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- PDB-4o9d: Structure of Dos1 propeller -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9d
タイトルStructure of Dos1 propeller
要素Rik1-associated factor 1
キーワードGENE REGULATION / propeller / heterochromatin formation / Rik1 / Dos2 / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


CLRC complex / mating-type region heterochromatin / meiotic telomere clustering / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / CENP-A containing chromatin assembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / chromosome, telomeric region / chromatin ...CLRC complex / mating-type region heterochromatin / meiotic telomere clustering / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / CENP-A containing chromatin assembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / chromosome, telomeric region / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rik1-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuscu, C. / Schalch, T. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: CRL4-like Clr4 complex in Schizosaccharomyces pombe depends on an exposed surface of Dos1 for heterochromatin silencing.
著者: Kuscu, C. / Zaratiegui, M. / Kim, H.S. / Wah, D.A. / Martienssen, R.A. / Schalch, T. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Rik1-associated factor 1
A: Rik1-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,40912
ポリマ－94,8152
非ポリマー59410
水6,287349
1
B: Rik1-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6916
ポリマ－47,4081
非ポリマー2845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Rik1-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7186
ポリマ－47,4081
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.150, 102.790, 95.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rik1-associated factor 1 / Cryptic loci regulator 8 / De-localization of swi6 protein 1


分子量: 47407.684 Da / 分子数: 2 / 断片: Dos1WD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: raf1, clr8, cmc1, dos1, SPCC613.12c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: O74910
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 291.15 K / pH: 7
詳細: 50mM Tris-HCl pH=7.0, 0.9M di-sodium tartrate, 50mM Magnesium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月20日
放射モノクロメーター: SELENIUM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.87 Å / Num. obs: 65983 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.61 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1734 2.63 %
Rwork0.2132 --
obs0.2142 65972 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.402 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.4951 Å2-0 Å2-1.0276 Å2
2---9.6997 Å20 Å2
3---0.2045 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 37 349 6470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2098428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2962188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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