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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o4z | ||||||
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タイトル | MURINE NEUROGLOBIN UNDER 30 BAR PRESSURE NITROUS Oxide | ||||||
![]() | Neuroglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT PROTEIN / Globin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia / perikaryon / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colloc'h, N. / Prange, T. / Vallone, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Studies with Xenon and Nitrous Oxide Provide Evidence for Protein-dependent Processes in the Mechanisms of General Anesthesia 著者: Abraini, J.H. / Marassio, G. / David, H.N. / Vallone, B. / Prange, T. / Colloc'h, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 862.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 864.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17306.572 Da / 分子数: 1 / 変異: C55S, C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-N2O / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 19567 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 2835 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3GKT 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.564 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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