PDB-4obj: Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4obj

タイトル

Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N)

要素

HIV-1 Protease
p1-p6 peptide

キーワード

HYDROLASE / Co-evolution / Resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kolli, M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
著者: Kolli, M. / Ozen, A. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2014年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4obj.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4obj_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4obj_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	4obj_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4obj_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4obdC 4obfC 4obgC 4obhC 4obkC 1t3rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4obf-1 3hau-d 5jfp-d 1dw6-d 2qhz-d 4zls-d 3d1y-d 3el4-d 2pk6-d 4mc2-d 3s85-3 5kao-d 3sa6-d 3o9c-d 6o48-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 Protease

B: HIV-1 Protease

C: p1-p6 peptide

ヘテロ分子

23.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.884, 58.395, 61.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	HIV-1 Protease / PR / Retropepsin 分子量: 10814.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D25N, V64I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: group M subtype B (isolate ARV2/SF2) / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	p1-p6 peptide 分子量: 1200.350 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 446-455 / 変異: S8N / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03349

#1: タンパク質

HIV-1 Protease / PR / Retropepsin

分子量: 10814.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D25N, V64I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: group M subtype B (isolate ARV2/SF2) / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

#2: タンパク質・ペプチド

p1-p6 peptide

分子量: 1200.350 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 446-455 / 変異: S8N / 由来タイプ: 合成
由来: (合成)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03349

-
非ポリマー , 4種, 172分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.0M Ammonium Sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18954 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / R_sym value: 0.167 / % possible all: 96

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BioCARS-developed	GUI	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1T3R

1t3r

解像度: 1.75→39.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.14 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1829	973	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14349	-	-	-
obs	0.14546	17930	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1568	0	54	160	1782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.997	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.706	3	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.717	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.706	25.156	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.714	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.962	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	0.895	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.177	0.881	849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.865	1.311	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.446	1.245	850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	62	-
R_work	0.147	1233	-
obs	-	-	94.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0928	1.6916	1.5986	4.0236	0.7969	4.3986	-0.1635	0.0817	0.0382	-0.2327	0.1465	0.0787	-0.2253	0.0654	0.017	0.0421	-0.0254	-0.0127	0.0273	0.0045	0.0304	20.7994	8.6498	2.0212
2	4.2564	-0.5167	1.7064	1.8518	-1.2565	5.8944	-0.0633	0.1041	-0.4583	-0.1171	0.1578	-0.0776	0.183	0.1319	-0.0945	0.044	0.0011	0.0133	0.0443	-0.0364	0.0706	21.7472	-4.3722	2.828
3	8.1215	0.5025	-1.5217	0.4702	0.2752	0.8135	-0.0046	-0.3912	0.3784	0.0436	-0.0302	0.2506	-0.0068	0.1289	0.0348	0.0651	-0.0107	0.0241	0.0462	-0.0383	0.1759	19.3129	12.1259	14.785
4	3.0026	-1.5576	-0.3024	1.9948	0.8422	0.4263	-0.0349	0.0508	0.0291	0.041	0.0067	0.0365	0.015	0.0143	0.0282	0.0474	-0.0052	0.0083	0.0252	0.0054	0.0273	26.2472	2.1302	12.8125
5	5.0873	-1.0539	-0.5739	2.3126	2.6456	3.1956	0.081	-0.0512	-0.1195	0.1715	0.062	-0.144	0.2201	0.1949	-0.143	0.0255	0.0062	-0.0136	0.1797	0.0748	0.0553	39.5511	-2.2076	20.6282
6	2.9131	-0.3183	-1.7174	1.7925	1.0593	1.4609	-0.0107	0.0297	0.0305	0.0569	0.0455	0.0098	0.052	0.0206	-0.0348	0.0409	0.0023	-0.0236	0.0439	-0.0028	0.0436	14.5154	0.7064	11.3098
7	6.6978	1.0838	0.5199	3.1546	1.1268	1.0161	0.114	-0.0243	0.2262	-0.0171	-0.0465	0.3361	-0.0585	-0.1662	-0.0675	0.045	0.0056	0.0121	0.039	0.0424	0.0973	0.5711	-5.3351	17.0898
8	9.1487	1.8829	2.5512	0.4111	0.7934	3.981	-0.0154	-0.1281	-0.0325	-0.0002	-0.005	-0.0059	0.0666	0.1381	0.0205	0.0334	-0.0055	-0.0063	0.0366	-0.0049	0.0108	27.3174	-1.5251	27.2006
9	8.0585	2.447	2.0576	4.1753	-0.5564	0.9322	-0.0534	-0.0278	0.0327	-0.0975	0.0843	0.1279	0.0107	-0.0391	-0.0309	0.0407	-0.0071	-0.0092	0.033	0.0019	0.0175	12.3491	-11.3428	18.8839
10	4.601	3.4053	-1.9998	4.1145	-4.2137	7.5218	0.2258	-0.2987	0.1023	0.0334	-0.2626	-0.0449	-0.057	0.5504	0.0368	0.0543	-0.0332	0.0211	0.0935	-0.0257	0.0307	38.6072	4.2128	21.718
11	5.3357	-1.1456	-0.449	1.1221	-1.846	4.3562	0.146	-0.0522	-0.1789	-0.0016	-0.0361	0.0907	-0.1037	0.145	-0.1099	0.0908	-0.0504	0.0312	0.0493	-0.0342	0.0699	37.55	4.8809	7.4125
12	2.0016	1.7524	-1.6116	2.2635	-0.2119	5.7022	0.0728	-0.1282	0.0817	0.0211	-0.0314	-0.0191	-0.1847	0.1289	-0.0415	0.0068	-0.0052	0.007	0.0291	-0.0107	0.0471	36.0291	7.2027	13.5269
13	3.3162	-2.902	3.8018	3.2631	-5.6593	11.8778	0.1194	0.0565	-0.1035	-0.1205	0.0027	0.0939	0.1878	-0.0974	-0.1221	0.0195	-0.0131	-0.0163	0.0192	0.0189	0.063	1.7241	-7.741	11.3938
14	6.6829	4.9838	0.1968	7.4781	0.1588	1.6002	0.0862	-0.1601	-0.0619	0.0835	-0.1539	-0.1272	-0.0945	0.0513	0.0677	0.0417	0.0029	0.0025	0.043	-0.004	0.0147	3.7947	5.4432	6.122
15	1.1734	0.2739	1.5152	4.5309	-2.3	3.5349	-0.0214	0.0161	-0.0346	0.0177	0.1979	0.2257	-0.0449	-0.0907	-0.1765	0.0322	-0.0024	0.0159	0.0296	0.0212	0.0488	4.3986	-0.2469	5.4091
16	1.8642	-0.058	0.407	4.131	-0.596	2.6939	0.0956	-0.0356	-0.1016	-0.0938	-0.0488	0.2382	0.1746	0.037	-0.0469	0.039	0.0025	0.0116	0.0186	-0.0003	0.0413	29.7425	-4.0352	16.1165
17	4.3642	3.4119	-2.7184	6.7212	-3.0631	3.1595	0.2047	-0.2816	0.0588	0.3184	-0.1539	0.0652	-0.172	0.2293	-0.0508	0.0278	-0.0109	0.0019	0.0251	0.0026	0.0225	10.2861	-0.0831	17.9421
18	5.0217	1.6112	-1.5708	1.2077	-1.318	4.6704	-0.0224	-0.0435	0.1172	-0.0239	-0.0265	-0.0425	0.0298	0.1307	0.0489	0.0303	0.0022	0.0067	0.004	0.0013	0.0438	29.2566	9.3577	11.3975
19	5.5276	-0.4014	1.9779	3.9165	-2.6862	3.3762	-0.0326	0.1834	0.0436	0.1016	0.002	0.0913	-0.0623	-0.0342	0.0306	0.0294	-0.0046	-0.0031	0.0383	0.0015	0.0147	11.9843	-0.0544	3.6839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	22 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	33 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	44 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	52 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	44 - 49
14	X-RAY DIFFRACTION	9	B	52 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	10	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	11	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	12	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	13	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	14	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	15	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	16	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	17	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	18	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	19	B	86 - 93

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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