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万見
- PDB-4nv4: 1.8 Angstrom Crystal Structure of Signal Peptidase I from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nv4
タイトル1.8 Angstrom Crystal Structure of Signal Peptidase I from Bacillus anthracis.
要素Signal peptidase I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase I / protein secretion / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site / Signal peptidases I serine active site. / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A ...Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site / Signal peptidases I serine active site. / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / LexA/Signal peptidase-like superfamily / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Signal peptidase / Signal peptidase I
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.8 Angstrom Crystal Structure of Signal Peptidase I from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal peptidase I
B: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4299
ポリマ－40,5102
非ポリマー9197
水3,711206
1
A: Signal peptidase I
ヘテロ分子

A: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2348
ポリマ－40,5102
非ポリマー7256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
2
B: Signal peptidase I
ヘテロ分子

B: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,62310
ポリマ－40,5102
非ポリマー1,1138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area5800 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.225, 80.225, 174.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細Chain A and the symmetry related to it chain A, and chain B and the symmetry related to it chain B form dimers.

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要素

#1: タンパク質 Signal peptidase I /


分子量: 20254.785 Da / 分子数: 2 / 断片: Signal Peptidase I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS1059, BA_1140, GBAA_1140, sipT / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic
参照: UniProt: Q81TW3, UniProt: A0A6L7HM74*PLUS, signal peptidase I
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 7.3 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Classics II (H11), 0.1M Potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2000 MME., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 31574 / Num. obs: 31574 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1542 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ME8

4me8


解像度: 1.8→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.001 / SU ML: 0.064
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 1591 5 %RANDOM
Rwork0.17272 ---
all0.17403 29946 --
obs0.17403 29946 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å2-0 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 61 206 2132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.972805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73634670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4545250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.51424.206107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4915370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0771512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.882.001970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.871.998969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8492.9811230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.852.9841231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0072.5291119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0012.5291119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6283.581575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60918.0242435
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.51417.3612361
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 125 -
Rwork0.214 2130 -
obs-2130 99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85170.1520.7767.4463-3.03311.17960.0985-0.1318-0.15620.09990.08130.37160.1066-0.9035-0.17980.02120.0080.00740.120.01770.082624.579585.1526-8.2611
21.7365-0.07660.15551.7065-0.27363.6530.0582-0.0912-0.0081-0.0873-0.0943-0.12810.19760.21360.0360.0262-0.01190.00730.07470.0160.117332.907551.253617.5078
35.0223-0.8743-1.15352.26580.06233.23070.2014-0.1360.31160.1219-0.1836-0.2983-0.02660.3603-0.01780.0229-0.0183-0.01760.07370.03750.115738.353554.328418.8476
41.251-0.4119-0.57491.934-0.99135.12640.01830.08690.2634-0.1073-0.0797-0.0325-0.03340.00530.06140.0125-0.00240.00680.04240.02080.10830.850755.69749.7297
54.0177-4.3268-2.41777.88412.55334.72560.01790.13870.2380.13840.0744-0.22270.06660.1119-0.09230.0263-0.0061-0.00590.0981-0.01160.06374.478765.7850.6448
61.76151.29871.49872.99411.08621.9368-0.08920.1769-0.1551-0.10740.1398-0.0970.12740.0456-0.05060.0936-0.06020.02480.0502-0.01260.077915.046833.994925.7282
73.2762.43240.86093.23170.60811.66970.01980.0645-0.0272-0.089-0.0003-0.01050.167-0.0593-0.01950.0933-0.05190.01490.0399-0.0120.050111.184632.984426.0111
82.17150.48570.28692.4515-0.76294.9241-0.0213-0.01520.14940.0756-0.06370.02930.03970.22230.0850.0768-0.04230.02760.0399-0.02540.05617.224539.221135.2105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A76 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4A141 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5B62 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6B77 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7B103 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8B151 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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