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- PDB-4o5v: Crystal structure of T. acidophilum IdeR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5v
タイトルCrystal structure of T. acidophilum IdeR
要素Iron-dependent transcription repressor related protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IdeR
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor ...FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Iron-dependent transcription repressor related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Yeo, H.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural analysis and insight into metal-ion activation of the iron-dependent regulator from Thermoplasma acidophilum.
著者: Yeo, H.K. / Park, Y.W. / Lee, J.Y.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-dependent transcription repressor related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6233
ポリマ－27,5111
非ポリマー1122
水2,000111
1
A: Iron-dependent transcription repressor related protein
ヘテロ分子

A: Iron-dependent transcription repressor related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2466
ポリマ－55,0232
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.198, 84.978, 47.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Iron-dependent transcription repressor related protein / IdeR


分子量: 27511.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta0872 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HJU1
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 14925 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.166 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 754 5.06 %
Rwork0.182 --
obs0.182 14888 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 2 111 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.192309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.312662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1005-2.26260.2581720.17972758
2.2626-2.49030.28341610.18762767
2.4903-2.85050.28011400.18422784
2.8505-3.59070.23651370.1722860
3.5907-34.17020.15911440.14852965
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.5995 Å / Origin y: 23.5046 Å / Origin z: 16.2474 Å
111213212223313233
T0.1441 Å2-0.0181 Å2-0.0013 Å2-0.119 Å20.013 Å2--0.1646 Å2
L1.382 °2-0.4783 °20.3069 °2-0.6614 °20.0961 °2--1.5851 °2
S-0.0202 Å °-0.0352 Å °-0.0496 Å °-0.0364 Å °-0.0025 Å °0.0268 Å °0.0325 Å °0.1206 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESSEQ 6:218)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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