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- PDB-4obf: Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Proteas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4obf
タイトルCrystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N)
要素
  • HIV-1 Protease
  • p1-p6 peptide
キーワードHYDROLASE / Co-evolution / Resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Kolli, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
著者: Kolli, M. / Ozen, A. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Protease
B: HIV-1 Protease
C: HIV-1 Protease
D: HIV-1 Protease
E: p1-p6 peptide
F: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,83622
ポリマ－45,6606
非ポリマー1,17616
水3,387188
1
A: HIV-1 Protease
B: HIV-1 Protease
E: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,47912
ポリマ－22,8303
非ポリマー6499
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 Protease
D: HIV-1 Protease
F: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,35710
ポリマ－22,8303
非ポリマー5277
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.547, 60.074, 60.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
HIV-1 Protease / PR / Retropepsin


分子量: 10814.804 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: group M subtype B (isolate ARV2/SF2) / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド p1-p6 peptide


分子量: 1200.350 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 446-455 / 変異: S8N / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03349

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 41265 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21.12
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.12 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.72 Å
Translation2.5 Å29.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BioCARS-developedGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T3R

1t3r


解像度: 1.68→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.088 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22889 2076 5 %RANDOM
Rwork0.17974 ---
obs0.18217 39171 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.41 Å20 Å2-0.33 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 74 188 3345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9954386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80635391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1075417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27525118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28115525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1961517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3671.52058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.421.5861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22723326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.25131175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0254.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.725 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 142 -
Rwork0.267 2782 -
obs--96.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04572.45553.31622.8466-0.08723.584-0.28970.35860.376-0.2390.03970.0439-0.21330.22140.250.157-0.01820.00670.13410.08970.1301-5.23513.892-12.4724
26.44263.0856-2.25691.9836-1.95762.2264-0.0169-0.26140.49010.0659-0.08730.0691-0.184-0.0230.10420.1285-0.0052-0.00710.0926-0.04220.1915-5.65296.61620.8749
39.9766-9.84161.951314.3183-3.44742.60560.08610.4961-0.7865-0.4852-0.1271-0.29450.0329-0.08020.0410.1588-0.02380.0370.1692-0.10660.1205-4.8765-9.2644-12.1686
44.87330.3623-1.24581.59940.68450.911-0.04310.20420.0439-0.04980.082-0.05560.0894-0.0368-0.03890.1231-0.0114-0.01380.09530.01350.0488-10.8449-5.5466-3.3238
55.9091-0.0735-0.33873.4222-0.1384-0.30960.0974-0.1926-0.25190.1528-0.02430.3326-0.0362-0.092-0.07310.1721-0.01790.00060.170.02550.1062-25.4001-11.36892.6569
64.0993-0.11250.30361.6934-0.27661.1348-0.0190.10050.2335-0.016-0.0171-0.0566-0.08660.0740.03610.11-0.01240.00350.07570.00290.06980.6007-2.7434-1.5105
77.322-0.811-0.24061.07880.87576.1002-0.0736-0.0265-0.1342-0.1303-0.0304-0.14130.00540.51010.1040.12960.00810.0060.10580.06570.126214.5415-7.93265.622
812.36454.2112-0.12443.32110.84411.3445-0.06110.2709-0.48380.05620.04990.2128-0.0840.05880.01120.14420.0019-0.00950.0818-0.00620.1758-12.4811-17.40243.1559
95.9814.33670.76462.67910.1051.2609-0.0086-0.45310.01690.0169-0.0286-0.01420.005-0.03160.03720.1467-0.0066-0.01350.2264-0.01320.09292.6288-7.067812.1907
1010.1837-6.04547.776612.4218-11.85214.04240.16610.3565-0.4589-0.260.08360.07370.3567-0.1217-0.24970.0794-0.0314-0.00780.063-0.03850.1316-24.2103-13.0552-2.9116
1110.53766.9972-2.90578.2445-1.29228.76070.1061-0.11590.6029-0.0465-0.03340.4971-0.34610.0286-0.07260.11110.00340.01010.11670.01260.1004-22.66961.1242-6.6121
123.23581.24580.28011.692-0.5535-0.2444-0.14730.4291-0.0869-0.18920.1502-0.05790.0613-0.0295-0.00290.1593-0.03230.02570.19330.01070.0443-21.9043-4.174-8.3958
133.52312.9338-5.15419.4444-13.854220.06040.1146-0.24630.12160.3357-0.3477-0.2513-0.23960.53510.23320.122-0.0387-0.03450.1212-0.00460.116113.8155-1.66.7974
1417.6971-0.7176-2.07035.34560.15937.07880.10380.7687-0.0508-0.4032-0.0220.0266-0.2691-0.1392-0.08180.1264-0.00640.00970.05440.03280.110712.4026-0.3356-8.2273
155.63814.3195-3.6913.7671-1.00746.64710.01780.15650.3892-0.12670.00270.1188-0.3175-0.2174-0.02050.11710.0365-0.02510.07490.05890.197110.76361.9441-2.1871
166.59530.3076-1.2489-0.08361.75942.76410.1922-0.1691-0.14980.10850.0928-0.0995-0.0810.1396-0.28510.18560.0084-0.00450.10240.00330.107-14.6325-6.37984.4812
172.1194-1.13840.59272.79650.7120.72880.06130.1098-0.1309-0.0419-0.147-0.05370.09260.09640.08570.1564-0.00670.02060.10760.00960.12024.2677-10.04811.0127
187.9584-0.82032.94020.6037-1.2342.2245-0.10830.2555-0.0009-0.04150.0213-0.05850.0294-0.0180.0870.157-0.003-0.0080.16940.01160.0571-13.7553-4.8177-10.463
1910.36990.6261-1.20536.4891-1.17121.0458-0.02480.01190.31790.0279-0.0682-0.270.08020.10110.0930.1027-0.01210.00750.04440.01520.14923.22994.3591-3.0735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION1A94 - 99
3X-RAY DIFFRACTION1B1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1B94 - 99
5X-RAY DIFFRACTION2A6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION3B6 - 10
7X-RAY DIFFRACTION4A22 - 32
8X-RAY DIFFRACTION5A33 - 43
9X-RAY DIFFRACTION6B22 - 32
10X-RAY DIFFRACTION7B33 - 43
11X-RAY DIFFRACTION8A44 - 49
12X-RAY DIFFRACTION8A52 - 56
13X-RAY DIFFRACTION9B44 - 49
14X-RAY DIFFRACTION9B52 - 56
15X-RAY DIFFRACTION10A57 - 62
16X-RAY DIFFRACTION11A63 - 68
17X-RAY DIFFRACTION12A69 - 76
18X-RAY DIFFRACTION13B57 - 62
19X-RAY DIFFRACTION14B63 - 68
20X-RAY DIFFRACTION15B69 - 76
21X-RAY DIFFRACTION16A77 - 85
22X-RAY DIFFRACTION17B77 - 85
23X-RAY DIFFRACTION18A86 - 93
24X-RAY DIFFRACTION19B86 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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