PDB-4o9y: Crystal Structure of TcdA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o9y

タイトル

Crystal Structure of TcdA1

要素

TcdA1

キーワード

TOXIN / tc toxin / pore-forming / transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.502 Å

データ登録者

Meusch, D. / Gatsogiannis, C. / Efremov, R.G. / Lang, A.E. / Hofnagel, O. / Vetter, I.R. / Aktories, K. / Raunser, S.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Mechanism of Tc toxin action revealed in molecular detail.
著者: Dominic Meusch / Christos Gatsogiannis / Rouslan G Efremov / Alexander E Lang / Oliver Hofnagel / Ingrid R Vetter / Klaus Aktories / Stefan Raunser /

要旨: Tripartite Tc toxin complexes of bacterial pathogens perforate the host membrane and translocate toxic enzymes into the host cell, including in humans. The underlying mechanism is complex but poorly ...

履歴

登録	2014年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Other
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Other
置き換え	2014年12月10日	ID: 1VW1, 1VW2
改定 1.3	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4o9y_validation.pdf.gz	676.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o9y_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	4o9y_validation.cif.gz	1.1 MB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/4o9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/4o9y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2551C 2552C 4o9xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10033 6l7e-d 10797 10035 6rwa-d 6yew-d 6rw9-d 6rw8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TcdA1

B: TcdA1

C: TcdA1

D: TcdA1

E: TcdA1

F: TcdA1

G: TcdA1

H: TcdA1

I: TcdA1

J: TcdA1

2.83 MDa, 10 ポリマー
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1

A: TcdA1

B: TcdA1

C: TcdA1

D: TcdA1

E: TcdA1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.42 MDa, 5 ポリマー
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2

F: TcdA1

G: TcdA1

H: TcdA1

I: TcdA1

J: TcdA1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.42 MDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	303.250, 320.730, 667.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TcdA1 / Toxin A 分子量: 283229.406 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: tcdA, tcdA1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9RN43

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 % Jeffamine ED-2001 and 1.1 M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97939 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.502→73.112 Å / Num. obs: 628863 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / R_sym value: 0.387 / Net I/σ(I): 6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.502→19.999 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7946 / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	18845	3 %
R_work	0.2426	610018	-
obs	0.2442	628863	78.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 226.83 Å² / B_iso mean: 69.4874 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.502→19.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	197663	0	0	0	197663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	201923
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	274248
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	30328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	35707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.029	73822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.502-3.5417	0.4037	15	0.3874	749	764	3
3.5417-3.5831	0.4248	72	0.3768	2120	2192	8
3.5831-3.6265	0.355	126	0.3585	3734	3860	15
3.6265-3.6722	0.3897	170	0.3619	5486	5656	21
3.6722-3.7202	0.3759	220	0.3691	8032	8252	31
3.7202-3.7708	0.4169	381	0.3642	10945	11326	42
3.7708-3.8243	0.3755	439	0.3603	13476	13915	52
3.8243-3.881	0.3833	494	0.3584	15769	16263	61
3.881-3.9412	0.3894	565	0.3546	17699	18264	68
3.9412-4.0053	0.3749	618	0.3339	19669	20287	76
4.0053-4.0738	0.3727	685	0.3323	21491	22176	83
4.0738-4.1472	0.3625	761	0.3227	23404	24165	90
4.1472-4.2263	0.3722	733	0.3058	25190	25923	97
4.2263-4.3117	0.3534	783	0.2968	25671	26454	99
4.3117-4.4045	0.3286	812	0.2799	25617	26429	99
4.4045-4.5058	0.3245	797	0.2684	25729	26526	99
4.5058-4.6171	0.3322	790	0.2605	25768	26558	100
4.6171-4.7404	0.3181	755	0.2563	25948	26703	100
4.7404-4.8779	0.3107	813	0.2352	25890	26703	100
4.8779-5.0329	0.295	784	0.2289	25935	26719	100
5.0329-5.2097	0.273	771	0.2156	25993	26764	100
5.2097-5.4144	0.2841	787	0.2162	25987	26774	100
5.4144-5.6555	0.2842	852	0.2185	25965	26817	100
5.6555-5.9462	0.2738	806	0.2115	26048	26854	100
5.9462-6.3077	0.2481	773	0.2059	26125	26898	100
6.3077-6.7771	0.2604	812	0.1926	26067	26879	100
6.7771-7.4272	0.2203	809	0.166	26169	26978	100
7.4272-8.4307	0.1917	784	0.1461	26307	27091	100
8.4307-10.3693	0.1642	800	0.1213	26361	27161	100
10.3693-19.9992	0.189	838	0.1578	26674	27512	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0064	0.0082	0.0004	0.0025	0.0094	0.0014	-0.0568	0.008	0.0287	-0.0435	-0.0408	-0.0213	0.0212	0.0128	-0.0015	0.1892	-0.1819	0.0859	0.2758	-0.0595	0.3478	117.52	89.7148	21.9753
2	0.0008	-0.0015	-0	0.0116	0.0027	0.0022	-0.0318	0.0175	0.0239	-0.0268	0.0134	0.0072	-0.0053	0.0525	0	0.2355	-0.0591	0.0313	0.2088	-0.0103	0.4004	75.7904	128.494	44.5905
3	0.0019	0.0047	0.0038	0.0064	0.0053	0.0037	0.0121	0.0046	0.0198	0.0124	-0.0126	-0.0234	-0.0227	0.0053	0	0.1821	-0.0706	0.0048	0.1578	-0.0717	0.2489	61.8723	123.4537	59.7118
4	0.0222	0.0348	0.0044	0.0064	0.0415	0.0464	-0.0763	-0.0576	0.0199	0.0756	-0.0472	-0.0669	-0.0591	-0.017	-0.0775	0.0532	-0.0304	0.0139	0.1566	-0.1914	0.1035	81.0451	103.4066	71.088
5	0.0171	-0.0016	-0.0074	0.0162	0.009	0.008	0.0007	0.0297	0.0049	-0.0127	0.0361	-0.0044	-0.0086	-0.0016	0.0215	0.1583	0.0153	0.1112	0.1078	0.0397	0.1105	101.9264	71.4209	-23.8133
6	0.0319	0.0118	-0.0015	0.009	-0.0014	0.0001	-0.0118	0.018	0.0162	-0.0412	-0.0596	-0.0323	0.0042	0.0494	-0.0064	0.3302	-0.1878	0.1319	0.2081	0.0549	0.3972	105.9474	117.2047	-1.6568
7	0.0012	0.0002	0.0018	0.0032	-0.0004	0.0023	-0.0109	-0.0199	0.0195	-0.0094	-0.0304	-0.0065	0.0047	0.004	-0.0135	0.1014	-0.0125	0.1712	0.1182	-0.001	0.2245	127.84	62.7078	-8.2982
8	0.0395	0.0211	0.0188	0.0476	0.01	0.0092	-0.011	-0.0081	0.0191	0.0019	0.007	-0.0594	-0.0303	-0.0155	-0.0144	0.067	-0.0073	0.0724	0.1667	-0.1088	0.1084	106.7515	63.3709	35.8324
9	-0.002	-0.0514	-0.0175	-0.0171	0	0.005	-0.1219	-0.0136	-0.0328	0.0273	0.0896	0.0392	0.0382	0.0116	-0.0178	0.1092	0.0277	0.1122	0.1078	-0.1308	-0.0785	70.1087	72.2063	107.0396
10	0.0057	-0.0086	-0.0024	0.012	0.0026	-0.0028	0.0021	-0.0358	-0.0146	-0.0146	-0.0036	-0.0001	-0.0081	0.0418	0	0.2675	0.0685	0.1147	0.2439	0.0069	0.4415	108.4971	24.0237	28.5456
11	0.0226	0.0042	0.005	0.0047	-0.016	0.0155	-0.0511	-0.0053	0.0013	0.0046	-0.0173	-0.0759	0.0553	0.0414	-0.002	0.0904	0.0388	0.085	0.3028	-0.1084	0.3441	120.8004	79.8318	63.867
12	0.023	-0.0202	0.058	0.0342	-0.0256	0.0258	-0.0447	-0.0555	0.0541	0.0342	0.0235	-0.1121	0.0166	0.0225	-0.0277	0.149	0.1217	0.1487	0.1817	-0.1591	0.033	99.4795	60.7018	78.5942
13	0.0054	0.0036	-0.0043	0.0271	0.0147	0.0033	0.0093	0.0175	0.023	-0.0113	0.0084	0.0273	0.0171	0.0312	0.0141	0.3081	-0.0153	0.2196	0.3175	-0.1585	0.2163	95.6017	35.2634	-20.4434
14	0.0238	-0.005	-0.0331	0.0169	0.0099	0.024	0.0014	0.0057	0.0163	-0.0198	-0.0152	0.021	0.0325	0.0241	0.0132	0.1774	-0.0404	0.2439	0.1874	-0.1842	0.2896	135.0808	45.0994	11.3863
15	0.0035	-0.0017	-0.0132	0.0309	0.0245	0.0299	0.071	-0.018	0.0043	-0.0189	0.0149	-0.0003	0.0305	0.0531	0.0268	0.2969	-0.0343	0.1907	0.1591	-0.1845	0.189	90.2366	11.2564	-2.5599
16	0.0589	-0.0228	0.0411	0.0127	-0.0063	0.0126	0.0112	-0.0688	-0.0572	-0.0241	0.0046	-0.0697	0.04	0.0052	0.0023	0.2605	0.0176	0.1399	0.1702	-0.0678	0.1671	79.8948	25.8751	41.9768
17	0.0044	-0.0723	-0.0051	-0.0181	0.0171	0.0138	-0.0506	0.0681	-0.0141	-0.0471	0.0366	0.0073	-0.0182	0.0336	-0.013	0.2182	0.0329	0.2025	0.2016	-0.1448	-0.0514	60.0473	59.4899	107.184
18	0.012	0.0128	0.001	0.0115	0.003	-0.0007	-0.0173	-0.0099	0.0103	0.0054	0.0121	0.0515	0.0003	0.0253	-0	0.3796	-0.0761	0.1108	0.1775	-0.1099	0.414	43.5051	11.4077	21.2578
19	0.0059	-0.0116	-0.0025	0.0199	0.0061	0.009	0.0126	0.0208	-0.0377	-0.0432	0.0345	0.0041	0.0104	0.0164	0.0004	0.4461	0.1658	0.1426	0.2139	-0.0165	0.4289	89.6493	9.8934	62.3022
20	0.0072	0.001	-0.0026	0.023	-0.0127	0.0055	0.002	-0.0271	-0.0227	0.0236	-0.029	-0.0196	0.0144	-0.0186	0.001	0.2668	0.1146	0.1481	0.1849	0.0057	0.1664	88.4304	34.8901	91.2964
21	-0.1482	-0.0438	0.0341	-0.0374	0.0185	0.0328	-0.1389	-0.1021	-0.1794	-0.004	0.0181	0.0875	0.1822	0.0364	-0.1327	0.1532	-0.0183	0.2443	-0.2081	-0.4068	-0.1989	63.0081	17.257	21.3409
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64	0.0073	-0.0058	-0.0116	0.0024	-0.0042	0.0108	-0.0087	0.008	0.0155	-0.0827	-0.0783	0.0676	-0.0276	-0.0593	-0.0278	0.218	0.1546	-0.0643	0.1886	0.0544	0.4011	-73.9499	-29.658	-2.2344
65	0.0337	-0.0009	-0.0064	-0.0042	0.002	0.0096	-0.0304	0.0012	0.0273	-0.0362	-0.0247	0.0036	-0.0079	-0.0311	-0.017	0.0549	-0.1255	-0.132	0.1893	0.0201	0.2924	-90.4969	-72.2272	20.4071
66	0.0177	-0.0134	-0.0002	0.0187	-0.0016	-0.0068	0.0278	0.0137	0.0094	-0.0226	-0.045	0.0593	-0.014	-0.0445	-0.0227	0.0879	-0.1201	0.0385	0.2353	0.0605	0.252	-74.238	-53.8352	50.5211
67	0.021	-0.0065	-0.0006	0.0336	-0.0499	0.0674	-0	0.0699	0.0242	-0.2011	-0.0673	0.0635	-0.0634	-0.0855	-0.0513	0.3178	0.1272	-0.0966	0.2192	0.2719	0.2719	-61.3071	-28.8781	-44.352
68	-0.0025	-0.0026	-0.0057	0.0177	-0.0034	0.0039	0.0128	-0.0011	0.0191	-0.0469	-0.0327	0.0089	-0.0254	0.0104	-0.0189	0.228	0.0362	0.0717	0.0502	0.1812	0.1806	-33.1745	-9.182	-30.8008
69	0.0468	-0.0097	-0.0224	0.0043	0.0016	0.0207	0.0357	-0.013	0.037	0.0393	0.004	0.0176	-0.023	-0.0227	0.0126	-0.0183	-0.0267	0.0084	0.05	-0.0082	0.0752	-36.5763	-47.5455	40.5967
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 176 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 177 through 418 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 419 through 623 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 624 through 1070 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1071 through 1289 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1290 through 1575 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1576 through 1773 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1774 through 2018 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2019 through 2516 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 14 through 176 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 623 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 624 through 1070 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1071 through 1289 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1290 through 1563 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1564 through 1817 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1818 through 2018 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 2019 through 2516 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 14 through 176 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 177 through 487 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 488 through 718 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 719 through 1647 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 1648 through 1870 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 1871 through 2018 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 2019 through 2516 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 14 through 176 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 177 through 418 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 419 through 623 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 624 through 1070 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 1071 through 1250 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 1251 through 1404 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 1405 through 1870 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 1871 through 2018 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 2019 through 2516 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 14 through 176 )	E
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 177 through 623 )	E
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 624 through 1070 )	E
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 1071 through 1249 )	E
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 1250 through 1870 )	E
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 1871 through 2018 )	E
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 2019 through 2516 )	E
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 14 through 266 )	F
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 267 through 906 )	F
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 907 through 1873 )	F
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 1874 through 2039 )	F
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 2040 through 2516 )	F
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 14 through 333 )	G
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 334 through 653 )	G
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 654 through 973 )	G
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 974 through 1948 )	G
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 1949 through 2108 )	G
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 2109 through 2516 )	G
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 14 through 333 )	H
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 334 through 973 )	H
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 974 through 1300 )	H
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 1301 through 1946 )	H
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 1947 through 2266 )	H
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 2267 through 2516 )	H
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resid 14 through 333 )	I
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resid 334 through 813 )	I
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 814 through 973 )	I
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 974 through 1946 )	I
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 1947 through 2106 )	I
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 2107 through 2516 )	I
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 14 through 333 )	J
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 334 through 653 )	J
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 654 through 973 )	J
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 974 through 1620 )	J
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 1621 through 1946 )	J
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 1947 through 2106 )	J
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resid 2107 through 2516 )	J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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