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- PDB-4nyy: Structure of Vibrio cholerae chitin de-N-acetylase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nyy
タイトルStructure of Vibrio cholerae chitin de-N-acetylase in complex with acetate ion (ACT) in P 2 21 21
要素Deacetylase DA1
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)7 / carbohydrate esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #90 / Glycoside hydrolase/deacetylase / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Ribbon / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Andres, E. / Biarnes, X. / Planas, A. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of chitin oligosaccharide deacetylation.
著者: Andres, E. / Albesa-Jove, D. / Biarnes, X. / Moerschbacher, B.M. / Guerin, M.E. / Planas, A.
履歴
登録2013年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deacetylase DA1
B: Deacetylase DA1
C: Deacetylase DA1
D: Deacetylase DA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,59621
ポリマ－187,6964
非ポリマー90017
水9,548530
1
A: Deacetylase DA1
B: Deacetylase DA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,39112
ポリマ－93,8482
非ポリマー54310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area30800 Å2
手法PISA
2
C: Deacetylase DA1
D: Deacetylase DA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2059
ポリマ－93,8482
非ポリマー3577
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area31020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.170, 165.010, 203.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Deacetylase DA1


分子量: 46923.922 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 23-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: deaA, VCNHCC010F_001593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M7M1G8, chitin deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 547分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 1.4M Na(OAc), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月2日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→49.151 Å / Num. all: 63835 / Num. obs: 63010 / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 43.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.08
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 4450 / % possible all: 96.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NY2

4ny2


解像度: 2.65→49.15 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 3148 5 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
all0.2028 62937 --
obs0.2028 62937 98.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12633 0 44 530 13207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77818107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9384659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421944
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.69140.36321320.3319254893
2.6914-2.73560.33781400.29912673100
2.7356-2.78270.31751430.2887269799
2.7827-2.83330.28481400.26822686100
2.8333-2.88780.30131420.2554268999
2.8878-2.94680.28971430.26372720100
2.9468-3.01080.31831420.26522693100
3.0108-3.08090.2851420.2493272199
3.0809-3.15790.24711400.24162703100
3.1579-3.24330.2721430.2451270899
3.2433-3.33870.29111420.238269599
3.3387-3.44640.29321430.2129270099
3.4464-3.56950.2431440.2067271499
3.5695-3.71240.22671410.1957269099
3.7124-3.88130.22321430.1862273299
3.8813-4.08590.191420.1713271999
4.0859-4.34170.16851440.1653272999
4.3417-4.67670.15931450.1444270698
4.6767-5.14690.16741450.1529276199
5.1469-5.89060.19251490.1668280499
5.8906-7.41740.20221470.1752279599
7.4174-49.15960.19821560.1878290697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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