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万見
- PDB-4o59: Co-enzyme Induced Conformational Changes in Bovine Eye Glyceralde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o59
タイトルCo-enzyme Induced Conformational Changes in Bovine Eye Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードoxidoreductase / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / killing by host of symbiont cells / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity ...regulation of neurotransmitter loading into synaptic vesicle / Glycolysis / Gluconeogenesis / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / killing by host of symbiont cells / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / GAIT complex / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / positive regulation of type I interferon production / defense response to fungus / lipid droplet / glycolytic process / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton organization / glucose metabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / NAD binding / disordered domain specific binding / NADP binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / neuron apoptotic process / nuclear membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of translation / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Baker, B.Y. / Shi, W. / Wang, B. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: High-resolution crystal structures of the photoreceptor glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) with three and four-bound NAD molecules.
著者: Baker, B.Y. / Shi, W. / Wang, B. / Palczewski, K.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7858
ポリマ－143,1314
非ポリマー2,6544
水10,485582
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19420 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area44190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.703, 125.273, 83.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH


分子量: 35782.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rod Outer Segment / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Retinas
参照: UniProt: P10096, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating), 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.15 M malic acid pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 220468 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Xtalデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J0X

1j0x


解像度: 1.52→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.455 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20904 10886 5 %RANDOM
Rwork0.17822 ---
obs0.17977 206213 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.58 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10052 0 176 582 10810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01910444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0621.96614176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924322996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69651324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95624.615416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.315151724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0881540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6041.5785308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5961.5775307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1852.3676628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1872.3676629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8371.8615136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8371.8615137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2412.657549
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.03413.08711777
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.01612.96411593
LS精密化 シェル解像度: 1.522→1.562 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 763 -
Rwork0.302 14502 -
all-15265 -
obs--93.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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