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- PDB-4o8s: Crystal structure of JHP933 from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8s
タイトルCrystal structure of JHP933 from Helicobacter pylori
要素Putative
キーワードHYDROLASE / nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


JHP933, helical tail domain / JHP933, nucleotidyltransferase-like core domain / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Roll / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhao, Y.H. / Su, Y.T. / Sun, L.F. / Wu, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure Confirmation of JHP933 as a Nucleotidyltransferase Superfamily Protein from Helicobacter pylori Strain J99
著者: Zhao, Y. / Ye, X. / Su, Y. / Sun, L. / She, F. / Wu, Y.
履歴
登録2013年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9351
ポリマ－26,9351
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.056, 90.056, 70.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Putative


分子量: 26935.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: 933, jhp_0933 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZKK2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Potassium Sodium tartarate, 0.1M Tris-HCl, 32%(v/w) PEG4000, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 20549 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Χ2: 1.821 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.126.30.93220360.8051100
2.12-2.216.30.58520400.8891100
2.21-2.316.30.44320431.0121100
2.31-2.436.30.30420601.1461100
2.43-2.586.30.23620341.4561100
2.58-2.786.30.18520471.6891100
2.78-3.066.30.14520622.0171100
3.06-3.516.30.11620622.2891100
3.51-4.426.30.11920733.0451100
4.42-506.10.11820923.9199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→38.005 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8335 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1829 9.66 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
all0.207 ---
obs0.207 18941 98.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.442 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.43 Å2 / Biso mean: 47.0548 Å2 / Biso min: 21.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7633 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.7633 Å2-0 Å2
3----3.5265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1867 0 0 76 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1372543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.209732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15680.29331310.26871269140095
2.1568-2.22030.30131380.24931287142598
2.2203-2.29190.28331400.24711297143798
2.2919-2.37380.28681400.23561306144699
2.3738-2.46890.25281390.22611292143198
2.4689-2.58120.28751390.22791330146999
2.5812-2.71720.32521430.23031315145899
2.7172-2.88740.25951370.229913201457100
2.8874-3.11030.25841430.214313471490100
3.1103-3.42310.24671410.212513101451100
3.4231-3.9180.2181480.19413481496100
3.918-4.93460.15861480.167113251473100
4.9346-38.01140.20911420.18721366150899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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