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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o72 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with NU7441 | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / CELL CYCLE / INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J.-Y. / Ember, S.W. / Watts, C. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014 タイトル: Acetyl-lysine Binding Site of Bromodomain-Containing Protein 4 (BRD4) Interacts with Diverse Kinase Inhibitors. 著者: Ember, S.W. / Zhu, J.Y. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Becker, A. / Berndt, N. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o72.cif.gz | 98.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o72.ent.gz | 75.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4o72_validation.pdf.gz | 757.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4o72_full_validation.pdf.gz | 758.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4o72_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4o72_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o72 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4o70C 4o71C 4o74C 4o75C 4o76C 4o77C 4o78C 4o7aC 4o7bC 4o7cC 4o7eC 4o7fC 4ps5C 2ossS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885 |
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-非ポリマー , 5種, 203分子
#2: 化合物 | ChemComp-2R4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 MG/ML BRD4, 5MM HEPES pH 7.5, 50MM SODIUM CHLORIDE, 0.5MM DTT, 50MM TRIS PH8.5, 0.1M AMMONIUM SULFATE, 12.5% PEG 3,350, 10% DMSO, 1 MM NU7441, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 26039 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.166 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2OSS 解像度: 1.4→19.652 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.652 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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