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- PDB-4nzh: A. fumigatus flavin-dependent ornithine monooxygenase R279A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzh
タイトルA. fumigatus flavin-dependent ornithine monooxygenase R279A mutant
要素L-ornithine N5 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-ornithine / L-ornithine N(5)-monooxygenase / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Robinson, R. / Franceschini, S. / Sobrado, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A. fumigatus flavin-dependent ornithine monooxygenase R279A mutant
著者: Robinson, R. / Franceschini, S. / Sobrado, P.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N5 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1607
ポリマ－56,8741
非ポリマー1,2866
水3,675204
1
A: L-ornithine N5 monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-ornithine N5 monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-ornithine N5 monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-ornithine N5 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,63928
ポリマ－227,4944
非ポリマー5,14424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area21720 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area71890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.905, 84.083, 144.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-803-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-ornithine N5 monooxygenase / L-ornithine N5-oxygenase


分子量: 56873.562 Da / 分子数: 1 / 変異: R279A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: sidA / プラスミド: pET15a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SE95, UniProt: E9QYP0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 2% dioxane, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 32887 / Num. obs: 32825 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.093

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0119精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.964 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24262 1681 5.2 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.20812 30804 98.53 %-
all-32887 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 86 204 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.9815015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8185457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97723.515165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81215606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7661529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5031.6141807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9132.4092255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4761.711880
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.20514.395657
LS精密化 シェル解像度: 1.992→2.043 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 119 -
Rwork0.267 2126 -
obs--93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.88180.45671.82670.89320.36961.1893-0.0358-0.0760.1410.07750.0119-0.0779-0.06350.04060.02380.1668-0.00630.01730.0198-0.01440.2305-20.255-30.33930.515
21.60860.76661.43071.67030.75743.1151-0.00620.07740.09260.0831-0.0148-0.1975-0.28130.18830.0210.2774-0.02550.03260.01440.02020.2961-20.725-19.151-2.725
33.16472.42283.97471.86723.04094.9943-0.08340.3761-0.0233-0.04830.1966-0.0244-0.03650.4824-0.11320.28810.03480.0840.1674-0.05070.4713-14.787-44.55414.462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 213
2X-RAY DIFFRACTION1A408 - 455
3X-RAY DIFFRACTION1A464 - 489
4X-RAY DIFFRACTION2A214 - 284
5X-RAY DIFFRACTION2A324 - 407
6X-RAY DIFFRACTION3A287 - 323
7X-RAY DIFFRACTION3A457 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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