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- PDB-4nyq: In-vivo crystallisation (midguts of a viviparous cockroach) and s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nyq
タイトルIn-vivo crystallisation (midguts of a viviparous cockroach) and structure at 1.2 A resolution of a glycosylated, lipid-binding, lipocalin-like protein
要素Milk protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / In-vivo crystallization / cockroach / SAD phasing / lipocalin / Lipocalin fold / Fatty acid binding protein
機能・相同性Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / LINOLEIC ACID / OLEIC ACID / Milk protein
機能・相同性情報
生物種Diploptera punctata (ゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Coussens, N.P. / Gallat, F.-X. / Ramaswamy, S. / Yagi, K. / Tobe, S.S. / Stay, B. / Chavas, L.M.G.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2016
タイトル: Structure of a heterogeneous, glycosylated, lipid-bound, in vivo-grown protein crystal at atomic resolution from the viviparous cockroach Diploptera punctata.
著者: Banerjee, S. / Coussens, N.P. / Gallat, F.X. / Sathyanarayanan, N. / Srikanth, J. / Yagi, K.J. / Gray, J.S. / Tobe, S.S. / Stay, B. / Chavas, L.M. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2013年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Milk protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7288
ポリマ－18,7491
非ポリマー1,9797
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.333, 33.280, 40.136
Angle α, β, γ (deg.)99.07, 100.17, 103.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Milk protein / Lili-Mip


分子量: 18749.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Diploptera punctata (ゴキブリ) / 参照: UniProt: Q6SVB6

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 218分子

#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID


分子量: 280.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細OLA A 207 AND EIC A 208 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in-vivo crystallization / pH: 6
詳細: Spontaneous crystallization inside the midguts of a living viviparous cockroach, pH 6.0, In-vivo crystallization, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8349 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8349 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→27.45 Å / Num. all: 46801 / Num. obs: 46801 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NYR

4nyr


解像度: 1.2→27.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.739 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19191 2334 5 %RANDOM
Rwork0.1433 ---
obs0.14562 44442 95.55 %-
all-46801 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.33 Å20.09 Å2
2--0.05 Å2-0.3 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 133 214 1595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.742.0512017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9573.0033158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8955164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60423.59464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.59415216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.504156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9111.295638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8721.291637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5081.954805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.531.957806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3711.988846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.371.988846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2982.7661212
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.02215.2811809
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.43513.6191691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.07432855
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free73.607551
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.94452969
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 177 -
Rwork0.232 3258 -
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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