PDB-4o1j: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o1j

タイトル

Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora.

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / Carbon dioxide / Inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sordaria macrospora (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.695 Å

データ登録者

Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora.
著者: Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S.

履歴

登録	2013年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.4	2019年9月4日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o1j.cif.gz	166.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o1j.ent.gz	131 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o1j_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o1j_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	4o1j_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	4o1j_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o1kC 1ddzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o2s-d 4k2s-1 3qke-3 6ns2-1 3p93-4 3qke-2 2r9e-2 4kpl-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.080, 80.720, 82.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-429- HOH
2	1	B-405- HOH
3	1	B-425- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid B	B	0

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 分子量: 27414.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria macrospora (菌類) / 株: ATCC MYA-333 / DSM 997 / K(L3346) / K-hell / 遺伝子: cas1, SMAC_03420 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: C1L335, UniProt: F7VW42*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M succinic acid, 15 % PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.69→36.24 Å / Num. all: 13277 / Num. obs: 13277 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 8.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.69-2.8		0.712	2.34	4718	1344	99.7
2.8-2.89		0.575	2.79	4168	1185	99.9
2.89-3.1		0.449	3.47	6711	1914	99.5
3.1-3.71		0.231	6.18	12857	3672	99.1
3.71-4.03		0.135	10.34	3764	1081	99.4
4.03-4.34		0.103	12.77	2796	808	98.9
4.34-4.64		0.095	13.03	2107	607	98.5
4.64-14		0.076	15.84	8683	2569	97.4
14-17		0.028	34.51	134	43	89.6
17-50		0.022	34.05	147	54	75
	50

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1DDZ

1ddz

解像度: 2.695→36.24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	664	5.01 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2064	13249	98.79 %	-
all	-	13277	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.76 Å² / B_iso mean: 40.131 Å² / B_iso min: 14.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.695→36.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2983	0	3	160	3146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3047
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	4140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.781	1084

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1770	X-RAY DIFFRACTION	6.111	TORSIONAL
1	2	B	1770	X-RAY DIFFRACTION	6.111	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.695-2.903	0.3137	131	0.2688	2471	2602	100
2.903-3.195	0.3428	131	0.2507	2492	2623	99
3.195-3.6569	0.3143	132	0.222	2502	2634	99
3.6569-4.6059	0.2015	133	0.165	2526	2659	99
4.6059-36.2447	0.1809	137	0.171	2594	2731	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3891	-0.1568	-0.0312	0.2127	-0.0235	0.1641	0.411	0.1562	0.5283	0.2201	-0.2208	0.0652	-0.0735	0.2609	0.01	0.2925	-0.0744	-0.0495	0.3382	-0.0242	0.3426	10.4308	-6.1472	-23.3463
2	-0.0059	0.0546	0.0482	0.0721	-0.228	0.2181	-0.0643	-0.1421	-0.008	0.04	0.0162	0.0731	-0.0118	0.0459	0	0.2122	-0.0133	0.0011	0.2116	0.0263	0.2015	-5.7375	-0.8179	-37.4999
3	0.0392	-0.0366	-0.0128	0.087	-0.0147	0.0171	0.0618	0.1182	0.4244	0.1354	0.1845	-0.1395	-0.1449	0.0008	0.0006	0.2438	-0.0665	0.0804	0.3409	0.0884	0.341	6.9014	17.4303	-53.1874
4	0.1687	-0.0179	-0.0948	0.2597	0.0471	0.1428	0.3682	-0.1722	-0.1611	-0.3222	-0.2662	-0.0702	-0.2729	0.1593	-0.0032	0.3768	0.0125	-0.0418	0.2601	-0.0005	0.2683	-4.6735	20.4847	-49.9511
5	0.245	-0.1796	0.1463	0.4082	-0.0745	0.3368	-0.0319	-0.0058	-0.0229	-0.0131	0.1802	0.1329	-0.1232	-0.0708	-0.0001	0.2048	0.0376	-0.0238	0.1993	-0.0097	0.2578	-13.423	9.4131	-40.923
6	0.1042	-0.0069	-0.0729	0.002	0.0269	0.0918	-0.3575	0.3056	0.0789	0.1233	0.5174	0.1833	-0.058	-0.2796	0.0012	0.5768	-0.1174	0.0233	0.4297	-0.0148	0.3477	6.4377	-9.8129	-90.1032
7	-0.0173	-0.0528	-0.0078	0.2987	-0.1755	0.2192	0.0106	0.0413	0.1097	-0.0202	0.1046	0.0457	0.1353	0.0026	-0.0001	0.2965	-0.0621	0.0195	0.3029	-0.0114	0.2117	2.4769	6.2923	-75.9135
8	0.1125	0.0561	0.1486	0.0952	0.0359	0.2242	0.1121	-0.144	0.018	0.3507	-0.2434	0.1341	0.2372	-0.3116	-0.0193	0.1901	-0.0588	-0.019	0.3258	-0.0399	0.2707	-19.5042	1.7499	-63.5939
9	0.284	0.0078	-0.1737	0.1843	-0.2009	0.385	0.0051	-0.0574	0.3443	0.0001	-0.0092	0.1092	-0.2306	-0.0928	0.0003	0.2326	0.0245	-0.0122	0.2426	0.0364	0.32	-8.6552	13.4457	-69.7968
10	0.8685	0.1257	0.2807	0.1095	-0.1157	0.3293	-0.174	-0.211	0.7783	-0.0501	0.2462	-0.3868	-0.4646	-0.468	0.0324	0.3225	0.1398	-0.051	0.4473	-0.0291	0.432	-12.3342	13.0212	-79.7323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 24 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 111 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 119 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 143 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 144 through 200 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 24 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 101 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 102 through 143 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 144 through 186 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 187 through 200 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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