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- PDB-4oaq: Crystal structure of the R-specific Carbonyl Reductase from Candi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oaq
タイトルCrystal structure of the R-specific Carbonyl Reductase from Candida parapsilosis ATCC 7330
要素R-specific carbonyl reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossman fold / Stereoselectivity / Zinc dependent carbonyl reductase / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal ...: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Chem-NDP / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candida parapsilosis (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.858 Å
データ登録者Aggrawal, N. / Mandal, P.K. / Gautham, N. / Chadha, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into the stereoselectivity of R-specific Carbonyl Reductase from Candida parapsilosis ATCC 7330: Biochemical Characterization and Crystal structure studies
著者: Aggrawal, N. / Mandal, P.K. / Gautham, N. / Chadha, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of carbonyl reductase from Candida parapsilosis ATCC 7330.
著者: Aggarwal, N. / Mandal, P.K. / Gautham, N. / Chadha, A.
履歴
登録2014年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific carbonyl reductase
B: R-specific carbonyl reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,76910
ポリマ－80,3182
非ポリマー1,4518
水10,160564
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.724, 99.896, 116.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 R-specific carbonyl reductase


分子量: 40159.188 Da / 分子数: 2 / 断片: Cinnamyl Carbonyl Reductase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida parapsilosis (酵母) / 株: ATCC 7330 / 遺伝子: CpCR / プラスミド: pGEX-6-P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: M4VRJ6, cinnamyl-alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 572分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein sample (13.5 mg/ml) was mixed with an equal volume of reservoir solution and equilibrated against the latter. The reservoir solution consisted of 25%(w/v) PEG 4000 as a precipitant, 0. ...詳細: protein sample (13.5 mg/ml) was mixed with an equal volume of reservoir solution and equilibrated against the latter. The reservoir solution consisted of 25%(w/v) PEG 4000 as a precipitant, 0.1 M HEPES pH 7.5 as buffer, and 8% isopropanol and 0.1 mM ZnCl2 as additives., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月19日 / 詳細: Confocal Max-Flux (CMF)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.858→24.974 Å / Num. all: 65250 / Num. obs: 62705 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.46
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1piw

1piw


解像度: 1.858→24.974 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 3172 5.06 %Random
Rwork0.2014 ---
obs0.2038 62704 95.9 %-
all-65385 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.858→24.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5534 0 81 564 6179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2257785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1962077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.858-1.88570.34211410.292542X-RAY DIFFRACTION96
1.8857-1.91520.44661280.36712592X-RAY DIFFRACTION97
1.9152-1.94660.3721260.32252577X-RAY DIFFRACTION97
1.9466-1.98010.30961230.25882604X-RAY DIFFRACTION97
1.9801-2.01610.31381220.23312598X-RAY DIFFRACTION97
2.0161-2.05490.26771500.23722539X-RAY DIFFRACTION96
2.0549-2.09680.3071280.22072543X-RAY DIFFRACTION95
2.0968-2.14240.29411440.22312490X-RAY DIFFRACTION94
2.1424-2.19220.26771400.21722495X-RAY DIFFRACTION93
2.1922-2.24690.43571300.31422350X-RAY DIFFRACTION88
2.2469-2.30770.36661230.28822329X-RAY DIFFRACTION87
2.3077-2.37550.27471110.19292498X-RAY DIFFRACTION92
2.3755-2.45210.24081490.19692453X-RAY DIFFRACTION92
2.4521-2.53970.22031340.18262537X-RAY DIFFRACTION94
2.5397-2.64130.23461360.18882576X-RAY DIFFRACTION96
2.6413-2.76130.26851230.19382659X-RAY DIFFRACTION98
2.7613-2.90670.22671460.19052674X-RAY DIFFRACTION99
2.9067-3.08850.24541510.18332701X-RAY DIFFRACTION100
3.0885-3.32650.24461660.19522699X-RAY DIFFRACTION100
3.3265-3.66030.23611560.18832713X-RAY DIFFRACTION100
3.6603-4.18780.19611550.17272726X-RAY DIFFRACTION100
4.1878-5.2680.16271310.14512783X-RAY DIFFRACTION100
5.268-24.97620.20821590.17592854X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76190.31250.63642.23821.03372.1837-0.0270.030.0324-0.1134-0.10720.2988-0.027-0.120.1150.1138-0.0041-0.00340.0928-0.01710.144311.3953-24.0506-25.6237
26.06040.63380.23553.8238-0.78423.9509-0.1634-0.2361-0.10220.4535-0.16770.27240.3013-0.35130.30820.2129-0.05230.08950.224-0.07720.172910.728-13.24081.0855
33.28390.51845.21151.5211.469.924-0.1964-0.13080.42060.0792-0.18510.1598-0.354-0.20370.40530.0921-0.01490.03950.1585-0.04380.245718.1105-3.5859-4.8221
42.85590.10520.71790.44380.34992.0123-0.0265-0.13790.19610.1607-0.20360.5320.095-0.23190.20690.1614-0.00350.04910.1518-0.10440.34067.4497-18.2239-12.2997
52.00031.99982.00032.00011.99942.00054.10763.7003-5.57552.77552.3988-1.02946.82763.1584-6.55080.42370.1488-0.5060.4383-0.18730.723-4.554-28.6254-30.2762
61.394-0.4282-0.59722.9461-0.65463.0058-0.0953-0.16310.28570.13690.04710.1382-0.6433-0.28980.03760.24340.0541-0.04420.1429-0.05480.169546.334718.4074.5816
71.00570.46320.54471.67821.44183.4780.0202-0.1117-0.07720.11550.0161-0.02290.0664-0.0842-0.0330.0870.0190.00140.10310.03440.116245.92131.3461-2.3678
82.95951.48141.40661.7431.12592.9915-0.1190.02660.3094-0.1811-0.03790.1676-0.2317-0.13350.15210.11720.00050.01070.09680.01230.128835.4326-4.2379-13.7908
94.1603-0.3410.55835.02740.19154.7357-0.07230.12810.0888-0.1505-0.0046-0.258-0.31750.22780.06460.1595-0.04830.01550.10190.00390.126955.387414.712-8.3639
1021.99952.00042.00041.99992-2.4381-5.71012.92623.10980.2592-3.4718-3.9213-2.72062.17950.6280.1251-0.44680.4302-0.03630.510557.927122.48616.6159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 241 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 242 through 293 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 294 through 365 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 366 through 367 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 80 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 81 through 241 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 242 through 325 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 326 through 365 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 366 through 367 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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