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- PDB-4o2z: Crystal Structure of MPK3 from Leishmania donovani, LdBPK_100540 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o2z
タイトルCrystal Structure of MPK3 from Leishmania donovani, LdBPK_100540 in the presence of NVP-BBT594
要素Mitogen-activated protein kinase 3, putative
キーワードTRANSFERASE / neglected disease / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-046 / Mitogen-activated protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Mangos, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of MPK3 from Leishmania donovani, LdBPK_100540 in the presence of NVP-BBT594
著者: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Mangos, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 3, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7902
ポリマ－43,2201
非ポリマー5701
水1448
1
A: Mitogen-activated protein kinase 3, putative
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase 3, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5804
ポリマ－86,4412
非ポリマー1,1392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.141, 87.141, 295.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 3, putative


分子量: 43220.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_100540 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pACYC LamP / 参照: UniProt: E9BA99
#2: 化合物 ChemComp-046 / 5-{[6-(acetylamino)pyrimidin-4-yl]oxy}-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-2,3-dihydro-1H-indole-1-carboxamide


分子量: 569.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30F3N7O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Citrate, 0.5 M Ammonium Sulfate, 1.0 M Lithium Sulfate, 1 mM NVP-BBT594, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→49.18 Å / Num. all: 16069 / Num. obs: 16037 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 100.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.71-2.8410.21.520845205299.1
8.98-49.187.972.9397050497.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.14データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SBC-Collectデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ffas03 all atom model of 3gcp

3gcp


解像度: 2.71→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9152 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9035 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.515 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 803 5.02 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
obs0.2416 15989 99.87 %-
all-16009 --
原子変位パラメータBiso max: 215.38 Å2 / Biso mean: 103.6868 Å2 / Biso min: 71.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.0933 Å20 Å20 Å2
2---15.0933 Å20 Å2
3---30.1865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.586 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2813 0 41 8 2862
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d964SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes452HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2933HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion377SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3212SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2933HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4009HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.89
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.9 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 133 4.69 %
Rwork0.2672 2701 -
all0.2675 2834 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.8651 Å / Origin y: -12.5208 Å / Origin z: -23.4539 Å
111213212223313233
T-0.1245 Å20.1876 Å2-0.0819 Å2--0.0764 Å2-0.045 Å2---0.2036 Å2
L2.0496 °2-0.2943 °2-0.7017 °2-1.6619 °20.5002 °2--2.8963 °2
S-0.3797 Å °-0.1202 Å °-0.1071 Å °0.0379 Å °0.4033 Å °-0.1506 Å °-0.0854 Å °0.0351 Å °-0.0237 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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