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万見
- PDB-4o7i: Structural and functional characterization of 3'(2'),5'-bisphosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o7i
タイトルStructural and functional characterization of 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase1 from Entamoeba histolytica
要素3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase, putative
キーワードHYDROLASE / Li sensitive/Mg dependent Phosphatase / Dephosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase activity / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / sulfate assimilation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 ...: / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3',5'-bisphosphate nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Tarique, K.F. / Rehman, S.A.A. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural elucidation of a dual-activity PAP phosphatase-1 from Entamoeba histolytica capable of hydrolysing both 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate and inositol 1,4-bisphosphate
著者: Faisal Tarique, K. / Arif Abdul Rehman, S. / Gourinath, S.
履歴
登録2013年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年1月22日ID: 4GDG
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2733
ポリマ－36,1541
非ポリマー1192
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.445, 64.520, 117.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase, putative


分子量: 36154.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1/IMSS / プラスミド: pET28(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C4M4T9, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 4000, 200mM lithium acetate, 5mM magnesium chloride, 5mM adenosine monophospahte, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17183 / Num. obs: 16255 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1648 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0045精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGX

1qgx


解像度: 2.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.827 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23167 879 5.1 %RANDOM
Rwork0.18434 ---
obs0.1867 15375 95.13 %-
all-16254 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å2-0 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---1.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2803 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2453 0 6 109 2568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.973405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75235569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78125.321109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86415456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0041511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4991.5141267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.491.5111266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2242.2551582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2272.2581583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0932.0381252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0922.0421253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2682.8891824
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.15813.5972855
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.16113.5062828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.105→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 80 -
Rwork0.227 1092 -
obs--89.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.641 Å / Origin y: 36.2 Å / Origin z: 17.06 Å
111213212223313233
T0.0386 Å20.0101 Å20.0023 Å2-0.0047 Å20.0042 Å2--0.0332 Å2
L0.4351 °20.185 °2-0.066 °2-0.9203 °20.0679 °2--1.2928 °2
S0.0079 Å °0.0112 Å °-0.0254 Å °0.0106 Å °0.0001 Å °-0.0674 Å °0.0934 Å °0.0546 Å °-0.008 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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