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- PDB-4o2f: A peptide complexed with HLA-B*3901 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o2f
タイトルA peptide complexed with HLA-B*3901
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
  • Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA strand annealing activity / NLRP3 inflammasome complex / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production ...positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA strand annealing activity / NLRP3 inflammasome complex / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA secondary structure unwinding / gamete generation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / gamma-tubulin binding / cellular response to osmotic stress / P granule / regulation of T cell anergy / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / : / transcription factor binding / cell leading edge / lipid homeostasis / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / detection of bacterium / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / signaling adaptor activity / stress granule assembly / positive regulation of protein autophosphorylation / translation initiation factor binding / DNA helicase activity / positive regulation of interferon-beta production / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / : / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of translation / chromosome segregation / cellular response to iron ion / translational initiation / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / response to virus / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / negative regulation of cell growth / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / cellular response to virus / MHC class I protein complex / mRNA 5'-UTR binding / Wnt signaling pathway / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / cytoplasmic stress granule / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DDX3X / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: N alpha-terminal acetylation for T cell recognition: molecular basis of MHC class I-restricted n alpha-acetylpeptide presentation
著者: Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6326
ポリマ－88,6326
非ポリマー00
水15,889882
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3163
ポリマ－44,3163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3163
ポリマ－44,3163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.369, 95.918, 122.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain / MHC class I antigen B*39


分子量: 31714.873 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30475, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X / DEAD box protein 3 / X-chromosomal / DEAD box / X isoform / Helicase-like protein 2 / HLP2


分子量: 852.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00571
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 68094 / Num. obs: 68094 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.04 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BST

2bst


解像度: 1.901→29.604 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8701 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 3445 5.06 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1868 68094 92.58 %-
all-68094 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.692 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.9 Å2 / Biso mean: 24.6309 Å2 / Biso min: 6.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2927 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.6656 Å20 Å2
3----0.6271 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→29.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6251 0 0 882 7133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5028722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8142373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031155
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9007-1.92680.27281050.22122217232280
1.9268-1.95430.23211320.21682415254787
1.9543-1.98350.25251520.20722400255289
1.9835-2.01450.23381340.20452491262590
2.0145-2.04750.21921470.19422506265391
2.0475-2.08280.22571330.18872548268192
2.0828-2.12060.2411270.19212564269193
2.1206-2.16140.18931410.18912573271493
2.1614-2.20550.21711270.19242593272093
2.2055-2.25350.23451330.19652599273294
2.2535-2.30590.24041390.19082595273494
2.3059-2.36350.23191590.19572564272393
2.3635-2.42740.20431410.20232619276094
2.4274-2.49880.26641200.20452628274895
2.4988-2.57940.21821550.20462636279195
2.5794-2.67150.25211180.20262652277095
2.6715-2.77840.241490.21412637278695
2.7784-2.90470.26861410.20882666280795
2.9047-3.05770.22331380.19872665280395
3.0577-3.24910.22781350.18482690282595
3.2491-3.49960.17131510.17662654280595
3.4996-3.85110.20271320.15962708284095
3.8511-4.40680.17471370.15112685282294
4.4068-5.54610.15851440.14732688283294
5.5461-29.60730.21521550.19572656281189
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28010.29340.20290.61610.20070.2834-0.0177-0.15960.03630.09270.00610.00160.0539-0.0015-0.00480.1071-0.0085-0.02280.09870.01260.060721.5068-18.2164-8.7445
20.6916-0.0186-0.3720.6950.03581.46510.05640.09170.0959-0.0519-0.04450.011-0.1669-0.0144-0.00140.1157-0.00080.00020.10540.01380.130333.4145-5.0319-39.066
30.540.1765-0.03070.2426-0.06660.2626-0.1991-0.04130.0266-0.08760.0865-0.0152-0.0717-0.07070.03410.13870.0164-0.01240.1309-0.0150.100121.2097-21.0509-33.1088
40.2584-0.1128-0.12110.27120.1350.3513-0.06280.1090.0858-0.05720.1-0.10390.05320.01880.00270.133-0.02510.01650.1342-0.02370.116236.5786-22.3467-35.458
51.307-0.2288-0.81490.05660.06941.1911-0.1251-0.0629-0.31850.10210.00540.05070.2337-0.0570.08980.1341-0.002-0.00160.10070.00580.15523.3251-30.2266-31.0968
60.8182-0.0062-0.9010.25440.18121.2402-0.33730.1472-0.3762-0.0179-0.0077-0.02360.3051-0.22660.1670.2315-0.00070.01750.1729-0.07280.190631.9193-36.9146-39.6631
70.0515-0.01820.15740.0825-0.22920.91890.1745-0.1162-0.51340.1996-0.28750.11520.31170.18140.07720.1970.02420.01720.1257-0.00960.230434.2074-33.482-28.3546
80.53510.0634-0.32910.39450.08260.4190.008-0.06130.0936-0.01950.0229-0.1141-0.04620.0421-0.00420.1132-0.0093-0.010.08180.0090.086327.4499-22.2791-25.9346
90.4447-0.38240.19081.0542-0.30540.88660.1730.4387-0.121-0.41550.1708-0.06010.138-0.0733-0.14710.2936-0.04790.03550.4252-0.0380.23739.4145-29.6517-47.804
101.0221-0.6358-0.81730.45440.36920.65450.13450.42080.00670.0404-0.17990.02090.1929-0.32580.01930.0605-0.066-0.04240.1305-0.09740.158920.2065-30.1683-36.7549
110.3611-0.3344-0.3160.63740.30610.30030.0360.19240.0557-0.485-0.1295-0.055-0.3689-0.12170.03350.2872-0.0186-0.00770.208-0.0180.142230.4509-22.729-43.6202
121.3388-0.0184-0.15260.136-0.1860.70640.0140.00690.0433-0.0489-0.0187-0.05580.00190.0298-0.00060.08150.00250.01750.05160.00140.086564.3306-6.9217-55.5844
131.2226-0.29010.09780.583-0.2470.510.09860.1736-0.1793-0.2229-0.04520.0360.1296-0.022-0.01080.17840.00420.01630.1147-0.02870.123359.901-15.9486-64.6069
141.1643-0.32880.68540.4079-0.35331.12760.0839-0.2048-0.1497-0.07580.0370.05930.2889-0.1210.01790.1481-0.0102-0.00440.13310.05770.128871.963-29.1273-29.8211
150.3309-0.21440.24190.4326-0.06420.1643-0.15090.04160.08140.06970.0515-0.03120.0567-0.2274-0.03320.0719-0.0440.01450.1910.02090.0858.782-13.0737-34.6253
160.14930.31740.13270.3654-0.050.53940.03050.0348-0.13940.03340.0223-0.09310.01560.105-0.02910.11010.01370.00220.16170.00510.142373.3185-10.6501-29.5973
170.49910.1222-0.00320.35760.31340.6474-0.1307-0.04010.1713-0.08830.02140.0415-0.3712-0.31330.06370.14270.0487-0.02590.18760.00690.140159.848-3.3963-34.2338
180.1351-0.12460.1070.239-0.16820.1514-0.1023-0.06830.13210.05890.23490.0104-0.1688-0.0613-0.08710.2720.08160.01060.2811-0.05560.218666.20282.0847-23.2955
190.9542-0.3503-0.84020.15440.35570.86230.2468-0.08750.70510.17310.0742-0.0648-0.61790.0899-0.15980.34870.0099-0.0020.1517-0.02880.267870.45031.228-34.6258
200.64040.1210.65570.83230.190.71750.0583-0.0983-0.1894-0.01330.0062-0.2374-0.0399-0.0847-0.02370.0990.00470.01260.11260.01470.128465.5507-9.612-40.2986
210.696-0.2507-0.15640.48180.14741.04760.013-0.55390.11060.03310.0054-0.03060.0311-0.5726-0.00380.13910.07-0.01660.2747-0.02510.140161.7336-5.4143-24.8774
220.6984-0.00140.12630.64840.08430.06640.1463-0.3722-0.14250.118-0.0722-0.20960.1905-0.4388-0.02850.12210.007-0.01780.2850.02670.118366.1162-12.7769-22.4251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:174)A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 175:274)A175 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 1:11)B1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 12:30)B12 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 31:41)B31 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 42:46)B42 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 47:51)B47 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 52:71)B52 - 71
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 72:77)B72 - 77
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 78:90)B78 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 91:99)B91 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESSEQ 1:118)D1 - 118
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN D AND (RESSEQ 119:174)D119 - 174
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN D AND (RESSEQ 175:274)D175 - 274
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESSEQ 1:11)E1 - 11
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND (RESSEQ 12:30)E12 - 30
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN E AND (RESSEQ 31:41)E31 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN E AND (RESSEQ 42:46)E42 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN E AND (RESSEQ 47:51)E47 - 51
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESSEQ 52:71)E52 - 71
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESSEQ 72:90)E72 - 90
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESSEQ 91:99)E91 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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