PDB-4o87: Crystal structure of a N-tagged Nuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o87

タイトル

Crystal structure of a N-tagged Nuclease

要素

N-tagged Nuclease

キーワード

HYDROLASE / Novel fold / Nuclease

機能・相同性

CITRIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Millerozyma acaciae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Shuman, S.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structure, mechanism, and specificity of a eukaryal tRNA restriction enzyme involved in self-nonself discrimination.
著者: Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Jalan, R. / Shuman, S.

履歴

登録	2013年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o87.cif.gz	294.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o87.ent.gz	241.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o87_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o87_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	4o87_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	4o87_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o88C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o88-d 6guu-d 6mnz-d 5hp6-d 3ou7-d 5z5h-1 4z64-d 5hek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

3

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.870, 77.430, 147.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-tagged Nuclease 分子量: 36309.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Millerozyma acaciae (菌類) / プラスミド: pET28b-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q707V3
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM Sodium citrate, 3 - 3.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.53 Å / Num. all: 66634 / Num. obs: 66634 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 9999 / Observed criterion σ(I): 9999
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→38.532 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	2517	3.79 %
R_work	0.1591	-	-
obs	0.1606	66334	99.66 %
all	-	66634	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5076	0	161	724	5961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.297	7512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.866	2131
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8346	0.3519	121	0.2512	3478	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8346-1.8721	0.2614	132	0.23	3494	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8721-1.9128	0.2423	141	0.1952	3456	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9128-1.9573	0.2437	158	0.1874	3462	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9573-2.0062	0.2113	140	0.1716	3500	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0062-2.0605	0.2193	139	0.1597	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.1211	0.1947	140	0.1572	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1211-2.1896	0.1812	137	0.1552	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1896-2.2678	0.2145	138	0.1541	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3586	0.2267	140	0.1575	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3586-2.4659	0.2035	138	0.161	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4659-2.5959	0.21	139	0.1661	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.7585	0.2019	139	0.1725	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7585-2.9714	0.2211	141	0.164	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9714-3.2703	0.1985	140	0.164	3580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2703-3.7432	0.1725	142	0.1366	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7432-4.7147	0.1511	145	0.121	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7147-38.5412	0.1942	147	0.1699	3789	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8054	0.3936	-0.0745	0.4198	0.1334	1.1578	-0.0494	0.1774	-0.05	0.0703	0.0693	-0.0064	0.0696	0.0812	-0.0028	0.1079	0.0174	0.0008	0.0396	-0.0175	0.1039	6.3927	38.9784	68.7048
2	1.2187	-0.0033	0.0101	0.4861	-0.1192	0.0095	-0.1689	-0.0042	-0.2074	0.0844	0.1074	-0.0975	0.2535	-0.0131	-0.0059	0.151	-0.0177	0.0312	0.0696	-0.0133	0.1283	-21.983	29.9523	83.0892
3	1.7133	0.3987	-0.5881	0.649	0.4937	1.1245	0.0155	-0.1181	-0.0266	0.0921	0.0137	-0.0497	0.0921	0.0872	0.0972	0.131	0.0259	-0.0141	0.0149	0.0146	0.1128	4.3459	41.3914	75.9157
4	2.4272	0.8544	-0.1332	1.6725	-0.2189	1.3949	0.0417	-0.1316	-0.1331	0.1277	0.0054	0.0241	-0.008	-0.0062	0.0054	0.1369	0.0143	0.0147	0.0815	-0.0007	0.1263	-24.3933	35.2858	88.55
5	2.316	0.5248	-1.0059	0.7408	0.1587	0.93	-0.0397	-0.3713	-0.0885	0.2249	0.0096	-0.168	0.0009	0.235	0.064	0.2192	0.0091	0.0005	0.113	-0.002	0.201	-6.0389	46.4006	87.0816
6	2.2165	0.0332	-1.157	0.5069	0.1156	1.4904	-0.1503	-0.3112	-0.0327	0.3796	0.1713	-0.351	0.1637	0.8223	-0.036	0.3489	0.0511	-0.0624	0.4853	-0.1195	0.3966	20.816	47.8078	81.281
7	2.3437	-0.2829	-0.4292	0.3431	-0.2186	1.1231	0.0322	0.3057	-0.1022	-0.0942	0.0043	0.0546	0.0346	-0.0781	-0.0047	0.1294	0.0007	-0.0059	0.1792	0.0086	0.1406	-6.3549	36.5797	128.4165
8	1.6668	-0.1912	-1.8848	0.0974	-0.088	0.8892	-0.0932	0.5071	-0.1942	-0.1327	-0.0458	0.0595	0.0418	-0.1203	0.0099	0.2195	0.0136	-0.0152	0.3521	-0.0523	0.1839	4.3139	32.0092	117.564
9	0.6112	-0.005	-0.4079	0.784	0.0401	0.4329	0.3774	0.2639	0.5037	-0.2863	-0.1036	-0.061	-0.4357	0.0052	0.0298	0.2676	0.0322	0.064	0.3028	0.11	0.2187	7.8536	46.3583	115.2895
10	1.9885	-0.4761	-0.9575	1.4844	-0.0919	2.9059	0.0063	-0.2609	-0.1723	-0.019	0.0732	-0.1	0.3044	0.3023	0	0.2506	0.0047	0.0007	0.3452	0.0049	0.1688	26.8113	31.0578	109.3707
11	2.0433	-1.0537	-0.8221	1.0925	0.0476	0.5842	0.3999	0.7489	-0.2057	-0.5064	-0.068	0.1627	-0.3989	-0.5634	0.0699	0.3461	0.039	0.0437	0.4122	0.0577	0.3093	6.3984	45.039	110.2903
12	0.3399	1.1493	0.113	4.389	1.3347	1.6745	0.0532	0.6802	0.6604	-0.6631	-0.2331	0.752	0.0412	-0.8916	-1.2753	0.3609	0.049	-0.0599	0.8877	0.254	0.4669	-22.4698	45.2687	116.7988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 261 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 262 through 296 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 297 through 319 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 154 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 155 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 199 through 261 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 262 through 296 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 297 through 318 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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