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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o93 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermus thermophilis transhydrogeanse domain II dimer | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Membrane domain dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leung, J.H. / Yamaguchi, M. / Moeller, A. / Schurig-Briccio, L.A. / Gennis, R.B. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural biology. Division of labor in transhydrogenase by alternating proton translocation and hydride transfer. 著者: Leung, J.H. / Schurig-Briccio, L.A. / Yamaguchi, M. / Moeller, A. / Speir, J.A. / Gennis, R.B. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10168.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1779 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28109.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1778 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: lipidic subic phase / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 350 mM NH4-formate, 100mM Na-thiocynate, and 18% (v/v) 1-4-butanediol, lipidic subic phase, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9993 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→98.7 Å / Num. obs: 24865 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.705 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→98.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.77→2.842 Å / Total num. of bins used: 20
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