PDB-4o6r: Crystal Structure of a Putative Aldehyde Dehydrogenase from Burkh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o6r

タイトル

Crystal Structure of a Putative Aldehyde Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia

要素

Aldehyde Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Putative Aldehyde Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o6r.cif.gz	764 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o6r.ent.gz	629.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o6r_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o6r_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	4o6r_validation.xml.gz	89.1 KB	表示
CIF形式データ	4o6r_validation.cif.gz	137.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yweC 4go4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ekc-2 4h73-5 5ek6-1 5exf-1 4i26-d 3rhj-d 4dal-1 5eeb-1 1bpw-d 2o2r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00020.y

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (7)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldehyde Dehydrogenase

B: Aldehyde Dehydrogenase

C: Aldehyde Dehydrogenase

D: Aldehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.130, 125.610, 150.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Aldehyde Dehydrogenase 分子量: 53299.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM0469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EJX1

-
非ポリマー , 5種, 2186分子

#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus(c3): glycerol, peg4000, sodium nitrate, sodium phosphate, ammonium sulfate, imidazole, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 167640 / Num. obs: 167523 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.56

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95		0.48	4.39	1	99.8
1.95-2		0.4	5.21	1	99.9
2-2.06		0.339	6.17	1	100
2.06-2.12		0.283	7.26	1	99.9
2.12-2.19		0.239	8.45	1	100
2.19-2.27		0.204	9.8	1	99.9
2.27-2.36		0.179	10.95	1	100
2.36-2.45		0.164	11.82	1	100
2.45-2.56		0.141	13.51	1	100
2.56-2.69		0.125	15.03	1	100
2.69-2.83		0.105	17.32	1	100
2.83-3		0.088	19.62	1	100
3-3.21		0.073	22.8	1	99.9
3.21-3.47		0.06	26.53	1	100
3.47-3.8		0.049	31.01	1	100
3.8-4.25		0.043	33.98	1	99.9
4.25-4.91		0.035	36.92	1	99.9
4.91-6.01		0.038	33.23	1	100
6.01-8.5		0.034	34.6	1	100
	8.5	0.024	39.77	1	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.48 Å
Translation	2.5 Å	48.48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4GO4

4go4

解像度: 1.9→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.081 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18209	8408	5 %	RANDOM
R_work	0.15061	-	-	-
obs	0.15218	158858	99.83 %	-
all	-	175674	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14700	0	184	2161	17045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	15683
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.96	21411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3	34080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.906	5	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.596	23.304	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.389	15	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.144	15	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.484	0.687	8042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.484	0.687	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.837	1.028	10106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.916	0.861	7641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	609	-
R_work	0.199	11491	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6197	0.2118	0.0495	1.0368	0.3548	0.5544	-0.0605	0.1442	-0.0143	-0.1605	0.0603	-0.0564	-0.0022	0.0673	0.0002	0.076	-0.0165	0.0239	0.0791	-0.0078	0.0081	96.5275	93.9015	9.6982
2	0.2557	0.1099	0.0289	0.2538	0.0363	0.2079	-0.0268	0.0619	-0.0382	-0.0632	0.0226	-0.0281	0.0319	0.0245	0.0043	0.0452	-0.0027	0.0119	0.0525	-0.0043	0.0251	98.2078	96.6073	23.3488
3	0.51	-0.0002	-0.1885	0.7057	0.0775	0.5756	-0.0417	0.026	-0.1078	-0.0332	-0.0021	0.0344	0.0514	0.0137	0.0439	0.0279	-0.0089	0.0009	0.0216	-0.0117	0.0651	76.7274	73.9368	24.4252
4	0.505	0.2412	0.2366	0.5005	0.2	0.2675	0.0144	-0.0087	-0.008	0.0164	-0.0087	-0.0015	0.031	-0.0112	-0.0057	0.0237	0.0064	0.0094	0.0383	0.0047	0.0175	91.2684	101.4077	36.6893
5	1.4941	1.1228	0.0599	1.7529	-0.642	0.6632	-0.037	0.1362	0.0092	-0.0791	0.111	0.0245	0.0186	-0.0835	-0.074	0.0692	-0.0016	-0.0114	0.1056	0.0275	0.034	64.8514	133.1198	5.4902
6	0.1874	-0.0064	-0.0147	0.2428	-0.1213	0.3142	-0.0101	0.0467	0.015	-0.0433	0.0248	0.0196	-0.0033	-0.0232	-0.0147	0.0429	-0.0105	-0.0097	0.0469	0.0103	0.0237	71.4333	123.6173	19.1924
7	0.7791	0.0548	0.2715	0.5573	-0.0706	0.6461	-0.0459	0.021	0.1338	-0.0025	0.0028	-0.0142	-0.0499	-0.0102	0.0431	0.016	-0.0039	-0.0091	0.0203	0.0037	0.0546	91.2286	146.1294	24.8513
8	0.5071	0.1749	-0.1757	0.3759	-0.1049	0.1443	0.0143	-0.014	0.013	0.0371	-0.0016	0.0257	-0.026	0.0337	-0.0127	0.0305	0.0037	-0.006	0.043	0.0004	0.022	76.9326	118.6726	36.7996
9	0.4165	-0.0128	0.2256	0.2106	-0.0083	0.4103	0.0039	-0.0691	-0.0363	0.0289	0.0011	-0.0052	0.0483	0.005	-0.005	0.0395	0.0017	0.0066	0.0551	0.0139	0.0178	96.3725	95.7189	57.599
10	4.3694	4.3601	-0.7875	5.401	-1.11	0.243	0.1374	-0.0654	-0.1596	0.0633	-0.2143	-0.3065	0.0058	0.0573	0.0769	0.0786	0.0066	-0.0003	0.0579	0.0091	0.0628	105.2135	90.1635	41.9082
11	0.5581	-0.0167	0.1088	0.6554	-0.3236	0.9136	-0.0169	-0.0079	0.0455	0.0473	-0.0555	-0.1367	-0.0065	0.0905	0.0724	0.0088	-0.0038	-0.0237	0.0508	0.0095	0.0792	122.5696	112.6149	51.8921
12	0.6002	0.2602	0.1547	0.4458	0.0856	0.0652	-0.013	0.0231	0.0062	-0.0075	0.0006	-0.0295	-0.0009	0.0192	0.0124	0.0366	0.0098	0.0021	0.0433	0.0049	0.0297	98.5002	106.8986	36.4833
13	1.916	0.2526	-0.0176	1.2505	0.6118	0.4269	0.1086	-0.3502	0.2971	0.204	-0.0518	0.0438	-0.0371	0.0347	-0.0568	0.2173	-0.0221	0.0531	0.1586	-0.0737	0.0867	69.2899	134.5638	68.1122
14	0.4495	-0.0031	-0.1064	0.1754	0.0109	0.1595	-0.0186	-0.1027	0.0271	0.0395	0.0129	0.0227	-0.0139	-0.0027	0.0057	0.0341	0.0099	0.0031	0.0523	-0.0063	0.0206	65.498	118.5325	54.6715
15	1.0606	0.0768	1.1976	1.0305	0.9163	3.2975	-0.0562	-0.1536	0.0207	0.0951	-0.0663	0.2201	-0.0029	-0.2693	0.1226	0.0238	0.0031	0.0455	0.0785	-0.014	0.1058	39.6154	114.1784	56.8606
16	0.647	0.1952	-0.1283	0.2905	-0.0481	0.1023	-0.0097	0.0013	-0.0055	0.0025	-0.0008	0.0474	0.0043	-0.0311	0.0105	0.0284	0.0086	-0.0027	0.0356	-0.0061	0.0319	63.2094	112.1929	37.9438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	257 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	436 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 36
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	37 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	256 - 435
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	436 - 488
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	8 - 232
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	233 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	258 - 404
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	405 - 488
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	8 - 25
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	26 - 335
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	336 - 375
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	376 - 488

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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