PDB-4o8r: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8r

タイトル

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE / 5 / 6-DIHYDROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.293 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4o8r.ent.gz	916.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4o8r_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3g18S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sj3-d 3nqe-d 3m5y-d 3llf-d 3g1y-d 3nqc-d 4nx5-d 4fx6-d 3g1h-1 3lty-d 3nq6-d 3nqa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

E: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

F: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

G: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

H: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

I: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

J: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

K: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

L: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

327 kDa, 13 ポリマー
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1

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

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50.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

F: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

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50.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

H: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

J: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

L: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
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7

M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	147.899, 101.800, 192.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- CL
2	1	M-408- HOH

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24884.697 Da / 分子数: 13 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-H2U / 5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2,4-ジオキソテトラヒドロピリミジンD-リボヌクレオシドタイプ: RNA linking / 分子量: 326.197 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₉P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.293→48.193 Å / Num. all: 127460 / Num. obs: 127460 / % possible obs: 99.46 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 2.293→48.193 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2307	3838	3.01 %	RANDOM
R_work	0.2031	-	-	-
obs	0.204	127460	99.46 %	-
all	-	127460	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.293→48.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21263	0	253	199	21715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	29707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.096	8273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3918

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2932-2.3222	0.393	99	0.3465	4086	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3222-2.3528	0.3173	163	0.3314	4520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3528-2.385	0.3263	140	0.3158	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.4191	0.3438	154	0.3108	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4191-2.4552	0.3135	128	0.2989	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4552-2.4935	0.3451	149	0.2871	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4935-2.5344	0.321	136	0.2732	4543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5344-2.5781	0.2649	130	0.2589	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5781-2.625	0.3147	133	0.2573	4592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.625-2.6755	0.3261	149	0.2618	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6755-2.7301	0.2975	139	0.2616	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7301-2.7895	0.2888	146	0.2563	4561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7895-2.8543	0.2884	155	0.2404	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8543-2.9257	0.2549	155	0.2382	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9257-3.0048	0.3028	158	0.2352	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0048-3.0932	0.2885	136	0.2378	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0932-3.193	0.2685	125	0.2227	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.193-3.3071	0.254	134	0.2191	4597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3071-3.4395	0.2431	154	0.2024	4584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4395-3.596	0.2076	160	0.1888	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.596-3.7855	0.2087	150	0.1797	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7855-4.0226	0.2054	142	0.1751	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0226-4.333	0.1936	135	0.1653	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.333-4.7687	0.1839	167	0.1557	4614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7687-5.4579	0.1938	130	0.1715	4647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4579-6.8732	0.2088	123	0.1932	4695	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8732-48.2033	0.1664	148	0.1574	4702	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8376	0.1648	0.4141	2.6056	-0.2794	2.95	-0.0822	-0.1561	-0.05	0.2584	-0.1183	-0.0345	0.1582	0.0999	0.1972	0.2128	0.07	0.0206	0.2475	-0.0246	0.2749	11.3621	46.4727	-21.1549
2	2.4159	0.1408	0.29	2.8268	0.0167	5.3301	-0.1436	0.4098	0.0654	-0.6146	-0.0938	0.0079	-0.4768	0.1257	0.1987	0.409	0.0597	-0.0614	0.3247	-0.0721	0.3868	5.4625	55.5449	-45.9134
3	4.0559	0.016	-0.3005	2.068	0.6782	2.5123	0.0629	-0.0622	-0.6961	0.1859	-0.0114	0.3168	0.1952	-0.2128	-0.0396	0.2862	0.0843	-0.0295	0.253	0.0359	0.5497	-40.2843	63.1991	-32.5672
4	5.1289	-0.3368	-1.3271	3.9867	0.9592	2.5905	0.3867	0.7698	0.2594	-0.6108	-0.2391	-0.4603	-0.5922	-0.1457	-0.137	0.4431	0.1629	-0.0054	0.4094	-0.0151	0.5228	-18.7554	76.146	-43.0584
5	2.6109	-0.1226	0.1792	3.2651	-1.5707	4.7847	-0.0263	0.603	0.0918	-0.4887	-0.0886	0.0066	0.0136	-0.2626	0.1281	0.4954	0.0986	-0.162	0.645	-0.1978	0.6123	-61.8068	62.7308	-75.8113
6	2.1021	-1.6932	0.8531	6.4398	-0.4294	4.9827	-0.211	0.0183	-0.3604	0.4526	-0.1829	0.3679	0.839	-0.417	0.3894	0.5089	-0.012	0.0824	0.4563	-0.2199	0.8074	-53.288	46.4375	-56.5042
7	5.4581	2.2413	0.0854	3.4222	-0.0026	3.296	0.1714	0.5809	0.2294	0.1389	0.4331	-0.2606	-0.081	0.2675	-0.5709	0.5098	0.1464	-0.138	0.592	-0.2038	0.7549	-88.9286	76.0301	-65.6956
8	4.6979	1.405	-1.1126	2.9798	0.6265	3.7889	0.1952	0.332	-0.6578	0.3759	0.1976	-0.1048	0.8334	-0.2966	-0.3816	0.6176	0.0533	-0.2695	0.5881	0.0047	0.7442	-107.9037	57.9926	-63.8984
9	4.7212	-0.1751	-0.74	3.5618	-0.4362	3.1603	0.0661	0.7446	0.5153	-0.2326	-0.3118	-0.3952	-0.5555	0.2783	0.2081	0.4817	0.0011	-0.2368	0.549	0.1134	0.7444	50.4557	73.1793	-17.2024
10	3.8369	0.6557	-0.5119	4.8834	-0.0501	3.2102	-0.0758	-0.375	0.469	0.9746	-0.0137	0.3144	-0.3559	-0.2433	0.0744	0.5546	0.1103	-0.112	0.3889	-0.0885	0.5891	27.1362	68.5064	-4.7918
11	3.4018	-0.7896	0.6478	4.5968	0.122	1.8324	0.37	0.4024	0.0089	-0.8504	0.0461	0.265	0.0457	-0.3859	-0.3825	0.7645	0.0103	-0.2101	1.1549	0.0792	0.5956	-130.1955	75.4176	-102.6945
12	0.3628	0.1075	-0.8227	3.0386	-0.3855	2.5554	-0.0243	0.6581	-0.4534	-0.4044	0.4012	0.0052	0.583	-0.2664	-0.3814	0.6738	-0.073	-0.2662	1.3546	-0.0875	0.8179	-118.3371	52.8594	-93.8755
13	1.2122	-1.0937	0.6229	3.3006	-0.2287	3.6471	0.1052	0.2963	-0.122	-0.3062	-0.3703	-0.4416	0.1542	0.1581	0.2543	0.2516	0.007	-0.02	0.4219	0.0091	0.5564	-77.0525	50.592	-13.3207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain M

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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