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- PDB-4nzz: Crystal structure of epoxide hydrolase from bacillus megaterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzz
タイトルCrystal structure of epoxide hydrolase from bacillus megaterium
要素Soluble epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / A/B HYDROLASE FOLD / EPOXIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kong, X.D. / Zhou, J.H. / Xu, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Engineering of an epoxide hydrolase for efficient bioresolution of bulky pharmaco substrates.
著者: Kong, X.D. / Yuan, S. / Li, L. / Chen, S. / Xu, J.H. / Zhou, J.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble epoxide hydrolase
B: Soluble epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1772
ポリマ－74,1772
非ポリマー00
水7,458414
1
A: Soluble epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0891
ポリマ－37,0891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soluble epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0891
ポリマ－37,0891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.231, 76.006, 120.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Soluble epoxide hydrolase


分子量: 37088.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ECU1001 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: G9BEX6, pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.5M LICL, 0.1M TRIS-HCL, 28% PEG 6000, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.749→64.333 Å / Num. obs: 59760 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7_637)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→35.58 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 2918 5.05 %
Rwork0.186 --
obs0.188 57830 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.57 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2599 Å20 Å2-0 Å2
2--9.258 Å20 Å2
3----5.998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4748 0 0 414 5162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9956804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3551862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.77870.38741110.32742112X-RAY DIFFRACTION77
1.7787-1.80940.37161320.30512201X-RAY DIFFRACTION84
1.8094-1.84230.38551260.26742388X-RAY DIFFRACTION88
1.8423-1.87770.31321160.24172470X-RAY DIFFRACTION91
1.8777-1.91610.27531400.22072488X-RAY DIFFRACTION93
1.9161-1.95770.24071480.22342587X-RAY DIFFRACTION95
1.9577-2.00330.26421400.22542567X-RAY DIFFRACTION96
2.0033-2.05340.27771300.22442618X-RAY DIFFRACTION97
2.0534-2.10890.26031330.21342655X-RAY DIFFRACTION97
2.1089-2.17090.28731430.2052666X-RAY DIFFRACTION98
2.1709-2.2410.25391480.20732661X-RAY DIFFRACTION99
2.241-2.3210.2711270.20312705X-RAY DIFFRACTION99
2.321-2.4140.25121360.20292692X-RAY DIFFRACTION99
2.414-2.52380.26541470.19862727X-RAY DIFFRACTION99
2.5238-2.65680.22851630.19722682X-RAY DIFFRACTION100
2.6568-2.82320.25291670.19892715X-RAY DIFFRACTION100
2.8232-3.04110.24711560.20162747X-RAY DIFFRACTION100
3.0411-3.34690.22571470.19892738X-RAY DIFFRACTION100
3.3469-3.83070.2181410.16532775X-RAY DIFFRACTION100
3.8307-4.82440.15971380.13442804X-RAY DIFFRACTION100
4.8244-35.59090.18961290.15152914X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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