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- PDB-4oay: BldD CTD-c-di-GMP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oay
タイトルBldD CTD-c-di-GMP complex
要素DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BldD / small molecule dimerizer
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Tschowri, N. / Buttner, M. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Tetrameric c-di-GMP mediates effective transcription factor dimerization to control Streptomyces development.
著者: Tschowri, N. / Schumacher, M.A. / Schlimpert, S. / Chinnam, N.B. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2014年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein
B: DNA-binding protein
K: DNA-binding protein
J: DNA-binding protein
R: DNA-binding protein
H: DNA-binding protein
E: DNA-binding protein
G: DNA-binding protein
F: DNA-binding protein
D: DNA-binding protein
N: DNA-binding protein
M: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,80036
ポリマ－123,23112
非ポリマー16,57024
水7,855436
1
B: DNA-binding protein
N: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA-binding protein
M: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: DNA-binding protein
G: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: DNA-binding protein
F: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: DNA-binding protein
R: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
J: DNA-binding protein
D: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3006
ポリマ－20,5382
非ポリマー2,7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.500, 86.500, 151.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
DNA-binding protein


分子量: 10269.216 Da / 分子数: 12 / 断片: BldD / 変異: L23M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8
#2: 化合物...
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5
詳細: 35% PEG 400, 0.1 M acetic acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→75.7 Å / Num. obs: 90983 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 62.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: P32 STARTING MODEL WITH SEMET

解像度: 1.95→74.91 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 2023 2.22 %
Rwork0.198 --
obs0.208 90983 98.5 %
all-92368 -
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.17 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8553 Å20 Å20 Å2
2---1.8553 Å2-0 Å2
3---3.7106 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→74.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7289 0 1103 436 8828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0218649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.51212005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d45.9644312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3981402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9503-2.020.37081860.32758080X-RAY DIFFRACTION90
2.02-2.10090.33542070.27718843X-RAY DIFFRACTION98
2.1009-2.19650.272060.23099023X-RAY DIFFRACTION100
2.1965-2.31230.25922000.21418998X-RAY DIFFRACTION100
2.3123-2.45720.28272040.21459077X-RAY DIFFRACTION100
2.4572-2.64690.26212040.21528996X-RAY DIFFRACTION100
2.6469-2.91330.28872050.21829041X-RAY DIFFRACTION100
2.9133-3.33490.27322060.20619055X-RAY DIFFRACTION100
3.3349-4.20160.19362040.17118990X-RAY DIFFRACTION100
4.2016-74.96650.21822010.17858857X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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