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- PDB-4o1h: Crystal Structure of the regulatory domain of AmeGlnR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1h
タイトルCrystal Structure of the regulatory domain of AmeGlnR
要素Transcription regulator GlnR
キーワードTranscription regulator / Homodimeric receiver domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator GlnR, N-terminal domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Transcription regulator GlnR, N-terminal domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator GlnR
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lin, W. / Wang, C. / Zhang, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Atypical OmpR/PhoB Subfamily Response Regulator GlnR of Actinomycetes Functions as a Homodimer, Stabilized by the Unphosphorylated Conserved Asp-focused Charge Interactions
著者: Lin, W. / Wang, Y. / Han, X. / Zhang, Z. / Wang, C. / Wang, J. / Yang, H. / Lu, Y. / Jiang, W. / Zhao, G.P. / Zhang, P.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulator GlnR
B: Transcription regulator GlnR
C: Transcription regulator GlnR
D: Transcription regulator GlnR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7214
ポリマ－59,7214
非ポリマー00
水48627
1
A: Transcription regulator GlnR
B: Transcription regulator GlnR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8602
ポリマ－29,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
2
C: Transcription regulator GlnR
D: Transcription regulator GlnR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8602
ポリマ－29,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.129, 93.129, 308.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質
Transcription regulator GlnR


分子量: 14930.232 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-119 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
遺伝子: GlnR / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GD11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 % / Mosaicity: 0.453 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 20% MPD, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 41.3 % / 数: 698895 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 2.52 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16902 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
33.1110010.6311.20842.8
3.113.2310010.471.28543
3.233.3810010.361.36742.6
3.383.5610010.2551.62642.6
3.563.7810010.2031.74142.4
3.784.0710010.162.01642
4.074.4810010.1413.18641.7
4.485.1310010.1364.44641
5.136.4610010.1213.2839.1
6.465099.710.0725.08937.1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20511 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.207 / Net I/av σ(I): 19.143 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.99.90.62119860.977100
2.9-3.029.90.43219891.026100
3.02-3.159.90.31319841.049100
3.15-3.329.90.22420201.072100
3.32-3.539.80.15520051.147100
3.53-3.89.80.12420221.145100
3.8-4.189.60.1120471.312100
4.18-4.799.50.11320611.53599.9
4.79-6.039.30.10821151.552100
6.03-508.50.06822821.26798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.679 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 1039 5.1 %RANDOM
Rwork0.2209 ---
obs0.2232 19390 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 240.62 Å2 / Biso mean: 55.215 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.34 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 0 27 3391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.932.0174612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37922.762105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.16415506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7871532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.77533376
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.466519
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.91753354
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 72 -
Rwork0.333 1376 -
all-1448 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2989-0.1903-1.1441.87790.39431.0734-0.0791-0.01310.0469-0.04940.02740.00780.05350.00870.05170.02380.0177-0.03620.03820.00730.1753-13.7637-50.9993-15.543
20.07030.0336-0.26111.4278-0.46481.11370.01880.00430.00740.00220.0132-0.1383-0.03580.0076-0.0320.0336-0.00040.02950.0246-0.0060.1394-27.7667-30.058-15.489
30.2344-0.27820.57750.6654-0.33062.1388-0.0897-0.0651-0.01340.05880.1087-0.0383-0.1491-0.2211-0.0190.0506-0.00020.01920.08880.0120.1438-4.4817-25.250210.583
40.2015-0.3934-0.12490.8869-0.15581.64010.03030.0433-0.034-0.0107-0.06030.0409-0.12430.0330.030.0296-0.006500.084-0.02430.12529.0281-24.5857-10.5236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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