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万見
- PDB-4o4x: Crystal structure of the vaccine antigen Transferrin Binding Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4x
タイトルCrystal structure of the vaccine antigen Transferrin Binding Protein B (TbpB) double mutant Tyr-167-Ala and Trp-176-Ala from Haemophilus parasuis Hp5
要素TbpB
キーワードMETAL TRANSPORT / Structure-based vaccine design / transferrin receptor / iron acquisition / host pathogen interaction / surface lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 ...Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus parasuis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Calmettes, C. / Yu, R.H. / Schryvers, A.B. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2015
タイトル: Nonbinding site-directed mutants of transferrin binding protein B exhibit enhanced immunogenicity and protective capabilities.
著者: Frandoloso, R. / Martinez-Martinez, S. / Calmettes, C. / Fegan, J. / Costa, E. / Curran, D. / Yu, R.H. / Gutierrez-Martin, C.B. / Rodriguez-Ferri, E.F. / Moraes, T.F. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TbpB
B: TbpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,40422
ポリマ－116,5912
非ポリマー1,81220
水90150
1
A: TbpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,34713
ポリマ－58,2961
非ポリマー1,05212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TbpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0569
ポリマ－58,2961
非ポリマー7618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.890, 42.240, 114.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TbpB


分子量: 58295.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parasuis (バクテリア)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2UKY6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.08 M potassium phosphate monobasic, 18% PEG 8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.182 Å / Num. obs: 26504 / Biso Wilson estimate: 57.75 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→42.182 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 1293 4.99 %
Rwork0.216 --
obs0.2169 25890 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.5643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7764 0 105 50 7919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8410773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3912918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.01610.39841380.35912589X-RAY DIFFRACTION94
3.0161-3.15340.32141410.3042676X-RAY DIFFRACTION100
3.1534-3.31950.25471370.2652714X-RAY DIFFRACTION100
3.3195-3.52740.26881510.23822739X-RAY DIFFRACTION100
3.5274-3.79960.23551430.21522735X-RAY DIFFRACTION100
3.7996-4.18170.23651430.20032727X-RAY DIFFRACTION100
4.1817-4.78610.19251440.17562744X-RAY DIFFRACTION100
4.7861-6.02710.20021450.18632801X-RAY DIFFRACTION100
6.0271-42.18640.2011510.19582872X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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