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- PDB-4o98: Crystal structure of Pseudomonas oleovorans PoOPH mutant H250I/I263W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o98
タイトルCrystal structure of Pseudomonas oleovorans PoOPH mutant H250I/I263W
要素organophosphorus hydrolase
キーワードHYDROLASE / alphabeta/betaalpha sandwich / organophophorus hydrolase / beta-lactamase superfamily / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Organophosphorus hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas oleovorans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Luo, X.J. / Kong, X.D. / Zhao, J. / Chen, Q. / Zhou, J.H. / Xu, J.H.
引用ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2014
タイトル: Switching a newly discovered lactonase into an efficient and thermostable phosphotriesterase by simple double mutations His250Ile/Ile263Trp
著者: Luo, X.J. / Kong, X.D. / Zhao, J. / Chen, Q. / Zhou, J. / Xu, J.H.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: organophosphorus hydrolase
B: organophosphorus hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3516
ポリマ－73,0892
非ポリマー2624
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.742, 116.742, 83.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 organophosphorus hydrolase


分子量: 36544.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas oleovorans (バクテリア)
株: DSMZ 50188 / 遺伝子: OPHC / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4J186*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / Mosaicity: 0.621 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M bicine/Trizma base, pH 8.3, 0.03M sodium fluoride, 0.03M sodium bromide, 0.03M sodium iodide, 12.5%(w/v) PEG1000, 12.5%(w/v) PEG3350, 12.5(v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol., VAPOR ...詳細: 0.1M bicine/Trizma base, pH 8.3, 0.03M sodium fluoride, 0.03M sodium bromide, 0.03M sodium iodide, 12.5%(w/v) PEG1000, 12.5%(w/v) PEG3350, 12.5(v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月22日
放射モノクロメーター: VARIMAX-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 30699 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.3312.70.30329121.1195.1
2.33-2.4213.10.24530831.0141100
2.42-2.5313.30.19430741.0031100
2.53-2.6713.40.14430591.0061100
2.67-2.8313.50.11330621.0091100
2.83-3.0513.60.08530871.0091100
3.05-3.3613.70.06530701.0961100
3.36-3.8513.70.04930831.031100
3.85-4.8513.60.03831130.99199.9
4.85-5013.40.03131561.0691100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.251→43.229 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8422 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1548 5.05 %
Rwork0.1774 --
obs0.1796 30662 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.58 Å2 / Biso mean: 41.6621 Å2 / Biso min: 24.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→43.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 4 204 4886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2636531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8191723
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2515-2.32420.26231420.18912608275099
2.3242-2.40720.29491470.200126242771100
2.4072-2.50360.26651420.226092751100
2.5036-2.61750.26461290.193926692798100
2.6175-2.75550.2481450.18926342779100
2.7555-2.92810.281480.19926412789100
2.9281-3.15410.27371390.199626402779100
3.1541-3.47140.21231430.179826442787100
3.4714-3.97340.18211460.165326612807100
3.9734-5.00490.18881320.152126602792100
5.0049-43.23690.18011350.174127242859100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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