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- PDB-4o26: Crystal structure of the TRBD domain of TERT and the CR4/5 of TR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o26
タイトルCrystal structure of the TRBD domain of TERT and the CR4/5 of TR
要素
  • Telomerase TR
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / telomerase / telomerase RNA / protein-RNA interaction / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand elongation / telomerase catalytic core complex / : / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Huang, J. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for protein-RNA recognition in telomerase.
著者: Huang, J. / Brown, A.F. / Wu, J. / Xue, J. / Bley, C.J. / Rand, D.P. / Wu, L. / Zhang, R. / Chen, J.J. / Lei, M.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase
E: Telomerase TR
F: Telomerase TR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,84416
ポリマ－92,6924
非ポリマー1,15312
水55831
1
A: Telomerase reverse transcriptase
E: Telomerase TR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,11410
ポリマ－46,3462
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
2
B: Telomerase reverse transcriptase
F: Telomerase TR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7306
ポリマ－46,3462
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.092, 118.092, 358.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-711-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / TERT


分子量: 29989.141 Da / 分子数: 2 / 断片: TRBD (UNP residues 318-572) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryzias latipes (ヒメダカ) / 遺伝子: TERT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ScarabXpress T7lac / 参照: UniProt: Q1PS67
#2: RNA鎖 Telomerase TR


分子量: 16356.654 Da / 分子数: 2 / 断片: CR4/5 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Oryzias latipes (ヒメダカ)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 1 M ammonium sulfate, 0.3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 30608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.9 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.118.40.56829981.021100
3.11-3.238.50.4129461.0951100
3.23-3.388.40.28730101.1711100
3.38-3.568.40.20529951.4631100
3.56-3.788.30.15530101.7881100
3.78-4.078.30.11630342.0971100
4.07-4.488.30.08630472.2821100
4.48-5.138.10.07830822.673199.9
5.13-6.467.90.07131282.7031100
6.46-1007.20.04933582.781198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.001→41.971 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1536 5.03 %
Rwork0.2209 --
obs0.2229 30523 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 337.82 Å2 / Biso mean: 101.1978 Å2 / Biso min: 25.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→41.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3849 2000 60 31 5940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0188826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.012603
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.001-3.09830.2961130.252725832696100
3.0983-3.2090.30021590.252225312690100
3.209-3.33750.25471330.215225812714100
3.3375-3.48930.27581420.210625912733100
3.4893-3.67310.25731480.199325812729100
3.6731-3.90310.23771560.194325822738100
3.9031-4.20420.22931460.1826252771100
4.2042-4.62680.20341260.177226242750100
4.6268-5.29520.22911180.210826822800100
5.2952-6.66710.3361360.2727252861100
6.6671-41.97480.27951590.24952882304199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.235-0.2607-0.05790.28710.14130.1440.08810.0885-0.0525-0.1242-0.1015-0.05-0.09-0.0327-0.01650.15860.7635-0.0995-0.2370.00670.282813.08666.366345.3591
20.25230.1952-0.12890.5933-0.14940.4334-0.0741-0.0499-0.0898-0.14380.26090.112-0.0556-0.33160.00660.45290.063-0.02580.34030.01910.400316.556231.839730.0152
30.18390.12720.01010.1047-0.00880.3242-0.05820.21790.2368-0.06450.1432-0.0658-0.3118-0.3015-0.02780.85250.349-0.40430.7703-0.1990.9446-16.357967.319428.3552
40.0569-0.07180.02530.05-0.01730.0818-0.06860.2064-0.0997-0.361-0.1389-0.15430.00320.4547-01.62870.12380.12671.2883-0.28351.461138.352518.24414.3657
50.2259-0.02750.11710.013-0.0410.27550.08890.00290.13350.21550.2007-0.08610.16090.12410.13260.65620.190.10120.4502-0.0970.512514.559458.713851.0899
60.0029-0.0415-0.01460.03460.03140.0039-0.01250.0021-0.0342-0.0636-0.0111-0.03530.01220.0162-0.01680.30510.11260.04530.2569-0.02390.152314.218855.943245.1073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 316 through 572)A316 - 572
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 317 through 564)B317 - 564
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 170 through 220)E170 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 170 through 220)F170 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 601 through 608) or chain 'B' and (resid 601 through 604)A601 - 608
6X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 601 through 608) or chain 'B' and (resid 601 through 604)B601 - 604
7X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 701 through 721) or chain 'B' and (resid 701 through 708) or chain 'E' and (resid 301 through 302)A701 - 721
8X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 701 through 721) or chain 'B' and (resid 701 through 708) or chain 'E' and (resid 301 through 302)B701 - 708
9X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 701 through 721) or chain 'B' and (resid 701 through 708) or chain 'E' and (resid 301 through 302)E301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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