2	45	G
1	46	D
2	46	H
1	47	D
2	47	I
1	48	D
2	48	J
1	49	D
2	49	K
1	50	D
2	50	L
1	51	D
2	51	M
1	52	D
2	52	N
1	53	D
2	53	O
1	54	D
2	54	P
1	55	E
2	55	F
1	56	E
2	56	G
1	57	E
2	57	H
1	58	E
2	58	I
1	59	E
2	59	J
1	60	E
2	60	K
1	61	E
2	61	L
1	62	E
2	62	M
1	63	E
2	63	N
1	64	E
2	64	O
1	65	E
2	65	P
1	66	F
2	66	G
1	67	F
2	67	H
1	68	F
2	68	I
1	69	F
2	69	J
1	70	F
2	70	K
1	71	F
2	71	L
1	72	F
2	72	M
1	73	F
2	73	N
1	74	F
2	74	O
1	75	F
2	75	P
1	76	G
2	76	H
1	77	G
2	77	I
1	78	G
2	78	J
1	79	G
2	79	K
1	80	G
2	80	L
1	81	G
2	81	M
1	82	G
2	82	N
1	83	G
2	83	O
1	84	G
2	84	P
1	85	H
2	85	I
1	86	H
2	86	J
1	87	H
2	87	K
1	88	H
2	88	L
1	89	H
2	89	M
1	90	H
2	90	N
1	91	H
2	91	O
1	92	H
2	92	P
1	93	I
2	93	J
1	94	I
2	94	K
1	95	I
2	95	L
1	96	I
2	96	M
1	97	I
2	97	N
1	98	I
2	98	O
1	99	I
2	99	P
1	100	J
2	100	K
1	101	J
2	101	L
1	102	J
2	102	M
1	103	J
2	103	N
1	104	J
2	104	O
1	105	J
2	105	P
1	106	K
2	106	L
1	107	K
2	107	M
1	108	K
2	108	N
1	109	K
2	109	O
1	110	K
2	110	P
1	111	L
2	111	M
1	112	L
2	112	N
1	113	L
2	113	O
1	114	L
2	114	P
1	115	M
2	115	N
1	116	M
2	116	O
1	117	M
2	117	P
1	118	N
2	118	O
1	119	N
2	119	P
1	120	O
2	120	P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	1	PHE	PHE	SER	SER	B	B	3 - 423	4 - 424
1	2	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	2	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
1	3	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	3 - 422	4 - 423
2	3	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	3 - 422	4 - 423
1	4	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	4	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
1	5	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	3 - 422	4 - 423
2	5	PHE	PHE	GLU	GLU	F	F	3 - 422	4 - 423
1	6	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	3 - 422	4 - 423
2	6	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	3 - 422	4 - 423
1	7	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	3 - 422	4 - 423
2	7	PHE	PHE	GLU	GLU	H	H	3 - 422	4 - 423
1	8	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	3 - 422	4 - 423
2	8	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	3 - 422	4 - 423
1	9	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	9	PHE	PHE	SER	SER	J	J	3 - 423	4 - 424
1	10	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	10	PHE	PHE	SER	SER	K	K	3 - 423	4 - 424
1	11	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	11	PHE	PHE	SER	SER	L	L	3 - 423	4 - 424
1	12	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	12	PHE	PHE	SER	SER	M	M	3 - 423	4 - 424
1	13	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	13	PHE	PHE	SER	SER	N	N	3 - 423	4 - 424
1	14	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	14	PHE	PHE	SER	SER	O	O	3 - 423	4 - 424
1	15	PHE	PHE	SER	SER	A	A	3 - 423	4 - 424
2	15	PHE	PHE	SER	SER	P	P	3 - 423	4 - 424
1	16	PHE	PHE	SER	SER	B	B	3 - 423	4 - 424
2	16	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
1	17	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	17	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
1	18	PHE	PHE	SER	SER	B	B	3 - 423	4 - 424
2	18	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
1	19	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	19	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
1	20	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	20	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
1	21	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	21	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
1	22	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	2 - 422	3 - 423
2	22	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
1	23	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	23	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
1	24	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	24	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	25	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	25	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	26	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	26	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	27	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	27	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	28	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	28	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	29	ASN	ASN	SER	SER	B	B	2 - 423	3 - 424
2	29	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	30	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	3 - 422	4 - 423
2	30	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	3 - 422	4 - 423
1	31	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	31	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
1	32	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	3 - 422	4 - 423
2	32	PHE	PHE	GLU	GLU	F	F	3 - 422	4 - 423
1	33	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	3 - 422	4 - 423
2	33	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	3 - 422	4 - 423
1	34	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	3 - 422	4 - 423
2	34	PHE	PHE	GLU	GLU	H	H	3 - 422	4 - 423
1	35	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	3 - 422	4 - 423
2	35	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	3 - 422	4 - 423
1	36	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	36	PHE	PHE	SER	SER	J	J	3 - 423	4 - 424
1	37	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	37	PHE	PHE	SER	SER	K	K	3 - 423	4 - 424
1	38	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	38	PHE	PHE	SER	SER	L	L	3 - 423	4 - 424
1	39	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	39	PHE	PHE	SER	SER	M	M	3 - 423	4 - 424
1	40	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	40	PHE	PHE	SER	SER	N	N	3 - 423	4 - 424
1	41	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	41	PHE	PHE	SER	SER	O	O	3 - 423	4 - 424
1	42	PHE	PHE	SER	SER	C	C	3 - 423	4 - 424
2	42	PHE	PHE	SER	SER	P	P	3 - 423	4 - 424
1	43	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	3 - 422	4 - 423
2	43	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	3 - 422	4 - 423
1	44	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	44	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
1	45	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	45	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
1	46	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	46	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
1	47	ASN	ASN	GLU	GLU	D	D	2 - 422	3 - 423
2	47	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
1	48	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	48	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
1	49	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	49	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	50	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	50	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	51	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	51	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	52	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	52	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	53	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	53	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	54	ASN	ASN	SER	SER	D	D	2 - 423	3 - 424
2	54	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	55	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	3 - 422	4 - 423
2	55	PHE	PHE	GLU	GLU	F	F	3 - 422	4 - 423
1	56	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	3 - 422	4 - 423
2	56	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	3 - 422	4 - 423
1	57	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	3 - 422	4 - 423
2	57	PHE	PHE	GLU	GLU	H	H	3 - 422	4 - 423
1	58	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	3 - 422	4 - 423
2	58	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	3 - 422	4 - 423
1	59	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	59	PHE	PHE	SER	SER	J	J	3 - 423	4 - 424
1	60	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	60	PHE	PHE	SER	SER	K	K	3 - 423	4 - 424
1	61	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	61	PHE	PHE	SER	SER	L	L	3 - 423	4 - 424
1	62	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	62	PHE	PHE	SER	SER	M	M	3 - 423	4 - 424
1	63	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	63	PHE	PHE	SER	SER	N	N	3 - 423	4 - 424
1	64	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	64	PHE	PHE	SER	SER	O	O	3 - 423	4 - 424
1	65	PHE	PHE	SER	SER	E	E	3 - 423	4 - 424
2	65	PHE	PHE	SER	SER	P	P	3 - 423	4 - 424
1	66	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	66	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
1	67	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	67	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
1	68	ASN	ASN	GLU	GLU	F	F	2 - 422	3 - 423
2	68	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
1	69	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	69	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
1	70	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	70	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	71	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	71	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	72	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	72	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	73	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	73	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	74	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	74	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	75	ASN	ASN	SER	SER	F	F	2 - 423	3 - 424
2	75	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	76	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	76	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
1	77	ASN	ASN	GLU	GLU	G	G	2 - 422	3 - 423
2	77	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
1	78	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	78	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
1	79	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	79	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	80	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	80	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	81	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	81	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	82	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	82	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	83	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	83	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	84	ASN	ASN	SER	SER	G	G	2 - 423	3 - 424
2	84	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	85	ASN	ASN	GLU	GLU	H	H	2 - 422	3 - 423
2	85	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
1	86	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	86	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
1	87	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	87	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	88	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	88	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	89	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	89	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	90	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	90	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	91	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	91	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	92	ASN	ASN	SER	SER	H	H	2 - 423	3 - 424
2	92	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	93	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	93	ASN	ASN	GLU	GLU	J	J	2 - 422	3 - 423
1	94	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	94	ASN	ASN	GLU	GLU	K	K	2 - 422	3 - 423
1	95	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	95	ASN	ASN	GLU	GLU	L	L	2 - 422	3 - 423
1	96	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	96	ASN	ASN	GLU	GLU	M	M	2 - 422	3 - 423
1	97	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	97	ASN	ASN	GLU	GLU	N	N	2 - 422	3 - 423
1	98	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	98	ASN	ASN	GLU	GLU	O	O	2 - 422	3 - 423
1	99	ASN	ASN	GLU	GLU	I	I	2 - 422	3 - 423
2	99	ASN	ASN	GLU	GLU	P	P	2 - 422	3 - 423
1	100	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	100	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
1	101	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	101	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	102	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	102	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	103	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	103	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	104	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	104	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	105	ASN	ASN	SER	SER	J	J	2 - 423	3 - 424
2	105	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	106	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
2	106	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
1	107	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
2	107	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	108	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
2	108	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	109	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
2	109	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	110	ASN	ASN	SER	SER	K	K	2 - 423	3 - 424
2	110	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	111	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
2	111	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
1	112	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
2	112	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	113	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
2	113	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	114	ASN	ASN	SER	SER	L	L	2 - 423	3 - 424
2	114	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	115	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
2	115	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
1	116	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
2	116	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	117	ASN	ASN	SER	SER	M	M	2 - 423	3 - 424
2	117	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	118	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
2	118	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
1	119	ASN	ASN	SER	SER	N	N	2 - 423	3 - 424
2	119	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424
1	120	ASN	ASN	SER	SER	O	O	2 - 423	3 - 424
2	120	ASN	ASN	SER	SER	P	P	2 - 423	3 - 424

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
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20
21
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29
30
31
32
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34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
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97
98
99
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101
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112
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117
118
119
120

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P
Putative O-acetylhomoserine (Thiol)-lyase

詳細:

分子量: 47136.605 Da / 分子数: 16
変異: Lys205 modified by PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE to become N'-Pyridoxyl-Lysine-5'-Monophosphate
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1727c, metB, metY / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q0P7Q4, O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase

#2: 化合物

A-501 D-501 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

詳細:

分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂

#3: 化合物

A-502 B-501 O-501 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

詳細:

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

C-501 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

詳細:

分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2983 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• Has protein modification: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.2 ų/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
• 結晶化: 温度: 295 K / pH: 7.5 ; 詳細: protein: 1.85 mg/mL crystallization: 25%PEG 3350, 0.2M Mg Chloride, 0.1M Tris, cryo conditions: paraton, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
• 検出器: タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: BE-LENSES
• 放射: モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 255734 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.7 Ų / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.9
• 反射 シェル: 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.6

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 8.531 / SU ML: 0.204 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.249	9880	5 %	RANDOM
Rwork	0.202	-	-	-
obs	0.205	186548	73.4 %	-
all	-	186548	-	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.15 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.27 Å2	-0.16 Å2	-0.09 Å2
2-	-	-1.3 Å2	0.32 Å2
3-	-	-	0.92 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	51922	0	33	2983	54938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	53408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	50978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.009	1.963	72522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.559	3	117102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.487	5	6695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.572	25.28	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.924	15	8932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.305	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	8219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	61721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	12474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	26913	0.06
1	2	B	26913	0.06
2	1	A	27030	0.06
2	2	C	27030	0.06
3	1	A	27051	0.06
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LS精密化 シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

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