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万見
- PDB-4o0i: Crystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o0i
タイトルCrystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stearothermophilus with 2'-MeSe-arabino-guanosine derivatized DNA
要素
  • 5'-D(*C*(1TW)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
  • DNA polymerase I
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Jiang, S. / Gan, J. / Sun, H. / Huang, Z.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stearothermophilus with 2'-MeSe-arabino-guanosine derivatized DNA
著者: Jiang, S. / Gan, J. / Sun, H. / Huang, Z.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: 5'-D(*C*(1TW)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*C*(1TW)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,41612
ポリマ－73,7023
非ポリマー7149
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.770, 93.967, 106.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 66188.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DPO1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9N168, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 5'-D(*C*(1TW)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3756.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 2'-MeSe-arabino-guanosine derivatized DNA

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非ポリマー , 4種, 247分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.203→70.328 Å / Num. all: 44457 / Num. obs: 42234 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.203-2.284.10.3734430.724177.9
2.28-2.374.40.33937850.738187.1
2.37-2.484.70.28541280.752194
2.48-2.615.10.2542630.857197.4
2.61-2.775.30.20543250.969198.1
2.77-2.995.60.15743341.22198.4
2.99-3.2960.12243881.256199
3.29-3.766.40.09144241.093199.2
3.76-4.736.60.06544931.174199.5
4.73-306.70.03846511.12199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DWI

4dwi


解像度: 2.203→30.039 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.805 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2276 2125 5.04 %RANDOM
Rwork0.1763 ---
obs0.1789 42200 94.81 %-
all-44510 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.67 Å2 / Biso mean: 48.839 Å2 / Biso min: 20.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→30.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4655 449 38 238 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2587228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1142070
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.203-2.25420.4039970.27492058215573
2.2542-2.31060.29651110.25082279239082
2.3106-2.3730.26871270.24712463259088
2.373-2.44280.31451260.22742583270993
2.4428-2.52160.2651400.22142702284297
2.5216-2.61170.29661510.21392706285797
2.6117-2.71620.28621430.20932720286398
2.7162-2.83980.27081630.20322736289998
2.8398-2.98930.29241400.20192777291799
2.9893-3.17640.27351560.19462759291599
3.1764-3.42140.24451420.16742800294299
3.4214-3.76510.19261490.15792823297299
3.7651-4.30860.17861720.143528172989100
4.3086-5.42310.17341500.13382861301199
5.4231-30.04210.19451580.160829913149100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0942-0.2986-0.40771.7712-0.08431.7185-0.0316-0.1641-0.11050.21090.0310.0070.16170.05130.00140.3660.02530.04170.26370.00230.2513-9.982-21.196247.1959
21.0014-0.31110.03961.0180.8192.0031-0.0441-0.33130.3579-0.0868-0.0643-0.0094-0.0997-0.40350.14230.387-0.05490.05920.15350.06950.2424-23.8005-2.880127.8402
30.83790.4151.99331.7781.12283.99020.04130.0634-0.004-0.51470.06940.0208-0.0625-0.1289-0.0580.551-0.07910.05590.3525-0.01910.3576-35.7461-9.317512.762
41.28260.2386-0.65461.193-0.22941.59190.11370.01960.135-0.061-0.05160.225-0.0931-0.0902-0.00940.3599-0.01430.00530.224-0.03040.3044-12.60360.377522.2772
55.7340.47061.10593.3969-1.11543.98610.52670.3709-0.7164-0.5306-0.10970.44540.2820.0151-0.41840.56380.0786-0.15940.3688-0.07020.4183-8.3382-2.2487-0.2624
61.2404-0.7828-0.81722.44560.95341.60220.07060.0065-0.0246-0.1696-0.05780.0499-0.01420.0673-0.02750.3097-0.0022-0.01630.22670.01440.2206-4.5301-3.566322.5212
72.94541.1985-0.66483.8422-1.23372.46970.0789-0.5828-0.1476-0.6443-0.0842-0.54150.74460.03420.10680.78940.0208-0.02540.66270.03130.683-26.8979-15.787318.4765
85.7529-0.58371.25772.92250.83292.56760.4662-0.0541-0.6276-0.1744-0.21610.15871.0866-0.1835-0.18020.9895-0.1044-0.00270.57780.05030.6022-28.4422-17.443820.411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 297 through 467 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 468 through 521 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 522 through 604 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 605 through 676 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 677 through 743 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 744 through 876 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 14 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 14 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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