PDB-4nxl: Dibenzothiophene monooxygenase (DszC) from Rhodococcus erythropolis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nxl

タイトル

Dibenzothiophene monooxygenase (DszC) from Rhodococcus erythropolis

要素

DszC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, L. / Duan, X. / Li, X. / Rao, Z.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the stabilization of active, tetrameric DszC by its C-terminus.
著者: Zhang, L. / Duan, X. / Zhou, D. / Dong, Z. / Ji, K. / Meng, W. / Li, G. / Li, X. / Yang, H. / Ma, T. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4jek-1 3x0x-2 3x0y-2 3x0y-1 4jek-2 3x0x-1 5xdc-d 5xde-d 5xdb-d 5xdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DszC

B: DszC

C: DszC

D: DszC

196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.980, 136.180, 174.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-641- HOH

#1: タンパク質	DszC 分子量: 48904.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 株: DS-3 / 遺伝子: dszC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q64F43
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 100 mM bis-tris [pH 6.5] and 35% [w/v] PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 69343 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.26-2.32	2.14	0.985	1.37	1	97.6
2.32-2.38	2.16	0.564	2.05	1	99.8
2.38-2.45	2.17	0.568	2.12	1	99.5
2.45-2.53	2.17	0.431	2.73	1	99.5
2.53-2.61	2.18	0.402	2.82	1	99.4
10.11-50	2.21	0.027	25.13	1	92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1525)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→36.355 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2313	3509	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1794	-	-	-
all	0.19344	69447	-	-
obs	0.1821	69343	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12164	0	0	622	12786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	17000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.638	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3315	0.2672	132	0.2092	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3315-2.3648	0.2645	153	0.208	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3648-2.4001	0.3062	120	0.215	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4001-2.4376	0.3285	135	0.2265	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4376-2.4776	0.2941	115	0.213	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.5203	0.2667	133	0.2071	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5203-2.5661	0.2654	138	0.1971	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5661-2.6154	0.2643	147	0.1977	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6154-2.6688	0.2466	140	0.2048	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6688-2.7268	0.2772	135	0.2032	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7268-2.7902	0.2633	127	0.1983	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7902-2.86	0.2687	162	0.1921	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9373	0.2636	121	0.1929	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9373-3.0236	0.2476	157	0.1934	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.1212	0.2323	133	0.1946	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1212-3.2327	0.226	145	0.1888	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2327-3.362	0.2556	146	0.1801	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.362-3.5149	0.2413	132	0.18	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5149-3.7001	0.2119	154	0.1763	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7001-3.9316	0.2088	136	0.1777	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9316-4.2348	0.1733	157	0.1442	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2348-4.6601	0.198	143	0.1569	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6601-5.3327	0.1963	154	0.1527	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3327-6.7117	0.225	144	0.1778	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7117-36.3592	0.2072	150	0.1461	2785	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0791	0.0992	-0.0529	0.0899	-0.0102	0.1017	-0.1142	-0.1255	-0.2573	0.1206	-0.059	0.391	0.0647	-0.1031	-0.003	0.3877	0.0179	-0.0804	0.3656	-0.0756	0.3315	18.1527	193.2736	40.4693
2	0.0699	0.1526	-0.0001	0.6291	-0.4119	0.4104	0.0118	-0.1397	0.1685	-0.1593	-0.0936	-0.1307	-0.1841	0.0441	0.0001	0.3302	-0.0212	-0.0537	0.2783	-0.0671	0.3514	34.3175	199.2797	32.2002
3	0.0946	-0.1063	0.0557	0.1173	-0.0213	0.1275	-0.0677	-0.0003	0.0989	-0.1348	-0.1235	-0.0176	-0.2648	0.0923	0.0007	0.4906	-0.068	-0.0293	0.3562	-0.0074	0.6709	35.6041	214.3146	22.7524
4	0.3768	0.1137	0.119	0.3635	0.1624	0.2817	0.0257	-0.031	0.0648	-0.0213	0.0104	-0.0537	-0.0108	0.0284	-0	0.1872	0.0023	-0.0191	0.2158	-0.0315	0.2455	25.1236	191.8992	23.0777
5	0.4605	-0.4006	-0.0939	0.6013	0.094	0.2583	-0.0695	-0.0025	0.2237	-0.0263	0.0576	-0.0509	0.0811	0.0921	-0.0002	0.2442	0.0218	-0.0063	0.2409	-0.0107	0.3128	-14.6284	197.7566	11.0448
6	0.3041	-0.1222	-0.2436	0.4183	0.2197	0.522	-0.0061	-0.0756	-0.1243	-0.1031	-0.016	-0.0761	0.1196	-0.0361	-0.0002	0.2283	0.0093	-0.0365	0.2647	0.0036	0.2613	-25.8228	189.2149	25.1349
7	0.3693	-0.173	-0.0405	0.2623	0.0664	0.6252	-0.0266	-0.0605	-0.172	-0.0243	0.0765	0.0239	-0.0354	-0.0397	-0.0001	0.239	0.0471	-0.0316	0.2497	0.0352	0.2902	-23.9143	187.3213	28.1615
8	0.4964	0.2821	-0.0638	0.3854	0.0127	0.2266	-0.016	-0.0513	0.0181	-0.033	-0.0231	0.0161	-0.0105	0.0153	-0.0001	0.1903	0.021	-0.0339	0.191	-0.0183	0.2287	-0.5969	185.9869	10.445
9	0.0251	0.0702	0.0343	0.1473	0.063	0.1311	-0.2605	-0.285	-0.0286	-0.0486	0.2789	0.1322	0.4393	-0.1458	-0.001	0.4471	0.0169	-0.1001	0.4091	-0.0347	0.3036	0.49	154.9121	-10.0139
10	0.0902	0.1627	-0.1519	0.1412	-0.1808	0.3734	0.0494	-0.0065	-0.0497	-0.1666	0.1045	0.2181	0.2569	-0.0389	-0.0003	0.3462	0.0099	-0.0986	0.2969	-0.0591	0.2422	0.4686	166.3282	-19.6794
11	0.2743	0.2128	-0.2726	0.1372	-0.1735	0.1621	-0.1229	0.2557	-0.018	-0.3528	0.0956	-0.1261	0.0302	-0.0282	-0.0004	0.5651	0.1033	-0.0159	0.3926	-0.028	0.2813	9.7818	172.1126	-28.9469
12	0.0893	0.0471	0.064	0.0619	0.0822	0.0877	0.0571	0.3024	0.1623	-0.2836	0.2117	0.0886	0.0873	0.0647	0.0004	0.6554	0.1175	0.1041	0.5506	-0.0531	0.3378	19.3233	169.8499	-31.9848
13	0.1603	-0.0935	0.0541	0.5197	-0.3357	0.4117	0.0651	0.0038	0.0013	-0.122	-0.0405	0.0165	0.0659	0.0569	0	0.2334	0.0355	-0.0205	0.1873	-0.004	0.19	9.1355	171.9593	-9.6533
14	0.4434	-0.3414	0.1786	0.4563	0.1767	0.3658	0.0023	-0.063	-0.0285	0.0094	-0.0392	-0.0716	-0.091	0.0188	-0.0002	0.2519	0.0375	-0.0217	0.2629	-0.0018	0.2295	35.286	152.8186	17.3053
15	0.1729	0.2606	-0.0698	0.5064	-0.0028	0.1383	-0.1461	-0.1434	-0.0525	0.1071	0.1421	0.0766	-0.0858	0.015	-0.0067	0.2556	0.1024	-0.0046	0.3036	0.0768	0.3605	23.4899	139.0387	28.587
16	0.0899	-0.1832	-0.1386	0.6631	0.6917	0.6437	0.0506	-0.4866	0.2159	-0.1856	0.1073	0.326	-0.3194	-0.0977	0.0893	0.2682	0.0797	-0.0171	0.4142	0.0745	0.2983	17.633	138.4162	26.4777
17	0.3925	-0.1588	-0.445	0.5634	-0.2092	0.3761	-0.1071	-0.0044	0.0058	0.0227	0.1868	0.1037	-0.0257	0.0139	-0.0002	0.2696	0.0471	-0.0342	0.2737	0.0027	0.2926	21.1808	140.1654	24.1265
18	0.0351	-0.0735	-0.0058	0.3832	0.2534	0.263	-0.0291	0.044	-0.0108	-0.0301	0.0234	-0.2438	0.0449	-0.0488	-0.0007	0.1828	0.043	-0.0037	0.2043	-0.0001	0.2016	27.9084	169.2448	7.301
19	0.6321	-0.1026	0.1196	-0.0568	0.1555	0.3814	0.0188	-0.0821	0.0268	-0.0489	0.0204	0.0091	0.1007	0.0089	0	0.2068	0.0368	-0.033	0.1875	-0.0084	0.1807	21.5328	165.808	18.8867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 19 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 42 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 144 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 170 through 417 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 19 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 108 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 170 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 246 through 417 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 19 through 41 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 42 through 107 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 108 through 143 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 144 through 169 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 170 through 417 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 19 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 108 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 160 through 186 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 187 through 245 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 246 through 295 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 296 through 417 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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