PDB-4o4o: Crystal structure of phycobiliprotein lyase CpcT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4o

タイトル

Crystal structure of phycobiliprotein lyase CpcT

要素

Phycocyanobilin lyase CpcT

キーワード

LYASE / beta-barrel / phycocyanobilin / BILIN LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phycocyanobilin linkage / 付加脱離酵素（リアーゼ） / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zhou, W. / Ding, W.-L. / Zeng, X.-l. / Dong, L.-L. / Zhao, B. / Zhou, M. / Scheer, H. / Zhao, K.-H. / Yang, X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Mechanism of the Phycobiliprotein Lyase CpcT.
著者: Zhou, W. / Ding, W.L. / Zeng, X.L. / Dong, L.L. / Zhao, B. / Zhou, M. / Scheer, H. / Zhao, K.H. / Yang, X.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4o.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4o.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o4s-2 4o4s-4 2a70-d 3r4s-1 3r4s-2 1pii-d 3q58-d 6cqs-2 4utt-2 5gxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin lyase CpcT

B: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.322, 69.322, 165.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Phycocyanobilin lyase CpcT 分子量: 24248.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: cpcT1, cpeT1, all5339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8YLF9, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MgCl2 6H2O (0.1M), Bis-Tris (0.1 M, pH 5.5) and polyethylene glycol 3350 (14% w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月21日
放射	モノクロメーター: diamond laue monochromators / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 33803 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 58.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.533 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2136	3205	5.09 %	5% in each resolution shell
R_work	0.1735	-	-	-
all	0.1755	-	-	-
obs	0.175	33803	97.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3188	0	2	292	3482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	4517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.055	1219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9791	0.3121	131	0.3011	2477	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9791-2.01	0.3397	122	0.2842	2464	X-RAY DIFFRACTION	92
2.01-2.043	0.3339	114	0.2538	2526	X-RAY DIFFRACTION	94
2.043-2.0782	0.279	129	0.2393	2503	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0782-2.116	0.2606	157	0.2236	2498	X-RAY DIFFRACTION	96
2.116-2.1567	0.2372	160	0.2166	2620	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1567-2.2007	0.2516	139	0.2067	2508	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2007-2.2485	0.249	147	0.2137	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2485-2.3008	0.2482	99	0.1983	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3008-2.3583	0.2596	168	0.2016	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3583-2.4221	0.2643	164	0.2021	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4221-2.4933	0.2605	143	0.2053	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4933-2.5737	0.2555	120	0.1873	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5737-2.6657	0.2079	133	0.1888	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6657-2.7723	0.2544	129	0.1986	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8984	0.2301	145	0.1981	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8984-3.051	0.2574	163	0.1928	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.051-3.242	0.2264	146	0.1926	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.242-3.4919	0.2247	158	0.1748	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4919-3.8427	0.195	157	0.1629	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8427-4.3971	0.1643	147	0.1371	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3971-5.534	0.1587	116	0.1298	2555	X-RAY DIFFRACTION	95
5.534-29.5368	0.1966	118	0.1607	2562	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9296	1.6779	0.6987	1.7037	0.5467	1.8443	-0.0679	0.0477	-0.4638	-0.0735	0.07	-0.3268	0.1622	0.1205	-0.0114	0.1477	0.0522	0.0272	0.4637	-0.0481	0.371	-9.0477	23.6247	52.3741
2	2.6822	0.5833	0.8207	3.7794	2.6068	5.1544	-0.0673	-0.234	0.26	-0.0183	-0.4126	0.6867	-0.9656	-0.8982	0.363	0.383	0.1808	-0.0222	0.4858	-0.1085	0.351	-10.664	50.3636	76.9515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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