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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nvg | ||||||
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タイトル | Predicting protein conformational response in prospective ligand discovery | ||||||
![]() | Cytochrome c peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Model system / flexibility / dynamic / loop / side-chains / energy penalty / occupancy / Boltzmann weights / flexible docking / ligand binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, M. / Fraser, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. 著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 845.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 848.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4nvaC ![]() 4nvbC ![]() 4nvcC ![]() 4nvdC ![]() 4nveC ![]() 4nvfC ![]() 4nvhC ![]() 4nviC ![]() 4nvjC ![]() 4nvkC ![]() 4nvlC ![]() 4nvmC ![]() 4nvnC ![]() 4nvoC ![]() 4oq7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-362 / 変異: P190G, W191G, DELETIONS G192-A193 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RM11-1A / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 195分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/2N9.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/2N9.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-2N9 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→33.3 Å / Num. all: 37920 / Num. obs: 37920 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2758 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.73 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.95 Å2 / Biso mean: 25.5006 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.742→33.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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