PDB-4o44: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o44

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 4-((4-(mesitylamino)-6-(3-morpholinopropoxy)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ529), a non-nucleoside inhibitor

要素

HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit
HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Polymerase / RNase / reverse transcription / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.889 Å

データ登録者

Mislak, A.C. / Frey, K.M. / Anderson, K.S.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: A mechanistic and structural investigation of modified derivatives of the diaryltriazine class of NNRTIs targeting HIV-1 reverse transcriptase.
著者: Mislak, A.C. / Frey, K.M. / Bollini, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o44.cif.gz	413.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o44.ent.gz	339.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o44_validation.pdf.gz	743.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o44_full_validation.pdf.gz	761.7 KB	表示
XML形式データ	4o44_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	4o44_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4gC 1s9eS 2zd1 4kko S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4o-d 1s6q-d 5hbm-d 4lsn-d 7krf-d 6dtx-d 1s6p-d 1bqm-d 1suq-d 4mfb-d 7krc-d 4lsl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit

B: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.166, 69.288, 104.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 subunit, UNP residues 600-1154 / 変異: C280S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 Isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 subunit, UNP residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 Isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-2RS / 4-({4-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-6-[(2,4,6-trimethylphenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}amino)benzonitrile 分子量: 473.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₁N₇O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20.0% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, and 50 mM citric acid pH 5.5 or 50 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日 / 詳細: Monochromator

放射

モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.889→50 Å / Num. obs: 34385 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 86.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 19.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.95	3.2	0.972	1	94.6
2.95-3	3.5	0.922	1	99
3-3.06	3.6	0.841	1	99.9
3.06-3.12	3.7	0.711	1	100
3.12-3.19	3.7	0.54	1	100
3.19-3.27	3.7	0.427	1	100
3.27-3.35	3.7	0.368	1	99.9
3.35-3.44	3.7	0.332	1	99.9
3.44-3.54	3.7	0.286	1	100
3.54-3.65	3.5	0.244	1	99.5
3.65-3.78	3.4	0.231	1	98.2
3.78-3.94	3.6	0.195	1	99.7
3.94-4.11	3.7	0.143	1	99.9
4.11-4.33	3.7	0.133	1	99.7
4.33-4.6	3.7	0.118	1	99.4
4.6-4.96	3.7	0.103	1	99
4.96-5.46	3.7	0.098	1	99.7
5.46-6.24	3.7	0.09	1	100
6.24-7.86	3.6	0.072	1	99.6
7.86-50	3.4	0.058	1	90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S9E

1s9e

解像度: 2.889→36.721 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.48 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2903	1832	5.81 %
R_work	0.2327	-	-
obs	0.2361	31526	90.08 %
all	-	34385	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.8869 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.889→36.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8019	0	35	18	8072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.82	11254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.57	3155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.889-2.9668	0.4235	107	0.37	1678	X-RAY DIFFRACTION	67
2.9668-3.0541	0.4045	125	0.3377	1983	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0541-3.1526	0.3488	122	0.3029	2097	X-RAY DIFFRACTION	83
3.1526-3.2652	0.3608	135	0.2948	2180	X-RAY DIFFRACTION	87
3.2652-3.3959	0.3562	140	0.2778	2275	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3959-3.5503	0.3256	144	0.295	2348	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5503-3.7373	0.4148	139	0.2977	2179	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7373-3.9712	0.3036	143	0.2445	2386	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9712-4.2774	0.2804	154	0.2089	2506	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2774-4.7071	0.2369	156	0.1902	2504	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7071-5.3864	0.2513	157	0.1951	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3864-6.7793	0.2783	157	0.2416	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7793-36.7239	0.2632	153	0.2038	2479	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3694	0.2508	0.7667	2.031	-0.295	4.2121	-0.0431	-0.7062	0.1807	0.5001	-0.1784	-0.5649	0.0051	0.575	-0.0446	0.5879	0.0365	-0.1643	0.5258	-0.0869	0.308	66.806	1.0164	34.9596
2	3.8719	0.5096	-0.3604	1.6315	-0.2496	1.3582	-0.2403	-1.2641	-1.1007	0.4301	-0.0697	-0.5095	0.128	0.6106	-0.1415	0.4382	0.3004	-0.0528	0.9841	0.0296	0.5966	71.1413	-9.0335	43.5086
3	2.4622	0.4209	-0.9516	2.0884	-0.0666	0.7428	-0.2197	-0.7674	0.0108	0.5817	0.1203	-0.196	0.2791	0.529	-0.1291	0.5202	0.4012	0.0615	0.3677	0.1321	0.361	62.1216	-9.5594	30.2496
4	1.7437	-0.8588	-0.4683	0.4224	0.2229	0.1367	-0.118	-0.0215	-0.922	-0.0589	-0.052	0.1636	0.481	0.2585	-0.2873	0.6766	0.4184	0.3464	0.2962	0.1102	0.6366	58.4323	-26.2153	19.4823
5	4.3844	-0.0972	-0.5184	1.411	-0.494	1.171	-0.0362	-1.2364	-0.3548	0.4401	0.004	0.2102	0.1001	0.1764	-0.4019	0.9443	0.1468	0.3193	0.5529	0.4041	0.6897	34.0083	-21.4999	42.6471
6	1.5745	0.2069	0.3455	0.8941	-0.842	0.9736	-0.2461	-0.4909	-0.6791	0.3479	0.1405	0.1691	0.1923	-0.16	-0.2051	0.7351	0.0665	0.3721	0.1467	0.1608	0.606	23.8151	-20.5362	30.454
7	2.0978	-0.8772	-0.8246	0.6057	0.2276	1.1846	-0.1988	-0.3785	-0.006	-0.0473	0.1891	0.0317	0.1	-0.3451	-0.1599	0.3266	-0.1127	0.2237	0.3478	0.037	0.6369	1.9448	-3.6478	33.2473
8	4.1129	1.5578	0.5188	2.9629	-0.5182	3.5321	-0.418	-0.4079	0.317	0.2004	-0.0195	0.1569	0.3822	0.4226	-0.0149	0.3471	0.0825	0.2035	0.4823	0.0821	0.6011	-1.3592	2.2429	38.0867
9	3.2047	0.398	-0.5295	3.6874	0.5064	2.8658	-0.335	0.308	0.1757	0.0478	0.2041	-0.004	0.2311	-0.0047	0.0502	0.2809	0.0346	0.0397	0.0828	0.0271	0.1618	45.2476	2.1048	11.4982
10	1.1644	-0.1653	0.0206	1.0911	-0.2589	0.9	-0.1172	0.2213	0.5228	0.3308	0.1614	-0.2321	-0.305	-0.0458	0.0957	0.334	-0.003	0.0788	0.0374	0.2016	0.5066	40.2461	14.4922	7.2531
11	2.434	1.3555	-0.9121	0.8417	-0.739	0.9589	-0.1367	0.5817	0.4491	0.1342	0.3507	0.508	0.0474	-0.6113	-0.0101	0.3825	0.0429	-0.0048	0.5745	0.2931	0.6989	7.4999	17.7453	10.8392
12	1.769	-0.3563	-0.4687	1.9547	-0.7866	1.7111	-0.0492	0.1155	0.2714	0.2128	0.2338	0.2019	-0.1487	-0.455	0.1451	0.2999	0.0594	0.1244	-0.0028	0.0879	0.4698	19.5473	10.8	16.5811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:27 )	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 28:83 )	A	28 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 84:172 )	A	84 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 173:222 )	A	173 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 223:296 )	A	223 - 296
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 297:382 )	A	297 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 383:499 )	A	383 - 499
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 500:552 )	A	500 - 552
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 1:71 )	B	1 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 72:194 )	B	72 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 195:312 )	B	195 - 312
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 313:427 )	B	313 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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