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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o96 | ||||||
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タイトル | 2.60 Angstrom resolution crystal structure of a protein kinase domain of type III effector NleH2 (ECs1814) from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai | ||||||
![]() | type III effector protein kinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / type III effector protein kinase / NleH2 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / protein kinase fold with N-lobe and C-lobe | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anderson, S.M. / Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Type III Effector NleH2 from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai Features an Atypical Protein Kinase Domain. 著者: Halavaty, A.S. / Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 141 - 303 / Label seq-ID: 4 - 166
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18596.793 Da / 分子数: 4 / 断片: type III effector protein kinase / 変異: N-terminal 138 residues were truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Native protein at 10 mg/mL crystallization: 1.6 M NH4 sulphate, 100 mM SPG buffer pH 7.0, 12% glycerol and 1% PEG 2000 MME. cryo conditions: Paratone-N oil , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 28323 / Num. obs: 28323 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2767 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.61 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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